La Base Icare est attaquée, l'ensemble du personnel doit alors s'enfuir sur le Destinée sans possibilité de retour sur la Terre. Le nouvel équipage doit alors face à une multitude de problèmes : air, eau, énergie, aliens, ... La situation devient critique lorsque l'Alliance luxienne lance une attaque à travers la porte des étoile.
Samantha Carter est promue colonel et prend la tête de l'expédition Atlantis en remplacement d'Elizabeth Weir, présumée morte.
Les terriens d'Atlantis s'allient avec les Wraiths et les Travellers contre les Asurans. Dans la bataille, Asura (la planète-mère des Asurans) est détruite et tous les Asurans sont détruits. Seul un vaisseau apparemment commandé par Elizabeth Weir survit à la bataille.
Michael prend de plus en plus de puissance sur l'ensemble du peuple Wraith grâce à ses connaissances de la cité et à son propre génie scientifique. Il enlève Teyla alors qu'elle est enceinte, afin de pouvoir se servir de son enfant pour ses recherches.
Entre-temps, l'équipe de Sheppard rencontre un clone du docteur Beckett crée artificiellement par Michael. Le clone, dont le corps est en perpétuelle dégénérescence, est placé dans un caisson de stase jusqu'à ce qu'un traitement soit élaboré.
Samantha Carter est relevée de ses fonctions sur Atlantis et est remplacée par Richard Woolsey à la tête de l'expédition.
SG-1 découvre un artefact, l'Arche de Vérité, qui lui permet de mettre fin à la guerre contre les Oris.
Un commando de Wraith attaque le SGC par l'intermédiaire de la station spatiale Midway. Teal'c et Ronon Dex, alors présents sur Midway lors des attentats, portent secours à la Terre alors en grave danger.
Le clone de Carson Beckett est envoyé sur Terre afin d'être suivi médicalement.
Le docteur Weir se manifeste sur Atlantis sous la forme d'une entité électronique. Elle et ses semblables Asurans sont envoyés dans l'espace à leur insu.
Une ancienne tribu Asgard dissidente et ennemie est découverte par Daniel Jackson.
Une super-ruche alimentée par des EPPZ se dirige vers la Terre. Atlantis quitte Pégase pour l'intercepter. Un escadron de Wraiths parvient à détruire le fauteuil des Anciens qui avait été rapatrié en Zone 51. La ruche est finalement détruite et Atlantis atterrit en face de la baie de San Francisco.
Par ailleurs on apprend que le Général Hammond est décédé d'une crise cardiaque il y a quelque temps, et que le Colonel Samantha Carter s'apprête à prendre le commandement du nouveau vaisseau terrien, anciennement le Phénix, alors renommé le Hammond.
Dans la Voie lactée, le dernier clone de Ba'al a été capturé. Mais alors que SG-1 assiste à l'extraction du Goa'uld, une mystérieuse altération temporelle apparaît : le programme Stargate n'a jamais existé. SG-1 planifie de remonter le temps, tout comme l'a fait Ba'al en utilisant une machine lui appartenant. Seul Mitchell parvient à remonter le temps en 1939 et remet l'ordre dans le continuum espace-temps. Ba'al est enfin tué pour de bon, mettant ainsi un point final à la domination Goa'uld.
Ce qui suit n'est pas considéré comme canon dans l'univers Stargate
À cette époque, le programme Stargate est devenu public et des extraterrestres vivent sur Terre. Une équipe (dont le numéro reste inconnu), commandée par le Major Gus Bonner, un vétéran de l'US Air Force est accusée de trahison par un alien infiltré des Tlak'kahns, une race ennemie. L'équipe devra prouver son innocence.