La partie à grand gabarit du canal, dépourvue d'écluse sur 10 km, dispose de 4 ports de fret : les ports Sérurier à Paris, de Pantin, de Bondy et de la Poudrette aux Pavillons-sous-Bois.
Selon le site de la ville de Paris, les ports des trois canaux parisiens ont un trafic annuel d'environ 1 000 000 de tonnes constitué à plus de 90 % par des matériaux de construction, sables et graviers et de produits de démolition.
Afin de limiter les transports par camion, il est régulièrement proposé d'accroître le rôle de ces canaux à grand gabarit pour le transport fluvial. À ce sujet, on peut faire remarquer qu'au moment de l'implantation du Grand Stade de France à Saint-Denis la proximité du canal Saint-Denis a permis d'imposer l'évacuation des gravats et l'approvisionnement en matériaux de construction par la voie d'eau. Cette remarque vaut aussi pour la Bibliothèque François Mitterrand, implantée en bord de Seine.
La création d'un nouveau port est envisagée à Bobigny sur le site Mora-Le Bronze, situé entre la RN 3 et la ligne de Grande Ceinture.
Le Conseil de Paris en date des 7 et 8 février 2005 a approuvé le lancement d'une étude sur les conditions d’implantation. La construction de ce port s'inscrit dans le projet d'aménagement de la ZAC Eco-Cité de l'Ourcq portée par la Ville de Bobigny. Il jouxte les communes de Pantin, Romainville et Noisy-le-Sec.
Ce port permettra l'évacuation des déchets valorisés par le futur centre de traitement des déchets de Romainville du Syctom (Syndicat intercommunal de traitement des ordures ménagères de l’agglomération parisienne), évitant ainsi le trafic d'au moins 15 000 semi-remorques par an sur la RN 3. « Dès 2008-2009, 350 000 t. de marchandises transiteront par le port. À terme, nous tablons sur 500 000 t. » , estime Myriam Constantin, maire adjointe de Paris en charge des canaux.
Le programme d'aménagement du futur port est destiné à permettre :
Le Conseil de Paris a été saisi le 2 octobre 2007 du projet de protocole relatif à ce projet, qui doit être signé avec les villes de Bobigny et de Paris et avec le Port Autonome de Paris, le SYCTOM de l’agglomération parisienne, le SITOM 93 (Syndicat Intercommunal de Traitement des Ordures Ménagères de la Seine-Saint-Denis) et le département de la Seine-Saint-Denis, dans le cadre d'une démarche de développement durable et de lutte contre le réchauffement climatique consistant à favoriser un mode de transport alternatif au transport routier, qui constitue en outre un exemple de concrétisation de la coopération territoriale entre Paris et les collectivités riveraines du canal de l’Ourcq. Le port en est la première étape prévue pour 2012. Le reste de la ZAC se construira au fur et à mesure jusqu'à la fin de la décennie.
Les communes de Pantin (ZAC du Port), Romainville (ZAC de l'Ourcq) et Noisy-le-Sec (ZAC du territoire de l'Ourcq). ont aussi des projets pour aménager le bord du Canal.
Le projet d'une « écluse ascenseur » à hauteur de Villers-les-Rigault n'est plus à l'ordre du jour. Elle aurait permis la jonction avec la Marne afin d'améliorer la desserte de la plaisance en région parisienne.