À partir du Néolithique, les sociétés humaines entreprennent de contrôler une grande partie des animaux qui leur sont potentiellement utiles, ce qui amène un grand changement dans les rapports entre hommes et animaux au quotidien, même si des formes antérieures peuvent subsister, comme la chasse ou la pêche. Avec l'affirmation de sociétés étatiques et de grands organismes capables de prendre en charge un grand nombre d'activités économiques à une échelle plus importante, le contrôle des animaux prend une nouvelle dimension. Cela permet aux hommes de disposer de produits issus d'animaux à diverses fins, mais aussi d'avoir de précieux auxiliaires pour les travaux ou les déplacements en des temps où les moyens techniques sont limités et où la force musculaire reste de loin la plus utilisée.
Les hommes obtiennent les animaux sauvages par la chasse ou la pêche. Ces activités, préexistant au Néolithique, peuvent être exercées par des individus isolés ou en groupes, travaillant pour leur propre compte ou bien celui des institutions. À moins qu'ils ne soient dans le dernier cas, les chasseurs et pêcheurs nous ont laissé très peu de traces, car les grands organismes sont les principaux pourvoyeurs de nos sources écrites. L'Epopée de Gilgamesh nous montre un chasseur utilisant des pièges pour capturer des animaux. Mais les chasseurs les plus mentionnés sont les rois, pour qui cette activité était valorisante, en tant que préparation à la guerre mais aussi pour des raisons symboliques (voir plus bas). De toute manière, la chasse est une activité secondaire pour fournir de l'alimentation à partir du IVe millénaire, et les grands organisme la délaissent donc. Les chasseurs du Proche-Orient ancien pouvaient chasser une grande variété d'animaux sauvages. On est assez bien informés sur les pêcheurs des cours d'eau et marais du sud mésopotamien vers la fin du IIIe millénaire, parce que l'État contrôlait leurs activités : ils sont organisés en groupes supervisés par un chef, qui leur distribue des rations de subsistance. Les textes mésopotamiens du IIe millénaire font clairement la différence entre les pêcheurs qui travaillent en mer, dans les marais, ou dans les terres. Ils pouvaient pêcher à la ligne, avec des hameçons, ou bien avec des filets et des naces.
Développée à partir du Néolithique, peut-être suite à une chasse « sélective » privilégiant certains animaux qu'on a par la suite commencé à domestiquer, l'activité d'élevage des animaux domestiques (ou la simple « gestion » d'animaux comme les oiseaux de basse-cour ou les abeilles) est quant à elle beaucoup plus rentable et productive pour l'homme que la chasse ou la pêche, car elle organise le contrôle de toute la vie de l'animal (reproduction, croissance, déplacements, choix du moment propice pour l'abattage).
On peut distinguer trois formes d'élevage :
Les ovins sont de loin les animaux qui sont les plus élevés, parce qu'ils se contentent de peu de nourriture, et peuvent s'adapter à de nombreux environnements climatiques. Les chèvres sont moins présentes dans la documentation des grands organismes. Les bovins, bien que moins nombreux, sont probablement plus utiles, car en plus de fournir des aliments en grande quantité (viande et lait) et leur peau, ils constituent une force de travail non négligeable. Ce sont eux qui ont le plus de valeur financière. Les textes distinguent souvent divers types d'animaux parmi une même espèce, en fonction de leur aspect, ou bien de leur origine géographique : on trouve ainsi des moutons à queue grasse, de montagne, ou « amorrites », etc. Certaines régions sont en effet réputées pour donner naissance à certains types d'animaux particulièrement prisés.
L'élevage du cheval est celui qui a fait l'objet du plus d'attentions. Cela est lié au fait que cet animal est d'une grande utilité pour les élites guerrières du Proche-Orient ancien. Les Kassites et les Hourrites semblent avoir joué un grand rôle dans le développement de l'art de l'élevage du cheval à partir du milieu du IIe millénaire. L'élevage du cheval a donné naissance à une littérature spécifique : des textes dits hippiatriques (médecine du cheval) retrouvés à Ugarit en Syrie, et des conseils pour bien dresser les chevaux prodigués par un spécialiste hourrite nommé Kikkuli, retrouvés dans un texte hittite. Des textes administratifs d'autres sites contemporains (Assur, Nippur) montrent également tous les soins portés à l'élevage des chevaux par les élites des différents royaumes du Proche-Orient ancien.
Les animaux sont exploités pour les produits alimentaires qu'ils peuvent fournir aux hommes. Les animaux ont d'ailleurs probablement été domestiqués dans un but alimentaire. La consommation de viande est occasionnelle pour la plupart des habitants du Proche-Orient ancien, et vient loin derrière celle des végétaux. Elle est avant tout fournie par l'élevage à partir du IVe millénaire, la chasse devenant alors très secondaire. Il s'agit surtout de celle de moutons, mais aussi de caprins, de bovins et de porcs, voire de la volaille, et accessoirement d'animaux chassés comme les gazelles, les cerfs, les sangliers ou des oiseaux sauvages, voire certains types de souris. Les poissons se retrouvaient également au menu des anciens habitants du Proche-Orient, de même que certains crustacés, et des tortues. Certains insectes étaient également mangés (criquets, sauterelles), ce qui pouvait constituer un apport intéressant en protéines. La viande pouvait être consommée fraîche, mais pour la conserver longtemps il fallait la saler, la sécher ou la fumer. Des poissons et insectes pouvaient aussi être consommés en sauces. La graisse des porcs, et le sang de certains animaux entraient également dans la composition de certains plats. Les bovins et les caprins fournissaient également du lait, que l'on buvait, mais que l'on pouvait aussi transformer en beurre, babeurre, petit-lait ou en fromage, dont on connaît plusieurs variétés. Les nomades, qui se livrent traditionnellement à l'élevage, avaient sans doute plus facilement accès à ces produits que la majorité des sédentaires. Les œufs des oiseaux domestiques et sauvages étaient également mangés. Le miel est un produit très prisé. Si on consommait généralement les animaux dans un but alimentaire, parfois ils pouvaient rentrer dans la composition de produits médicinaux.
Les hommes élevaient et chassaient également des animaux pour se vêtir : laine des moutons, poils de chèvres, peaux d'animaux domestiques et sauvages. Ils avaient développé des techniques de traitement de ces matières premières : tannage des peaux pour en faire du cuir, teinturerie (parfois à l'aide de murex, qui permet d'obtenir une couleur pourpre qui est à l'origine du nom des Phéniciens). Cela constituait une alternative à la confection de vêtements en lin. On fabriquait des sacs et des outres en cuir, ainsi que des harnachements pour les animaux, des éléments de mobilier ou d'armement. La fibre de laine et les poils d'animaux pouvaient également servir à confectionner des cordes et des fils. La graisse animale pouvait servir de lubrifiant dans l'artisanat (textile, métallurgie, charrerie). Les tendons animaux étaient utilisées en cordonnerie, pour la couture, voire la menuiserie. On fabriquait des objets en cornes de caprins, ovins, ou des gazelles, notamment des récipients. L'os est peu utilisé dans l'artisanat. En revanche, l'ivoire sert de matière première pour des objets de luxe : boîtes à fard, éléments de statuettes, de mobilier. On le prélève sur des hippopotames, des éléphants, et aussi des dugongs. Le fumier peut enfin servir de combustible, ou dans des constructions.
Les animaux domestiques sont souvent des auxiliaires de travail pour les hommes. C'est pour cela qu'il semble que les Anciens divisaient les animaux entre ceux qui étaient productifs et ceux qui ne l'étaient pas (voir plus bas). Le chien, qui est le premier animal domestiqué, est ainsi très utile pour aider l'homme à la chasse, et aussi pour conduire les troupeaux, surveiller la maison. Des rapaces apprivoisés pouvaient également servir d'auxiliaires aux chasseurs, comme on le voit dans certains textes et sur des sceaux-cylindres. Les équidés (d'abord les ânes et onagres, puis par la suite les chevaux) étaient des animaux de bât et de trait. Ils étaient utilisés notamment pour tracter des chars. À partir du Ier millénaire, le dromadaire joue un rôle croissant comme animal de bât, grâce à sa grande capacité de résistance en environnement chaud et aride, ce qui permet aux hommes de prendre des routes plus longues à travers les déserts. Les bovins servent quant à eux comme animaux de traits de chariots, d'araires (qui peuvent aussi être tractés par des ânes), et peuvent être utilisés après la moisson pour le foulage des céréales moissonnées et ainsi séparer l'épi des grains.
Les humains ont procédé à plusieurs déplacements d'animaux. Le cas des mouvements d'animaux domestiques depuis un foyer de domestication vers de nouvelles régions est celui qui prend le plus de temps, mais couvre le plus de distances. On peut ainsi mentionner le cas de la poule, domestiquée en Asie orientale vers 6000, introduite au Proche-Orient trois millénaires plus tard, et passée ensuite vers l'Occident. Les animaux domestiqués au Proche-Orient ont évidemment été diffusés vers d'autres régions voisines.
Les animaux domestiques étaient parfois groupés en troupeaux qui effectuaient des déplacements pouvant être longs, pour éviter de rester dans les zones de cultures, et se diriger vers des zones de pâtures plus vastes, pour aller vers un climat meilleur. Les grands organismes engageaient des pasteurs nomades pour faire faire à leurs troupeaux ces déplacements. Quand les zones traversées étaient potentiellement dangereuses, les troupeaux étaient parfois accompagnées de soldats. Cela se repère dans les archives du temple d'Uruk au Ve siècle, qui dépêche des archers en plus des pasteurs pour escorter ses moutons qui vont paître vers la haute Mésopotamie, dans la région de Tikrit, où le climat est plus doux et les terres de pâtures plus abondantes.
Sous la Troisième dynastie d'Ur, l'État central organisait un vaste mouvement d'animaux domestiques mais aussi sauvages à l'intérieur de l'Empire, le système du , attesté dans les sources de Puzrish-Dagan. Les régions disposant de beaucoup de bétail en livraient à l'État à titre d'impôt, et ce dernier pouvait le rediriger vers une autre région de son territoire, notamment vers les grands centres de culte comme Nippur où les animaux pouvaient être donnés en sacrifice au grand dieu Enlil. On a calculé qu'environ 60 000 ovins faisaient l'objet de tels mouvements chaque année durant la fin du règne de Shulgi (2094-2047). Ce système était cependant exceptionnel et n'a duré que quelques années. On ne sait pas la part des échanges dans l'approvisionnement des communautés en bétail, les animaux étant probablement surtout élevés et utilisés localement ? Seuls les plus aisés devaient être correctement approvisionnés par les institutions et avoir accès à des circuits d'échanges.
Les restes archéozoologiques et les textes montrent en tout cas que les animaux pouvaient circuler sur de grandes distances à certaines occasions. La viande devait être fumée, séchée ou salée pour circuler sur de grandes distances. Sinon, on pouvait faire voyager des animaux vivants (y compris des poissons), pour ensuite les abattre sur le lieu d'arrivée si on souhaitait les consommer. On retrouve ainsi des poissons du Golfe Persique ou de Méditerranée dans des sites de haute Mésopotamie comme Tell Beydar, et des crevettes de mer en Assyrie.
Les animaux n'étaient pas forcément déplacés pour être consommés, ils pouvaient aussi l'être pour le bon plaisir des souverains, qui voulaient se constituer une collection d'animaux exotiques. Pour cela ils avaient plusieurs moyens à leur disposition. D'abord la voie diplomatique. Le roi Zimri-Lim de Mari obtient ainsi un chat égyptien. Mais il y avait aussi des animaux offerts en tribut : les rois assyriens demandaient aux vaincus de leur offrir des animaux exotiques, quand ils ne capturaient pas eux-mêmes ces animaux au cours de leurs campagnes militaires.
Quand se pose la question de pratiques humaines récréatives avec des animaux, le problème est que les sources ne les mentionnent explicitement que rarement. On sait que des animaux sauvages pouvaient prendre part à des fêtes organisées par les rois, notamment sous la Troisième dynastie d'Ur où on trouve la mention d'un ours montré.
En tout cas, il est clair que les animaux sauvages exotiques étaient très prisés par les grands souverains du Proche-Orient ancien, depuis ceux d'Akkad et d'Ur III jusqu'à ceux de l'Empire assyrien, comme on l'a vu plus haut. On connaît les grandes finalités de ces déplacements par les sources assyriennes : les chasses réalisées par les rois, rapportées par leurs Annales, ou les bas-reliefs d’un palais de Ninive montrant Assurbanipal chassant un lion. Ces mêmes documents mentionnent la constitution de sortes de « zoos » dans les jardins royaux, regroupant des animaux exotiques. Mais cela nous est présenté avant tout dans un but de glorification de la figure royale, qui domine le monde animal, le maîtrise, l’ordonne. Certes, les rois et les autres participants ont pu prendre du plaisir à tout cela ; mais ce n’est pas pour nous rapporter une telle chose que les faits ont été mis en image et par écrit.
On n’en sait pas plus sur l’éventuelle présence d’animaux de compagnie, élevés pour le simple plaisir de leur maître, dans son intimité. Il n’y a pas assez de preuves démontrant l’existence d’un tel phénomène dans les sociétés du Proche-Orient ancien.
Les sociétés humaines sont régulièrement soumises à des risques liés aux comportements de certains animaux sauvages, avec lesquelles elles rentrent en interaction. Plusieurs animaux peuvent mordre ou piquer les hommes et entraîner des complications, jusqu'à la mort parfois : les scorpions et les serpents (notamment la redoutable vipère à cornes) avant tout. Certaines des dix plaies d'Égypte présentées dans la Torah sont directement provoqués par des animaux sauvages : invasions de grenouilles, moustiques, mouches, et criquets pèlerins. La documentation assyrienne mentionne également les dégâts qui peuvent être causés par les mites, notamment sur les étoffes. Les sociétés du Proche-Orient ancien avaient pleinement conscience d'être éprouvées par de telles catastrophes. Elles avaient mis au point des méthodes pour y faire face : aérer les tissus attaqués par les mites, noyer les larves de criquets dans des canaux. Mais bien souvent les Anciens s'en remettaient à des prières et des incantations.
Des dégâts peuvent également être causés par des animaux domestiques : le Code de Hammurabi prévoit ainsi le cas où un bovin échapperait au contrôle de son maître et tuerait une personne, ou provoquerait des destructions matérielles. Plusieurs lois mésopotamiennes et hittites traitent des problèmes liés à la gestion des troupeaux, par exemple si un lion dévorait du bétail. Il fallait également surveiller les troupeaux de façon à ce qu'ils n'aillent pas dégrader les zones de cultures. Les animaux domestiques sont menacées par des épizooties, dont certains textes se font l'écho.