Aujourd'hui, le RER E, qui constitue la ligne RER la plus courte du réseau, avec une longueur de 52 kilomètres, remplit cinq fonctions principales :
Le RER E a rempli son objectif d'aménagement régional, les habitants de l'est francilien ayant vu leurs trajets nettement améliorés grâce aux correspondances plus pratiques créées dans Paris. La qualité de service est également bonne, le taux d'irrégularité de la ligne étant en moyenne inférieur au reste du réseau transilien, ce qui a permis de faire du RER E la première ligne certifiée du réseau en mars 2004.
Les deux gares parisiennes d'Haussmann et de Magenta ont vu leur trafic progresser respectivement de 83 % et 67 % entre 2000 et 2005. La rapidité de la relation entre ces deux gares et les correspondances proposées ont amené de nombreux voyageurs n'empruntant pas les tronçons du RER E en banlieue à utiliser la nouvelle liaison intra-muros. Ces voyageurs, provenant pour une large part des autres lignes Transilien, représentent 18 % du trafic de la ligne et 39 % de ceux des deux gares parisiennes.
L'efficacité du projet Éole pour désengorger le RER A est en revanche plus nuancée. En 2000, le report de voyageurs du tronçon central du RER A vers le RER E est estimé à 2 100 voyageurs à l'heure de pointe du matin, ce qui est très inférieur aux 5940 voyageurs à l'heure prévus par l'avant-projet rectificatif de 1998. Il faut toutefois prendre en compte la plus faible progression du trafic francilien que celle estimée au début des années 1990.
La SNCF estimait, initialement, à 170 000 voyageurs, le nombre de voyageurs prévus à l'ouverture. Au 30 août 1999, elle estimait, cette fois, à deux millions et demi, le nombre de voyageurs ayant emprunté à ce jour la nouvelle ligne RER, c'est-à-dire uniquement sur la liaison vers Chelles, seule en service à ce moment-là. Entre 1998 et 2000, le nombre de voyageurs augmente de 90 %. C'est principalement la meilleure desserte des trois grandes gares parisiennes (Nord, Est, Saint-Lazare) qui a généré un gain de temps important pour une majorité de voyageurs, la liaison entre Magenta (Nord, Est) et Haussmann - Saint-Lazare se faisant désormais en 3 à 4 minutes. Avec l'augmentation de l'offre, tous ces changements auront permis de développer la clientèle.
L'offre dans les gares desservies augmenta de 25 % du fait de l'augmentation des fréquences, ce qui permit une hausse de la fréquentation de + 20 % à + 70 % selon les gares (hors tronc commun). La desserte parisienne, qui fut considérablement améliorée fut aussi une source de cette hausse. En effet, les trains avaient comme terminus la gare de l'Est et désormais ils offrent une meilleure intermodalité et sont en correspondance avec trois lignes de RER ainsi qu'avec huit lignes de métro, la ligne 14 du métro n'ayant atteint Saint-Lazare qu'en 2003.
Avec l'arrivée d'Éole, la plupart des gares de la ligne ont été labellisés Transilien et bénéficient, en principe, d'une présence humaine jusqu'au dernier train. Cette labellisation a nécessité des aménagements légers (confort, ambiance, accessibilité, signalétique). Les gares, hors tronc commun, ont fait l'objet d'aménagements dans ce cadre. Certaines d'entre-elles ont même été réaménagées dans le cadre de pôles « Plan de déplacements urbains (PDU) », avec à la clef, une meilleure accessibilité pour les personnes à mobilité réduite (PMR), une meilleure intermodalité, un meilleur confort durant l'attente du train, des cheminements, etc.
Ainsi, les gares du Raincy et de Noisy-Le-Sec ont fait l'objet de rénovation et d'aménagement, toutes deux en 2002. La gare de Nogent-le-Perreux a été refaite plus récemment. La gare de Chelles a été reconstruite dans le cadre des travaux du TGV Est en passant de quatre à six voies ; les travaux débutés en 2004 se sont terminés en septembre 2007 par l'inauguration de la gare reconstruite. La gare de Gagny a aussi bénéficié d'une rénovation ; les travaux commencés en 2007 se sont achevés au printemps 2008.