La relation commerciale ne constitue pas une ligne au sens infrastructure ou historique puisqu'elle emprunte successivement plusieurs tronçons de lignes à l'histoire spécifique :
La bifurcation de Moret-sur-Loing est une bifurcation à niveau, sans saut-de-mouton au niveau de la gare de Moret - Veneux-les-Sablons.
En 1858, il faut un peu plus de quatorze heures trente pour relier Paris à la capitale de l'Auvergne, via Orléans et Bourges, avec un changement au Guétin. Mais dès 1860, une relation de Paris-Austerlitz à Lyon est mise en service, avec une tranche de voitures directes pour Clermont, reliant Paris-Austerlitz à Clermont-Ferrand en onze heures trente-trois minutes. À la veille de la Première Guerre mondiale, l'amélioration de la traction et l'itinéraire via Montargis permettent de relier les deux villes en un peu plus de huit heures.
En 1931, l'ouverture de la ligne Vichy - Riom via Randan permet d'accélérer les relations : le meilleur temps s'établit à 7 h 22 minutes. En 1934, le PLM met en service des autorails rapides Bugatti doubles, avec un service exclusivement de première classe faisant tomber le meilleur temps de parcours à 4 h 55 minutes. L'année suivante, dix minutes sont encore gagnées.
En 1956, les Bugatti laissent la place à des RGP (Rame à Grand Parcours), qui relient Paris à Clermont en tout juste quatre heures pour le meilleur train. Au service d'hiver 1968, les locomotives à vapeur 241 P et 141 R laissent la place à la traction diesel et les autorails laissent également la place aux BB 67000. Sept allers-retours quotidiens relient Paris à Clermont, avec toutefois des lacunes importantes dans la trame horaire.
L'année 1973 voit l'arrivée des puissantes CC 72000 et une grande réforme des horaires, avec pour objectif de mieux répartir les circulations, et de démocratiser davantage la desserte. Les trains 191 « Le Bourbonnais » et 195 « L'Arverne » reçoivent des voitures de deuxième classe, le train 193 « Le Thermal » voit son origine reportée de Paris-Austerlitz à Paris-Gare de Lyon, le train 4511 voit la suppression des tranches Vichy et Nîmes ce qui permet de raccourcir le stationnement à Saint-Germain-des-Fossés, le train 5901 est maintenu toute l'année, et un nouveau train rapide quotidien de début de soirée est créé. Le train de nuit 4515 pour Béziers comporte dorénavant une tranche de voitures directes pour Millau et une tranche pour Lyon via Saint-Étienne. Enfin, le train de nuit 5919 comporte une tranche pour Clermont-Ferrand et une tranche pour Langeac.
Le changement d'engin de traction à Moret depuis l'électrification de la ligne impériale est également supprimé. Parallèlement, un relèvement des vitesses est effectué sur plusieurs tronçons, de 140 à 160 km/h, permettant de relier Paris à Clermont en 3 h 45 en moyenne, avec cinq arrêts intermédiaires, soit une vitesse commerciale de 112 km/h. La dissociation des dessertes de Nevers et Clermont profite aux deux relations, avec un parcours dorénavant sans arrêt de Paris à Nevers pour les relations long parcours. Au service d'été 1979, un nouveau train Paris-Marseille via Clermont-Ferrand et la ligne des Cévennes est créé, baptisé « Le Cévenol ». Au service d'été 1982, c'est une relation Paris-Béziers via la ligne des Causses qui est mise en service, nommée « L'Aubrac » ; ses voitures sont incorporées dans « Le Thermal » en sens impair, et au train 5958 en sens pair.
L'électrification de la ligne ne bouleverse pas fondamentalement la desserte. La mise sous tension de la ligne jusqu'à Nevers en 1988 permet de relier cette ville depuis Paris en 1 h 54 grâce aux BB 22200. Mais au-delà, le changement d'engin de traction fait perdre le léger gain de temps obtenu.
La mise sous tension du tronçon entier Nevers - Clermont-Ferrand en mars 1990 permet de ramener le temps de parcours Paris - Clermont-Ferrand entre 3 h 27 et 3 h 39 minutes. Si le gain de temps d'environ trente minutes sur 419 kilomètres n'est pas spectaculaire, la traction électrique permet en revanche d'augmenter sensiblement la charge des trains, qui peuvent alors atteindre 750 tonnes.
Les années suivantes voient l'introduction de nouvelles relations dans la trame existante, avec, un jour de semaine, sept trains Paris - Clermont (neuf les vendredis) et quatre trains Paris - Nevers (sept les vendredis). En 1998, un nouveau train est créé, reliant directement Paris et Clermont sans arrêt intermédiaire, en 3 h 08, soit 134 km/h de moyenne. En 2003, le train de nuit Paris - Aurillac/Millau est supprimé, pour cause d'occupation insuffisante, ce qui fait disparaître les circulations voyageurs nocturnes de la ligne.
Le 1er septembre 2003, la SNCF tente de faire oublier l'absence de TGV sur cette relation en lançant pour la première fois les Corail Téoz. Le nouveau confort apporté par la rénovation des voitures Corail, sans aucun gain de temps particulier, est compensé par la réservation obligatoire imposant un supplément de prix d'environ 10 %. Au service d'été 2004, la moitié des relations sont assurées en Corail Téoz, à raison de quatre allers-retours quotidiens en semaine. Depuis le 9 décembre 2007, toutes les relations sont assurées avec des voitures Corail Téoz, libérées suite à la mise en service de la LGV Est européenne, avec huit allers-retours quotidiens en semaine. En revanche, toutes les voitures directes au-delà de Clermont-Ferrand sont en conséquence supprimées.
Le 14 décembre 2008, des relèvements de vitesse sont effectués sur cinquante kilomètres suite à d'importants travaux d'amélioration de la ligne entrepris en 2004 dans les départements de la Nièvre et de l'Allier, dont la suppression de dix passages à niveau pour un coût de 41,2 millions d'euros. Ils permettent aux Téoz de circuler à 200 km/h sur quelques tronçons : de Saincaize à Saint-Pierre-le-Moûtier, de Villeneuve-sur-Allier à Moulins et de Moulins à Varennes-sur-Allier. Le gain de temps obtenu - six minutes - permet de franchir symboliquement la barre des trois heures, avec une marche sans arrêt en 2 h 59 minutes.
En 2010, il existe toujours huit allers-retours quotidiens Paris - Clermont-Ferrand en semaine, et six les samedis et dimanches. Plusieurs trains Intercités circulant uniquement entre Paris et Nevers complètent la trame : en semaine, sept Paris - Nevers et huit Nevers - Paris. Les temps de parcours entre Paris et Clermont varient de 2 h 59 (pour le train sans arrêt de Paris à Clermont) à 3 h 24 pour les trains desservant Nevers, Moulins, Saint-Germain-des-Fossés, Vichy et Riom.
Ceux de la relation Paris - Nevers varient entre 2 h 13 et 2 h 55, selon le nombre d'arrêts desservis. Ces trains desservent généralement les gares de Montargis, Nogent-sur-Vernisson, Briare, Cosne et La Charité-sur-Loire. Plusieurs relations transversales circulent également entre Saincaize et Saint-Germain-des-Fossés, du type Nantes - Lyon, toutefois en voie de raréfaction avec le développement des TGV intersecteurs.
Au début des années 2010, Clermont-Ferrand demeure une des rares capitales régionales françaises non desservies par le TGV. Afin de mettre fin à l'enclavement ferroviaire du Massif central, le projet de doublement à long terme de la LGV Sud-Est, proche de la saturation, par une nouvelle ligne traversant éventuellement le centre de la France a amené les élus auvergnats à réclamer une desserte de Clermont-Ferrand par le TGV en moins de deux heures depuis Paris, et une heure depuis Lyon.
Le projet de LGV Centre France a reçu le 4 juin 2008, le feu vert du Premier ministre François Fillon. Il a été inscrit dans la loi du Grenelle Environnement publiée au Journal Officiel du 5 août 2009. Désignée sous le nom de ligne Paris―Orléans―Clermont-Ferrand―Lyon, sa création y est prévue dans le cadre d'un programme supplémentaire, après un premier lot de 2 000 km de LGV visant à doubler la longueur du réseau existant d'ici 2020, pour un coût total de cinquante-trois milliards d'euros.
Le projet, pour lequel aucun tracé précis n'a encore été officiellement proposé, est actuellement en étude de faisabilité par RFF, à la demande de Dominique Bussereau, secrétaire d'État aux transports. Les études techniques préalables, les débats publics à mener, les commissions chargées d'établir un plan de financement, ainsi que les phases de construction d'une telle ligne nouvelle ne laissent pas projeter une mise en service avant 2025.