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En pratique, en juin 2006, Géoportail offrait une précision (1/30 000) moindre que les Pages jaunes (qui contiennent également des données de l’IGN), mais offre une interface plus sophistiquée (et donc plus compliquée) qu'à la fois les Pages Jaunes et Google.
Comme Google, le Géoportail possède une version 2D accessible en ligne via une interface Web (équivalent à Google Maps), et une version 3D depuis l'été 2007 pour laquelle il faut installer un logiciel sur le poste utilisateur, ce qui a toutefois l'avantage de permettre une navigation fluide sur une connexion haut débit (comme pour Google Earth).
Géoportail est accessible via une interface Web plus statique qui souffre d'une incompatibilité avec certains anciens navigateurs comme les vieux Opera ou Internet Explorer en version antérieure à la 6.0. Il est possible de créer des marque-pages pour mémoriser ses recherches à travers l'utilisation de lieux favoris ou de mise en favoris du contexte géographique actuel.
Les deux sites (et donc leur logiciel) n'ont pas le même but actuellement. Google Earth permet de naviguer sur la terre, ajouter des épingles communautairement, etc. Le Géoportail a pour but, à terme, de mettre à disposition des internautes l'ensemble des données publiques géolocalisées : les photos aériennes, les cartes de l’IGN à toutes les échelles, les zones inondables, les zones de risque d'avalanche, les informations INSEE sur les communes, des extraits vidéo de l’INA replacés géographiquement sur leur lieu de tournage, etc.
En outre, les photos et vues satellites de Google et du Géoportail se différencient par le fait que les premières offrent une qualité inégale (résolution et couleurs) pour le monde entier, là où le Géoportail offre partout la même résolution et des couleurs naturelles, mais pour la France seulement. Là où Google n'utilise que des photos satellites, la résolution des images est limitée, contrairement aux photos aériennes de l’IGN qui sont plus précises. Cependant, sur les principales agglomérations, Google Earth utilise également des photos aériennes, bien plus précises que sur le site interministériel.
Il est notamment possible de rechercher des villes et villages, et de superposer des calques de relief, de routes et de vues aériennes, en réglant le niveau de transparence des calques.
Les données géographiques sont concernées par des règles de confidentialité ; c'est en particulier le cas lorsque leur diffusion risque de nuire :
C'est ainsi que des sites sensibles du territoire français, tels certains sites militaires, par exemple, ne peuvent être vus : leurs emprises sur l'orthophotographie ont été masquées de blanc jusqu'en 2007 . Elles sont désormais floutées (comme le Centre spatial guyanais), c’est-à-dire que la résolution des ortho-images initiales passe de 50 cm à 5 m, limite au-delà de laquelle les militaires estiment que la photo-interprétation perd son intérêt. Certains de ces sites sont néanmoins visibles dans Google Earth, parfois en haute résolution, et des informations peuvent aisément être obtenues ailleurs, sur la toile ou dans les médias. C'est le cas par exemple du centre d’interception de la DGSE à Domme en Dordogne : il est masqué dans Géoportail, mais est bien visible dans Google Earth, et une émission lui a même été consacrée sur France 3. N.B.: ceci n'est plus vrai en 2010, le site DGSE est flouté sur Google Maps.