Le moratoire imposé aux nouveaux projets hydroélectriques après l'abandon du projet Grande-Baleine force la direction d'Hydro-Québec à envisager d'autres solutions afin de répondre aux besoins croissants d'électricité. En septembre 2001, Hydro-Québec annonce un nouveau projet de construction d'une centrale thermique au gaz naturel à cycle combiné de 836 MW à Beauharnois, en Montérégie. Le projet fera la manchette pendant trois ans.
Bien que le projet soit temporairement suspendu par le gouvernement de Bernard Landry, la direction d'Hydro-Québec revient à la charge après le changement de gouvernement consécutif à l'élection de 2003. Hydro-Québec fait valoir que le projet est essentiel à la sécurité énergétique du Québec au cours des années 2005 à 2009, il est concurrentiel sur le plan économique et il peut être construit rapidement, en plus d'avoir des impacts limités sur l'environnement.
Cependant, le projet arrive au moment où s'engage le débat sur la ratification par le Canada du protocole de Kyoto, visant la réduction des émissions de gaz à effet de serre dans l'atmosphère. Avec des émissions prévues de 2,25 millions de tonnes de dioxyde de carbone par année, la centrale du Suroît aurait augmenté les émissions totales du Québec de près de 3 %.
Le Bureau d'audiences publiques sur l'environnement a d'ailleurs souligné cet argument dans son rapport d'évaluation du projet. Dans son rapport, publié le 13 février 2003. le BAPE refuse de de souscrire au projet et conclut qu'il « augmenterait de façon substantielle les émissions de gaz à effet de serre au Québec et que ces émissions pourraient compromettre la démarche du Québec et réduire sa marge de manœuvre face au protocole de Kyoto ».
Face à l'impopularité du projet — un sondage mené en janvier 2004 indique que 67 % des personnes interrogées s'opposent à la construction de cette centrale —, le gouvernement de Jean Charest demande un avis à la Régie de l'énergie, qui tient une semaine d'audiences publiques en mai 2004.
Pour la première fois, Hydro-Québec doit révéler publiquement le niveau de ses réservoirs, une donnée stratégique qu'elle gardait confidentielle. On y apprend en outre que les grands réservoirs du Nord du Québec ont enregistré un déficit d'hydraulicité de 16 TWh durant la période 2000-2002 et que ses stocks d'eau sont inférieurs à la limite du seuil visé de 60 % de couverture des ventes.
Le 5 juillet 2004, la Régie recommande de privilégier la filière hydroélectrique, le développement éolien et le renforcement des programmes d'efficacité énergétique pour faire face à la croissance des besoins en énergie. Elle demande aussi au gouvernement de forcer Hydro-Québec à communiquer publiquement le niveau de ses réservoirs. Le projet du Suroît est définitivement mis au rancard par le gouvernement le 17 novembre 2004.
Le 7 février 2002, le premier ministre Bernard Landry et le chef du Grand Conseil des Cris, Ted Moses, signent une entente, la Paix des Braves, qui permet la construction de nouveaux aménagements hydroélectriques dans le Nord québécois. L'entente précise les dispositions de la Convention de la Baie-James et du Nord québécois et prévoit le versement d'une compensation de 4,5 milliards CAD sur 50 ans à la nation crie, des régimes particuliers en matière de gestion de la faune et de la forêt, en plus de garantir que les entreprises et travailleurs cris pourront obtenir une partie des retombées économiques des projets à venir.
En échange, les Cris acceptent la relance des projets de construction sur le territoire couvert par la Convention de la Baie James et du Nord québécois. La centrale Eastmain-1 — autorisée par le gouvernement dès mars 1993 — et la dérivation partielle de la rivière Rupert vers le réservoir Robert-Bourassa pourront donc être aménagés, sous réserve de certaines dispositions en matière de protection de l'environnement et du milieu social.
Les travaux de construction de la première centrale, d'une puissance de 480 MW, ont débuté dès le printemps 2002 avec l'aménagement d'une route de 80 km reliant le chantier au poste de la Nemiscau. En plus de la centrale, construite sur la rive gauche de la rivière, le projet a nécessité l'érection d'un barrage de 890 m de longueur sur 70 m de hauteur, de 33 digues et d'un évacuateur de crues. Les trois groupes turbines-alternateurs de centrale Eastmain-1 ont été mis en service au printemps 2007. La centrale produit annuellement 2,7 TWh.
Ces projets s'inscrivent dans la stratégie énergétique 2006-2015 du gouvernement du Québec. Le document prévoit lancer 4 500 MW de nouveaux projets hydroélectriques, intégrer 4 000 MW d'énergie éolienne, augmenter les exportations d'électricité et les cibles des programmes d'efficacité énergétique.