Microbiologie - Définition et Explications

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Les agents antibactériens

Les agents physiques

On peut citer les agents suivants :

  • La chaleur : à partir de 65°C, les protéines sont dénaturées, cependant certains micro-organismes sont capables de supporter des températures plus élevées.
  • Le pH : qu'il soit trop acide (Un acide est un composé chimique généralement défini par ses réactions...) ou trop basique.
  • Les hautes pressions : à partir de 6 000 bars. Ainsi, c'est avec un traitement par la pression (La pression est une notion physique fondamentale. On peut la voir comme une force rapportée...) que l'on stérilise les jus de fruits produits en industrie.
  • L'Aw : moins il y a d'eau (L’eau est un composé chimique ubiquitaire sur la Terre, essentiel pour tous les...) libre dans un milieu, moins les bactéries pourront se développer (Staphylococcus aureus se développe à partir d'une Aw de 0,83 )
  • Les UV : pour une longueur (La longueur d’un objet est la distance entre ses deux extrémités les plus...) d'onde (Une onde est la propagation d'une perturbation produisant sur son passage une variation...) voisine de 260 nm, ils détruisent tous les micro-organismes. Peu efficaces à travers les plastiques, ils sont utilisés pour stériliser l'air (L'air est le mélange de gaz constituant l'atmosphère de la Terre. Il est inodore et...).
  • Les rayons gamma : comme les UV, ils sont très efficaces. Ils peuvent traverser tous les plastiques et servent (Servent est la contraction du mot serveur et client.) donc à la stériliser les instruments comme les fils chirurgicaux par exemple. Leur utilisation a été tentée pour les produits alimentaires, sans succès auprès du public.

Les agents chimiques

à suivre

Identification des bactéries

L'identification des bactéries se fait suivant une clé dichotomique qui va des caractères les plus vastes aux plus pointus pour aboutir à une espèce (Dans les sciences du vivant, l’espèce (du latin species, « type »...) bactérienne donnée (Dans les technologies de l'information, une donnée est une description élémentaire,...).

Critères morphologiques

L’étude de la morphologie bactérienne est le premier acte effectué par un laboratoire de diagnostic (Le diagnostic (du grec δι?γνωση, diágnosi, à partir de...) pour identifier une bactérie (Les bactéries (Bacteria) sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes, caractérisées...). L'observation (L’observation est l’action de suivi attentif des phénomènes, sans volonté de les...) de la morphologie bactérienne permet une orientation (Au sens littéral, l'orientation désigne ou matérialise la direction de l'Orient (lever du soleil...) préliminaire du diagnostic.

Macroscopique

À l'œil nu, on peut distinguer les caractéristiques d'une colonie :

  • La forme du relief (Le relief est la différence de hauteur entre deux points. Néanmoins, ce mot est souvent employé...)
  • La taille
  • La couleur (La couleur est la perception subjective qu'a l'œil d'une ou plusieurs fréquences d'ondes...)
  • L'aspect (collant, filamenteux...)
  • L'odeur
  • La transparence (Un matériau ou un objet est qualifié de transparent lorsqu'il se laisse traverser par la...)
  • L'allure des contours

Il existe trois grands types de colonies:

  • colonies de TYPE S (Smooth=lisse): contours lisse et réguliers, semi-bombée, surface (Une surface désigne généralement la couche superficielle d'un objet. Le terme a...) brillantes, crémeuses.
  • colonies de TYPE M (Muqueux): contours lisse et réguliers, très bombées, surface très brillantes,filantes.
  • colonies de TYPE R (Rough=rugueux) : contours irréguliers, plates rugueuses et mates, sèches.

Microscopique

Coloration de Gram (La coloration de Gram doit son nom au bactériologiste danois Hans Christian Gram qui mis au point...)

Les bactéries étant en général quasiment transparentes, on commence par préparer un étalement sur lame de microscope auquel on applique une coloration de Gram. Les bactéries à Gram positif (Les bactéries à gram positif sont mises en évidence par une technique de coloration appelée...) apparaîtront mauves alors que celles à Gram négatif (Les bactéries à gram négatif sont mises en évidence par une technique de coloration appelée...) apparaîtront roses. Il existe d'autres colorations, comme par exemple celle au vert (Le vert est une couleur complémentaire correspondant à la lumière qui a une longueur d'onde...) de malachite (La malachite est une espèce minérale du groupe des carbonate minéral et du...) permettant de mettre en évidence les formes sporulées. La coloration de Gram permet de déterminer le type de paroi cellulaire.

Forme

La forme est extrêmement diverse au sein du monde (Le mot monde peut désigner :) bactérien. Si on excepte les bactéries dépourvues de paroi (Mycoplasmes), qui peuvent être très polymorphes, la diversité est relativement restreinte pour les bactéries d’intérêt médical et vétérinaire. Parmi celles-ci, on distingue principalement des formes sphériques (cocci), cylindriques (bacille), spiralées (spirille), enroulées (spirochète) à appendice bourgeonnante ou filamenteuse.

Mode de groupement

Elles peuvent se regrouper en chaînes (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus...), en amas asymétriques ou grappes (Staphylococcus), en amas cubiques réguliers (sarcines), en palissades ou en paquets d’épingles (Corynebacterium)... Le mode de groupement, à condition de l’apprécier sur une culture (La définition que donne l'UNESCO de la culture est la suivante [1] :) jeune effectuée en milieu liquide (La phase liquide est un état de la matière. Sous cette forme, la matière est...) et de tenir compte de l’aspect prédominant, est également un élément important pour orienter l'identification.

Taille

Les plus petites bactéries ont une taille de 0,1 à 0,2 micromètre (Un micromètre (symbole μm) vaut 10-6 = 0, 000 001 mètre.) (Chlamydia) alors que certaines ont un diamètre (Dans un cercle ou une sphère, le diamètre est un segment de droite passant par le centre...) supérieur à 10 micromètres. La plus grande bactérie connue (Thiomargarita namibiensis) peut atteindre un diamètre de 750 micromètres.

Présence de spore

Toutes les bactéries n'ont pas la possibilité de sporuler. La totalité des bacilles à Gram + sporulent en situation (En géographie, la situation est un concept spatial permettant la localisation relative d'un...) de stress (Le stress (« contrainte » en anglais), ou syndrome général...). Pour mettre en évidence les spores au microscope optique (Le microscope optique est un instrument d'optique muni d'un objectif et d'un oculaire qui permet de...), il suffit de les colorer au vert de malachite ou à l'encre de chine. Mais on peut les deviner à la coloration de Gram (absence de coloration). Les spores sont présents chez les Bacillus (Les Bacillus forment un genre de bactéries à gram positif, appartenant à la famille...).

Mobilité

Les bactéries peuvent être équipées d'un ou plusieurs flagelle(s) leur permettant de se déplacer. Pour définir le mode de déplacement ( En géométrie, un déplacement est une similitude qui conserve les distances et les angles...) des bactéries, on parle de chimiotactisme. La bactérie évoluant dans un milieu se déplace selon des gradients de concentration pour se rapprocher de sa "nourriture"

Capsule

La capsule est formée de polymères (polysaccharides ou protides) disposés en couches à la périphérie (Le mot périphérie vient du grec peripheria qui signifie circonférence. Plus...) de la bactérie. Celle-ci permet à la bactérie d'adhérer aux surfaces (coloniser les surfaces) et d'échapper au système immunitaire (Le système immunitaire d'un organisme est un ensemble coordonné d'éléments de...) car les antigènes de surface sont recouverts par la capsule qui les rend indétectables (pouvoir pathogène).

Critères biochimiques

On identifie aussi une bactérie en observant si elle utilise tel ou tel substrat. On la met donc en contact dans un milieu de culture avec un glucide (Les glucides sont une classe de molécules organiques contenant un groupement carbonyl...), ou un peptide, ou d'autres substrats plus complexes. On peut révéler l'utilisation de ce substrat par virage (changement de couleur) d'un indicateur de pH (Les indicateurs colorés de pH (ou indicateurs acide-base) sont des molécules qui ont la...) car un glucide utilisé donne un produit acide, un peptide donne un produit basique, etc.

Chaque famille de bactéries a des caractères propres, on peut donc les rassembler facilement avec des caractéristiques de base comme l'utilisation du glucose (Le glucose est un aldohexose, principal représentant des oses (sucres). Par convention, il est...) avec ou sans oxygène (L’oxygène est un élément chimique de la famille des chalcogènes, de...), la réduction des nitrates, etc. Ensuite, on dispose de galeries d'identifications biochimiques qui sont parfois vendues par des sociétés spécialisées. Ces tests sont assez longs, de un à deux jours (Le jour ou la journée est l'intervalle qui sépare le lever du coucher du Soleil ; c'est la...).

Critères génétiques

On peut citer des techniques de génie génétique (Le génie génétique (ou ingénierie génétique) est un ensemble de...) comme:

  • la PCR (Polymerase Chain Reaction) pour cibler un gène (Un gène est une séquence d'acide désoxyribonucléique (ADN) qui spécifie la...) présent uniquement chez une famille ou un genre bactérien par réhybridation spécifique de courtes séquences d'ADN (oligonucléotides amorces) synthétiques précises.
  • les puces à ADN qui utilisent le même principe mais ayant une précision allant jusqu'à la souche même.

Systématique (En sciences de la vie et en histoire naturelle, la systématique est la science qui a pour...) bactérienne

La systématique permet d'identifier une souche bactérienne inconnue grâce à différents examens et à l'utilisation de milieux de culture spécifiques.

La coloration de Gram et les tests de la catalase et de l'oxydase permettent de déterminer la famille. Des milieux de cultures spécifiques permettent d'arriver au genre et à l'espèce. Des examens supplémentaires tels que le sérogroupage (Le sérogroupage est une technique immunologique consistant à la mise en évidence d'antigènes...) peuvent être utilisés dans certains cas.

Coques à Gram positif et catalase positive

  • Famille des Micrococcaceae
    • Genre Micrococcus
    • Genre Staphylococcus

Coque à Gram positif et catalase négative

  • Famille des Streptococcaceae
    • Streptocoques des groupes Lancefield A, B, C, D (Enterococcus), F & G

Coque à Gram négatif

Gram négatif regroupe les bactéries à paroi fine qui ne retienne pas le bleu (Bleu (de l'ancien haut-allemand « blao » = brillant) est une des trois couleurs...) de gentiane/cristal elle apparaisse au microscope optique (L'optique est la branche de la physique qui traite de la lumière, du rayonnement...) en rose après que l'on ajoute de la fushine (genre neisseria, par exemple).

Bacille à Gram positif

  • Genre Bacillus
  • Genre Listeria (Listeria est un genre bactérien, qui compte 6 espèces :)
  • Genre Clostridium (Le genre Clostridium est un genre bactérien regroupant des bacilles gram positifs...)

Bacille à Gram négatif

Oxydase négative

Famille des Enterobacteriaceae :

  • Genre des Salmonella (Les salmonelles sont des entérobactéries du genre Salmonella, nommées ainsi en...)
  • Genre des Escherichia (Escherichia est un genre de bactéries de la famille des Enterobacteriaceae, qui colonise...)
    • Sérogroupage des Escherichiae Coli
    • Sérogroupage des autres Escherichia
  • Genre Shigella
  • Genre Klebsiella (Le genre Klebsiella (klebsielles) comporte cinq espèces (ci-contre) dont l'espèce-type...)
  • Genre Enterobacter
  • Genre Serratia
  • Genre Proteus
  • Genre Morganella
  • Genre Providencia
  • Genre Hafnia
Oxydase positive
  • Pseudomonas (Les bactéries du genre Pseudomonas peuvent être définies par :)
  • Vibrio
  • Aeromonas
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