Les éponges ne disposent pas de bouche ni de système excréteur..
Respiration : Comme chez les éponges marines, les choanocytes des chambres choanocytaires créent un courant d'eau grâce au battement de leur flagelle. Certaines éponges sont en outre animées de lents mouvement d'expansion et contraction qui évoquent les mouvements de la respiration chez les animaux supérieurs. Le dioxygène et les particules alimentaires (Dinoflagellés, Bactéries et diverses particules organiques fines...) sont capturés par ces mêmes choanocytes.
Alimentation, digestion : En zone tempérée, les éponges d'eau douce sont peu actives en hiver, ou meurent quand elles sont prises dans la glace. L'essentiel de leur nourriture est consommée au printemps et en été.
Elles se nourrissent de particules en suspension (bactéries, micro-plancton végétal). capturées par les choanocytes à l’aide du flagelle, puis transférées aux amibocytes (cellules mobiles) qui commencent leur digestion et diffusent ces aliments vers les cellules à collerette (digestion finale intracellulaire dans l'ectoderme ou l'endoderme). Les déchets métaboliques sont évacués par les oscules via les canaux les plus proches.
Métabolisme et excrétion : Une partie des déchets (silice) sert à produire le matériau qui donne sa consistance caractéristique aux éponges d'eau douce, les déchets métaboliques sont évacués dans la masse d'eau qui les baigne (sous forme d'ammoniac pour les déchets azotés)..par les pores exhalants.
L'état des populations d'éponges d'eau douce, en particulier pour les plus rares est mal connu, mais on sait que certains polluants affectent leur développement ou la production de gemmules ou les tuent (certains pesticides, biocides et métaux lourds). En laboratoire des Ephydatia fluviatilis d'origine nord américaine exposées à du cadmium et du mercure (de 1,000 à 0,001 ppm durant un mois) montrent une réponse progressive corrélée à ces polluants : la colonie survit aux faibles doses (avec gemmules normale gemmoscleres); puis des doses un peu plus élevées induisent des gemmules mal gemmosclérées et la mort de la colonie
Leurs prédateurs sont mal connus. Les éponges siliceuses semblent évitées par les prédateurs généralistes des eaux douces, et épargnées par les escargots. Divers auteurs ont noté qu'elles dégageaient une odeur particulière (un peu piquante), qui peut-être les rend inappétentes pour d'autres animaux. Il est possible que leurs spicules jouent le même rôle.
Des larves de phryganes semblent capable de se nourrir d'espèces du genre Spongilla
Enfin, si les éponges mangent des bactéries, elles sont aussi colonisées par de nombreuses bactéries, voire par des des algues symbiotes ou opportunistes (qui leur donne une couleur verte ou brun-vert).
Les plus connues en zone tempérée et froide sont Spongilla lacustris et Ephydatia fluvialis, mais on peut Europe de l'Ouest rencontrer dans les eaux douces diverses espèces d'éponges :