L'Éducation nouvelle s'inspire d'une longue tradition de pédagogues depuis les humanistes de la Renaissance qui déjà estimaient que « l'enfant n'est pas un vase qu'on remplit mais un feu qu'on allume ». On trouvera chez ces pédagogues des références à Rabelais et son abbaye de Thélème, à Montaigne, à Comenius.
Elle fut influencée par les théories de Rousseau, dans son Émile ou De l'éducation, théories qui furent mises en pratique par Pestalozzi au début du XIXe siècle.
On considère cependant que l'éducation nouvelle naît sous sa forme actuelle au tout début du XXe siècle.
Ce mouvement, de caractère international, est marqué dès 1889 par l'ouverture de l'École d'Abbotsholme, en Angleterre. Son fondateur, Cecil Reddie, remet en cause l'esprit de compétition permanente dans lequel sont formés les élites britanniques. Elle est suivie quelques années plus tard par celle de l'école de Bedales, qui pose le principe de la coéducation des deux sexes : c'est la première école mixte anglaise. En France, Edmond Demolins s'inspire de ces écoles pour fonder en 1899 l'École des Roches à Verneuil-sur-Avre; elle sera longtemps la référence pour la pratique des méthodes actives. Ces écoles sont des internats à la campagne qui ont pour point commun de s'adresser à une élite. Elles seront néanmoins des lieux expérimentaux que visiteront et dont s'inspireront nombre de précurseurs.
D'autres expérimentent les idées de l'éducation libertaire dans leurs fondations et orphelinats : il s'agit d'une éducation intégrale accordant une place nécessaire à l'enseignement industriel ou pratique à côté de l'enseignement scientifique ou théorique; on y retrouve également le principe de coéducation des deux sexes. En France, Paul Robin mène tout d'abord l'expérience de Cempuis de 1880 à 1894, puis Sébastien Faure crée en 1904 la Ruche, une école libertaire. En Espagne, l'Escuela moderna est fondée en 1901 par Francisco Ferrer. L'exécution de celui ci en 1909 après un procès bâclé où il est accusé d'avoir participé à des émeutes le transforme en symbole de l’éducation libertaire; ses idées inspireront les Modern schools américaines.
Dès cette époque, ces expérimentations s'appuient sur les travaux de médecins et de psychologues qui cherchent à appliquer les découvertes de la science à l'éducation. Aux États-Unis, John Dewey ouvre en 1896 un laboratoire d'études sur la psychologie appliquée pour mieux comprendre la pédagogie, science appliquée de la psychologie. En Italie, Maria Montessori crée la première Casa dei bambini en 1907, tandis que la première école Ovide Decroly est ouverte en Belgique. En Suisse, Edouard Claparède, médecin et psychologue, crée en 1912, à Genève l'Institut Jean-Jacques Rousseau, école des sciences de l'éducation.
Le mouvement européen s'enrichit en 1910 avec l'ouverture de l'Odenwaldschule par Paul Geheeb en Allemagne.
En Pologne, Janusz Korczak crée en 1912 son premier orphelinat « Dom Sierot » organisé en république d’enfants.
La Première Guerre mondiale marque profondément les pédagogues engagés dans ces expérimentations. Certains, comme les Français Célestin Freinet et Gustave Monod, y sont gravement blessés, mais, surtout, chacun prend conscience de la nécessité d'une éducation qui s'adresse à tous dans un autre état d'esprit. Les méthodes actives ne suffisent pas. Henri Wallon dira à propos de cette époque :
En 1919 commence en Allemagne l'expérience des écoles libertaires de Hambourg, tandis qu'en marge du mouvement, Rudolf Steiner ouvre la première école Waldorf. En 1921, A.S. Neill crée l'école de Summerhill, où il met en application ses théories libertaires.
En 1921, la Ligue internationale pour l'éducation nouvelle est créée, sur la base de la charte de l'éducation nouvelle rédigée en 1915 par Adolphe Ferrière. Au cours des années qui suivent et jusqu'à la Seconde Guerre mondiale, ses congrès rassembleront les militants de l'éducation nouvelle, permettant des échanges sur les pratiques et les travaux de recherche de chacun.
La plupart des personnalités de l'Éducation nouvelle participent à ces congrès : Maria Montessori, Roger Cousinet, A.S. Neill etc. Ils publient d'autre part leurs travaux dans la revue de la ligue Pour l'ère nouvelle, qui paraît dès 1922.
Célestin Freinet assiste également à certains de ces congrès; il crée en 1928 la coopérative de l'enseignement laïc puis fonde en 1935 l'école de Vence.
La Seconde Guerre mondiale interrompt les rencontres et les publications de la Ligue internationale pour l'éducation nouvelle. En Pologne, Janusz Korczak finit en déportation avec les enfants dont il s'occupait.
Après la Seconde Guerre mondiale, le mouvement perd beaucoup de sa dynamique internationale : le congrès « des retrouvailles » de la ligue internationale pour l'éducation nouvelle en 1946 est le dernier. La politisation croissante des différents mouvements dans un contexte de guerre froide aura raison de ces rencontres internationales.
À la fin des années 1960, ce courant, qui revendique depuis ses origines une prise en compte des travaux en sciences humaines, est fortement influencé par la psychanalyse. Il s'inspire de la psychothérapie pour définir la pédagogie institutionnelle puis de la « dynamique des groupes restreints »,et la « non-directivité » de Carl Rogers.