Au lendemain de la guerre, le fonctionnement des dispensaires et des hôpitaux de la Faculté a repris de façon satisfaisante: dès 1945, le recteur Mgr Delépine annonce la réouverture de l’hôpital Saint-Philibert et décrit Saint-Raphaël toujours rempli, la maternité Sainte-Anne débordée, Saint-Camille d’une activité parfois réduite.
Si les relations entre les deux facultés de médecine se déroulent dans un climat variable dont la dominante est sans doute une une indifférente attention. Bientôt un fait majeur allait modifier profondément les données : l’ouverture de la Cité hospitalière.
Au début des années cinquante, les services de l’aile droite de la Charité font encore bonne figure. La Charité s’efforce de conserver son caractère d’hôpital général. Jusqu’à l’ouverture de la Cité Hospitalière, et malgré l’absence de consultations externes, le recrutement est encore assuré par le découpage sanitaire de Lille en trois secteurs : aile droite, aile gauche et Saint-Sauveur.
Bon an mal an, cette situation se maintient jusqu’à l’ouverture de l’aile Ouest de la Cité, grâce à l’excellence du personnel médical. Au début des années 50, ce sont en chirurgie le Professeur Louis Courty et en médecine le Professeur Léon Langeron.
L'administration des hospices devenue, suite à l'ordonnance du 30 décembre 1958, le Centre Hospitalier Régional de Lille, donne priorité dans ses prévisions budgétaires à l'équipement de ses services les plus modernes. L'aile droite de la Charité dont le statut juridique paraît si complexe va faire les frais de cette désaffection.
La Faculté libre de médecine demeure donc, mais bientôt, elle sera hors la loi !
Après les remous de 1968, l'élection du Doyen J. Liefooghe, l'autonomie pédagogique permise par la loi d'orientation de 1970 et de la convention avec les UER médicales de Lille, la faculté libre de médecine relancée peut songer à améliorer enfin ses ressources Hospitalières. L’hôpital Saint-Philibert, datant de 1932, est devenu trop exigu et il devient indispensable de mener à bien son agrandissement.
Un projet vaste et ambitieux est mis à l’étude: il envisage la construction d’un nouvel Hôpital qui, réglant le problème de l’ancien Saint-Philibert – Saint-Camille, pourrait englober aussi la maternité Sainte-Anne dont la rénovation doit être, de toute manière, envisagée d’urgence. Or, un vaste terrain, une pâture de 5 ha, est disponible au lieu-dit le Grand But sur le territoire de la ville de Lomme, dont le maire Arthur Nottebart, conseiller général, député et président de la Communauté urbaine, verrait d’un œil favorable l’implantation d’un hôpital sur sa commune, rivalisant avec le CHR lillois.
Le projet initial est celui d’un établissement de 371 lits : 167 de chirurgie, 143 de médecine et une soixantaine de lits de maternité.
Le nouvel hôpital est inauguré le 18 avril 1977. Avant même son achèvement, l’hôpital est admis, par arrêté du 3 novembre 1976, à participer au service public hospitalier.
À l’ancien Saint-Philibert, ne restent initialement que des consultations de gynécologie, de médecine tropicale et le laboratoire Saint-Camille. L’hôpital, réhabilité deviendra un service de convalescents, dit de moyen séjour, de 65 lits avec ou sans réadaptation, sous le nom de MAISON MEDICALE SAINT CAMILLE : son ouverture est effective en septembre 1981.Cette structure deviendra sous l'impulsion du doyen Philippe CHOTEAU le ceuset où se développera l'enseignement d'une nouvelle discipline : la gériatrie. Cette clinique universitaire gériatrique de la Faculté libre de médecine étant confiée au Professeur agrégé Daniel BEAUGEARD. Une consultation de surveillance des stimulateurs cardiaques est également développée à la maison médicale Saint CAMILLE. Six lits de l'hôpital Saint Camille vont servir à créer le service de soins palliatifs sous l'égide du Professeur Didier Debroucker. Les lits de moyen séjour restants seront transférés en 2002 sur le site de LOMME et intégrés à la Clinique de médecine interne et gériatrie.
Les batiments de l'ancien hôpital Saint Philibert, rue Saint Jean Baptiste de la Salle seront alors définitivement démédicalisés. Quant aux bâtiments de Saint-Camille, ils deviendront un foyer d’étudiants tandis que l’ancienne maternité Sainte-Anne est dévolue à l’école d’infirmières et puéricultrices.
L’hôpital de la Charité aile droite vit ses derniéres années : la situation est devenue intenable et les conditions de fonctionnement, c’est-à-dire en personnel, équipement, hôtellerie, sont inacceptables. Il s’ensuit un effondrement du recrutement.
En 1987, une salle de médecine est fermée provisoirement et, en 1990, le poste de médecin non chef de service en médecine interne est supprimé par le CHR. En chirurgie, le Pr J. Callens, en médecine le Pr P. Giard, puis son successeur le Pr Ph. Choteau assisté du Pr agrégé M. Mahieu, tentent de garder aux soins une certaine dignité, une situation d’autant plus pénible que le projet Saint-Vincent rencontre bien des obstacles.
Les quatre derniers malades quittent l’hôpital de la Charité le 1er octobre 1991; le même jour, Saint-Vincent reçoit ses premiers malades. Le lendemain, est célébrée une dernière messe à la chapelle de la Charité.
En mars 1980, l’accord signé entre le CHR de Lille et l’Institut Catholique de Lille, prévoit la fermeture de l’aile droite de l’hôpital de la Charité et le transfert de 100 lits dans un nouvel établissement qui doit recevoir également les 79 lits de la clinique Saint-Raphaël, mais, en raison de blocages administratifs et de problèmes financiers, il faudra exactement 12 ans pour que ce projet se réalise. Le choix d’un site approprié est la première préoccupation. C’est alors que l’architecte, M Emmanuel Maes, apprend que la ville de Lille dispose d’un terrain situé entre le boulevard de Belfort. L’Institut Catholique de Lille (ICL) s’en porte acquéreur grâce à un emprunt remboursable sur 20 ans.
Les travaux commencent activement début 1989 et la construction est terminés en février 1992, l’hôpital est inauguré le 14 mars 1992.