Dès que les médias s'emparent de l'affaire et que le public découvre le problème, une violente crise éclate. Cette crise est avant tout marquée par le décalage qui apparaît évident entre l'idée que se faisait les consommateurs et les pratiques des éleveurs : le public découvre que dans les élevages, les vaches ne mangent pas que de l'herbe et des végétaux, mais aussi des compléments alimentaires d'origine minérale, de synthèse, ou animale. Le public a dès lors appliqué, à son échelle, le principe de précaution, entraînant une chute de la consommation de viande bovine et ainsi la transition d’une crise sociale à une crise économique. Les mesures prophylactiques prises par les autorités, très médiatisées et très impressionnantes, comme l’abattage de troupeau entier, loin de rassurer, contribuent à l'inquiétude, tandis que les exhortations des responsables politiques à garder son sang-froid et ne pas se priver de viande restent sans effets.
La maladie inquiète également car elle n’est pas localisée, comme certaines autres crises contemporaines, et se transmet par un acte d’apparence anodine : la consommation de viande de bœuf
Les médias ont joué un rôle important dans le déclenchement de cette crise sociale. Depuis la fin de l’année 1995, le nombre croissant de cas inexpliqués de la maladie de Creutzfeldt-Jakob suscite les interrogations des scientifiques et une inquiétude croissante dans l’opinion publique britannique, dont la presse se fait alors le relais, mettant en garde contre la consommation de viande de bœuf et montrant clairement une volonté de briser le silence pesant sur le dossier jusque-là. C’est dans ce but que l'édition du Mirror du 20 mars 1996 annonce la déclaration officielle, que doit faire le secrétaire d'État, Stephen Dorell, le soir même sur le lien potentiel entre l'ESB et la MCJ. Ce fait lance réellement la crise. Au printemps 1996, l’ESB est citée régulièrement dans la première partie des journaux télévisés, et fait les grands titres des magazines : « Alimentation : tous les dangers cachés » (L'Événement, avril 1996) ; « Alerte à la bouffe folle » (Le Nouvel Observateur, avril 1996) ; « Peut-on encore manger de la viande ? » (60 millions de consommateurs, mai 1996) ; « Jusqu'où ira le poison anglais ? » (La Vie, juin 1996) ; « Vaches folles : la part des risques, la part des imprudences » (Le Point, juin 1996).
On reproche souvent aux médias le manque de recul qu’ils ont eu vis à vis des évènements, et l’emballement médiatique auquel a été sujet cette affaire. Les médias ont énormément joué sur le côté émotionnel et sensationnel de cette affaire, en relatant sans cesse la douleur des familles des victimes, sans informer le consommateur sur les véritables risques de la maladie. Cela a conduit à la diffusion de nombreuses informations erronées, comme des incidences de la contamination aberrantes ou l'annonce que la viande qui avait été retiré de Carrefour était contaminée, alors même que les animaux avaient été diagnostiqués négatifs lors des tests en abattoir. La maladie de la vache folle a pour beaucoup été médiatisée de manière excessive, notamment par la presse écrite et la télévision, qui diffusait les mêmes images en boucle. Toutefois, l'emprise sur les consommateurs n'aurait vraisemblablement pas été telle sans la crise de confiance qui apparu entre les consommateurs et les pouvoirs publics à l'occasion de la crise.
Dès les premiers remous autour de la maladie au Royaume-Uni, c'est en Allemagne que les consommateurs réagissent les premiers en limitant leur consommation de viande bovine de 11 % en 1995. Le Royaume-Uni connaît également une diminution précoce de la consommation, qui est, à compter de décembre 1995, inférieure de 15 à 25 % aux chiffres de l'année précédente. C'est surtout après que la crise a vraiment éclaté, fin mars 1996, que les consommateurs achètent moins de viande bovine par précaution, ce qui entraîne la chute du marché. Alors qu'en 1995, la consommation de viande bovine par habitant s'élevait en France à 27,7 kilos, les achats connaîtront une baisse d'environ 15 % en 1996, atteignant 25 % (45 % pour les abats) après l'annonce de la transmissibilité de l'ESB à d'autres espèces. Les viandes de volailles ont profité de la crise, enregistrant des hausses qui ont atteint 25 % pour le poulet et jusqu'à 33 % pour la pintade. La plupart des autres pays européens ont connu une baisse similaire, comme l'Allemagne, qui a vu la consommation de viande bovine, déjà atteinte, baisser de 32 % entre avril 1995 et avril 1996. Dans le même temps, la baisse était de 36 % en Italie.
Les producteurs de charcuterie qui utilisaient des intestins de bovins ont trouvé diverses alternatives : boyaux synthétiques, issus d’autres espèces comme le porc, le mouton ou le cheval ou en provenance de bovins importés de pays indemnes de la maladie.
La crise de la consommation intérieure, couplé avec le quasi-arrêt des exportations, a affecté sérieusement l’ensemble de la filière bovine française. Les éleveurs ont vu les cours des jeunes bovins diminuer fortement à partir de mars 1996, notamment du fait de l’arrêt des exportations qui constituaient leur principal débouché. Les cours sont repartis légèrement à la hausse à partir de juillet. Le cours des vaches a été moins affecté. L’offre était en effet limitée par l’embargo britannique et la possibilité pour les éleveurs de conserver les animaux sur la ferme. Le cours du broutard, après s’être effondré en avril, est remonté en mai grâce à l’intervention de la commission européenne qui a décidé de prélever en août 70 000 tonnes de carcasses de broutard (300 000 animaux environ) pour soutenir les prix.
Face à l'ampleur de la crise pour la filière, le gouvernement français a pris diverses mesures pour en soutenir les acteurs et leur permettre de passer cette période difficile. Les professionnels de la filière bovine (négociants, abatteurs, tripiers, ateliers de découpe) ont bénéficié de procédures de report des charges sociales et fiscales. Des prêts bonifiés à un taux de 2,5 % par an ont pu être accordés aux entreprises de l'aval de la filière. De plus, on a créé un fond de restructuration et de reconversion pour le secteur de la triperie et les petites et moyennes entreprises de la filière à l'amont de la distribution finale. Doté d'un crédit de 9 M€ et géré par l'OFIVAL (Office national interprofessionnel des viandes, de l’élevage et de l’aviculture), il a permis d'accompagner le regroupement d'entreprises, la reconversion de certaines d'entre-elles, voire la cessation d'activité dans certains cas difficiles. Suite à la décision du Conseil européen de Florence du 25 juin 1996, la France a obtenu une enveloppe de crédits communautaires de 215 M€ pour aider ses éleveurs, ce qui permit notamment une augmentation des primes aux bovins mâles et un maintien des troupeaux de vaches allaitantes. Des primes complémentaires ont été distribuées au niveau départemental, et la trésorerie des éleveurs a été allégée par des prises en charge d'intérêts et de reports de cotisation sociale et de remboursements.
Les embargos commerciaux ont eu un fort impact sur les pays concernés. C'est en premier lieu le Royaume-Uni qui a souffert de l'embargo établi à son encontre par les pays d'Europe vers lesquels il exportait une quantité importante de viande bovine. L'arrêt de ces exportations, ainsi que des produits dérivés, couplé à la chute de la consommation intérieure a provoqué une crise sans précédent de la filière bovine britannique. D'autres pays dans le monde ont subi la mise en place d'embargos. Ainsi, il a suffi d'un seul cas aux États-Unis en 2003 pour que la plupart des pays asiatiques, notamment le Japon (un tiers des exportations américaines), prennent immédiatement des mesures commerciales vis-à-vis de la viande bovine américaine. Au total, 65 nations ont stoppé leurs importations de viande américaine, dénonçant les insuffisances du système de contrôle américain. Il en a résulté une chute des exportations américaines, qui sont passées de 1 300 000 tonnes en 2003 à 322 000 tonnes en 2004, après qu'un cas de vache folle a été identifié. Elles ont depuis engagé une remontée pour atteindre 771 000 tonnes en 2007.