Il n'existe aucun traitement curatif contre la maladie de la vache folle. Les moyens utilisés pour enrayer l'épizootie consistent donc exclusivement en des mesures préventives, d'autant plus sévères depuis que l'on sait que la santé humaine est en jeu. Afin de mieux connaître la maladie et prendre les mesures adaptées, le gouvernement britannique crée en 1988 le Spongiform Encephalopthy Advisory Committee (SEAC) dirigé par le professeur Richard Southwood. Ce comité consultatif joue par la suite un grand rôle dans les différentes mesures prises au Royaume-Uni pour enrayer la maladie.
Dès juillet 1988, le Royaume-Uni prend la décision d'interdire l'utilisation de protéines animales dans la fabrication d'aliments pour les bovins, suivie rapidement par les autres pays concernés, comme la France en 1990. Le Royaume-Uni prend à plusieurs reprises des mesures plus sévères à ce sujet, interdisant l'utilisation de farines animales dans les engrais en 1991, élargissant l'interdiction aux autres ruminants (1994 pour la France), puis interdisant l'utilisation de matériaux à risque (cervelle, moelle épinière...) pour la fabrication des farines animales (juin 1996 pour la France) en octobre 1990 (août 1996 en France) et prohibant leur consommation par les autres espèces en août 1996 (novembre 2000 pour la France).
Malgré toutes ces précautions, des nouveaux cas continuent à être découverts, même sur des animaux nés après ces mesures. Ainsi, le Royaume-Uni enregistrait en 2004 816 animaux atteints nés après l'interdiction de 1990, et 95 cas d'animaux nés après l'interdiction complète de 1996. De même, en France, 752 cas d’ESB ont été découverts sur des animaux nés après la mise en place de l’interdiction des farines animales dans l’alimentation des bovins en 1990. Ces cas, nommés NAIF (nés après l’interdiction des farines animales), ont soulevé des interrogations sur le respect des règles instaurées et sur l'existence d'une éventuelle troisième voie de contamination. Des enquêtes approfondies menées par la Brigade d’Enquêtes Vétérinaires et Sanitaires (Direction Générale de l’Alimentation, DGAL) ont finalement montré que les aliments pour bovins pouvaient être contaminés par les aliments destinés aux monogastriques pour lesquels les farines de viande et d’os étaient encore autorisées. Ces contaminations croisées ont pu se produire lors de la fabrication de ces aliments en usine, mais aussi lors du transport ou même en exploitation. Malgré le renforcement des mesures en juin 1996, quelques cas sont apparus sur des animaux nés après cette date, appelés super NAIF. Ceux-ci peuvent s’expliquer par l’importation en France de farines animales issues de pays qui se croyaient à l’abri de la maladie alors qu’ils étaient d’ores et déjà contaminés, ou par l’utilisation de graisses animales dans les aliments ou les lactoremplaceurs jusqu’en 2000.
On peut reprocher au Royaume-Uni d'avoir continué et même accru les exportations de ses farines animales dans le monde entier après l'interdiction de les distribuer aux ruminants de 1988. Ainsi, en 1989, la France a importé 16 000 tonnes de farines animales susceptibles d'être contaminées par l'ESB avant que ces importations ne soient interdites par le gouvernement français. Bien qu'à partir de 1990 les matériaux à risques étaient retirés de la fabrication des farines anglaises, elles comportaient toujours un danger. Toutes ces exportations, maintenues pour des raisons économiques, sont probablement responsables de la diffusion de la maladie à travers le monde.
Depuis 2008, Bruxelles étudierait, sous la pression des éleveurs et filières, suite à l'augmentation des prix des aliments du bétail (150 % d'augmentation pour le blé, et 100 % pour le soja) de réintroduire, non pas les farines produites à partir de sous-produits issus de ruminants, mais celles produites avec des restes de porcs, de volailles et de poissons, à certaines conditions : « Il s'agirait de protéines extraites exclusivement de morceaux inutilisables mais aptes à la consommation humaine », selon Nicolas Douzin, directeur de la Fédération nationale (France) de l'industrie et du commerce en gros des viandes.
À partir de 1989, certains tissus et organes d’origine bovine considérés comme dangereux pour l’homme sont interdits à la vente au Royaume-Uni sur avis du comité Southwood. Ils sont retirés à l'abattoir (seule la colonne vertébrale peut être retirée à l'atelier de découpe ou à la boucherie) avant d'être incinérés. À l'origine, les produits concernés sont la colonne vertébrale, la cervelle, les yeux, les amygdales, la moelle épinière et la rate. Cette décision est étendue à l’Irlande du Nord et à l’Écosse le 30 janvier 1990, et les différents pays d'Europe adopteront des décisions similaires, comme par exemple la France en 1996. Comme pour les farines animales, on peut regretter que le Royaume-Uni ait continué à exporter ses abats à risque entre la date de l'interdiction et l'embargo décrété sur ses produits par la France, suivie de l'Union Européenne, début 1990.
Au fil du temps, la liste des produits interdits à la consommation a été révisée et allongée à plusieurs reprises avec l'avancée des connaissances. Ainsi, le thymus, ou ris de veau, a été ajouté en. En juin 2000 l'iléon est ajouté à la liste des produits interdits en France, suivi en octobre 2000 par le reste des intestins. Ils étaient notamment utilisés pour enrober certaines charcuteries comme les andouilles, les andouillettes, les cervelas et les saucissons et comportaient des risques du fait de la présence de tissus lymphoïdes pouvant être contaminés par l'ESB. L’amélioration des connaissances a également permis de fixer un âge limite plus précisément. Ainsi, la France décide en septembre 1996 de ne retirer le système nerveux central que pour des bovins de plus de 6 mois, puis pour des bovins de plus de 12 mois à partir de 2000, puisque cette partie du corps ne devient contaminante qu’après une lente évolution de la maladie. Dans le même temps, toute condition d’âge est enlevée concernant le retrait de la rate, des amygdales, du thymus et de l’intestin qui peuvent être infectés précocement. En 1996, on a étendu la législation aux ovins et caprins, susceptibles de contracter la maladie.
En avril 1996, suite à l'apparition de la variante humaine de la maladie, le gouvernement britannique décide d’interdire la consommation de viande issue des bovins âgés de plus de 30 mois.
Les graisses animales sont autorisées dans l'alimentation humaine, à condition d'être traitées après prélèvement par ultrafiltration et stérilisation à 133°C pendant 20 minutes.
Après une longue hésitation, la communauté européenne décrète en 1996 l'embargo sur la viande provenant de Grande-Bretagne. Cet embargo est étendu à d'autres produits animaux comme le suif ou la gélatine. L’Union européenne lève en 1999 l’interdiction pour la viande sous conditions : est par exemple acceptée la viande désossée provenant de bœufs élevés dans des exploitations indemnes d’ESB et âgés de moins de 30 mois lors de l’abattage. Malgré cet embargo, de la viande anglaise continue à être exportée vers l'Europe, notamment du fait de l'insuffisance des contrôles réalisés par le gouvernement britannique. La Commission européenne sanctionne d'ailleurs financièrement le Royaume-Uni en 1999 pour la défaillance de ses contrôles en lui infligeant une amende de 32,7 millions d’euros.
Toutefois, un pays maintien alors le blocage sur la viande anglaise : la France, motivée par les études de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa) qui considérant que les garanties offertes par le Royaume-Uni sont insuffisantes. Les britanniques expriment rapidement leur mécontentement, et répondent en refusant divers produits français. Devant l'entêtement de la France à adopter le principe de précaution, l'affaire arrive devant la Cour de justice européenne. En décembre 2001, celle-ci juge que les torts étaient partagés : la France aurait dû manifester son désaccord plus tôt, mais il est vrai que les mesures prises par la Commission européenne ne garantissaient pas, à l’époque, une traçabilité suffisante des produits britanniques. Finalement, en septembre 2002, la France lève son embargo suite à un avis positif de l'Afssa.
Le Royaume-Uni et la France ont parfois employé des tactiques différentes pour maîtriser l'épizootie. Ainsi, au Royaume-Uni, où l'ESB est soumise à déclaration obligatoire depuis juin 1988, le gouvernement a pris la décision d'interdire la mise à la consommation d'animaux âgés de plus de 30 mois, âge où se développe la maladie. Il n'est donc pas nécessaire de dépister les cas en abattoir, les animaux consommés n'étant pas en âge d'avoir développer la maladie et donc assurément sains.
La France a quant à elle choisi d'adopter un contrôle systématique des animaux abattus à plus de 24 mois, âge auquel il est possible de détecter la maladie le plus précocement. La détection de la maladie dans les tissus précède de 6 mois les premiers symptômes cliniques et est complémentaire de la simple surveillance clinique des animaux. La surveillance clinique est restée toutefois obligatoire pour tous les bovins entrant à l'abattoir, et a même été renforcée en 2000 avec le recrutement et l'affectation de personnels vétérinaires supplémentaires en abattoir.
En abattoir bovin, les cas d'ESB sont recherchés par un prélèvement de l'obex, un petit morceau du bulbe rachidien caché par le cervelet du bovin, en forme de V. Le prélèvement est ensuite analysé en laboratoire grâce à un test immunologique du type ELISA. Le laboratoire prélève la partie droite du V, qui servira au test rapide.
Une fois les résultats connus, les carcasses probablement contaminées (le test peut se révéler positif au premier test, mais des cas faux-positifs peuvent exister) par le prion sont écartées du circuit alimentaire humain et animal, ainsi que ses co-produits (abats, suifs, cuir, etc.). En France, un second test de confirmation a lieu à Lyon dans un laboratoire spécialisé à partir de la partie restante de l'obex. La lecture de ce second test est possible au bout d'une semaine. Cependant, les carcasses de bovins ne pouvant pas rester dans les réfrigérateurs pendant ce temps pour des raisons d'hygiène, les carcasses sont détruites avant l'obtention des résultats. Les organes à risques ou matières à risques spécifiés (MRS) sont récupérés pour être détruits (moelle épinière, intestins, le cerveau et les yeux). La destruction des carcasses est prise en charge par l'inter-profession, mais le manque à gagner lié à la destruction des MRS est important pour l'abattoir (environ 600 € la tonne).
Les veaux ne font pas l'objet de recherche de l'ESB, cependant certains organes à risques sont détruits (les intestins). Pour limiter le développement de la maladie, plusieurs pays décident d'abattre systématiquement les troupeaux dans lesquels une bête est atteinte.
Alors que l'on connaît encore mal la façon dont se transmet la maladie, la principale mesure phophylactique adoptée lorsqu'un animal est susceptible d'être porteur de la maladie est l'abattage.
La campagne d'abattage a été particulièrement impressionnante au Royaume-Uni. En effet, suite à l'interdiction qu'il y est fait de consommer les bovins de plus de 30 mois (âge auquel les animaux sont susceptibles de développer la maladie), le gouvernement britannique lance un programme d’abattage de ces animaux (à l'exception des reproducteurs bien sûr) avec indemnisation des éleveurs. À la fin de l’année 1998, ce sont plus de 2,4 millions de bovins qui ont été abattus au Royaume-Uni. En août 1996, le Royaume-Uni décide de mieux identifier les bovins nés après le 1er juillet 1996 par un système de passeport qui permet d'engager une campagne d'abattage sélectif des descendants des animaux atteints de l’ESB.
En France, la tactique des diagnostics au cas par cas pour les animaux de plus de 24 mois a permis d'éviter une tuerie d'une telle ampleur. Mais les abattages ont malgré tout été courants. En effet tout cas détecté en abattoir et confirmé à Lyon doit rapidement être suivi par la recherche de l’élevage d’origine de l’animal, permise par la traçabilité de ces animaux. Le troupeau d’origine, ainsi que ceux de tous les élevages dans lesquels l’animal a pu séjourner, sont par la suite intégralement abattus. Les éleveurs concernés touchent une indemnisation de la part de l’État.
La pratique de l'abattage systématique a été développée à un moment où on connaissait mal la maladie et ses modalités de transmission au sein d’un troupeau, et est celle que l'on utilise pour les maladies très contagieuses, ce qui n'est pas le cas de l'ESB. Son unique avantage et qu'elle a permis de rassurer le consommateur par son côté radical et impressionnant, mais elle a causé un grand tort aux éleveurs, qui avaient parfois mis très longtemps à constituer la génétique de leur troupeau, et s'est montré onéreuse. Elle a par la suite été remise en cause, notamment en Suisse où elle a laissé place à un abattage sélectif en 1999, puis en France sous la pression de la Confédération paysanne qui a obtenu une première réforme début 2002. À compter de cette date, en cas d’apparition de l’ESB dans une ferme, les animaux nés après le 1er janvier 2002 sont épargnés. Depuis décembre 2002, l’abattage systématique a été remplacé par un abattage plus sélectif : seuls les animaux du même âge que le bovin malade sont abattus. Ces mesures sont toujours applicables en 2009, mais la maladie a quasiment disparue et elles n'ont plux besoins d'être appliquées.
La traçabilité est la capacité de retrouver l’origine d’une pièce de viande afin de poursuivre deux objectifs : d'une part la prévention des risques alimentaires (possibilité de retirer de la vente des lots de viande suspectés a posteriori de présenter un risque pour le consommateur), d'autre part l’information des consommateurs (indication de la provenance exacte des produits achetés).
Suite à la crise de la vache folle, les mesures prises concernant l’identification et la traçabilité des animaux au niveau européen ont permis à la filière d’améliorer largement les pratiques dans ce domaine. Ainsi, les boucles, déjà obligatoires en France depuis 1978, doivent depuis 1997 être apposées dans les 48 heures qui suivent la naissance, et à chaque oreille. Dans la semaine qui suit la naissance, l’éleveur doit rapporter à l’établissement départemental de l’élevage (EDE) la naissance du veau, son type racial et l’identité de sa mère. C’est surtout dans les ateliers de découpe et les abattoirs que la traçabilité apparaît comme une nouveauté. Tous les intermédiaires de la filière bovine doivent pouvoir assurer le suivi des produits de manière à pouvoir retrouver l’animal auquel appartient chaque produit final. Ainsi, depuis 1999, le numéro de tuerie doit être inscrit à l’encre alimentaire sur les carcasses, demi-carcasses, quartiers et découpes de gros avec os dans les abattoirs. La réglementation concernant l’étiquetage des produits a également été rendue plus stricte. À partir de 2000, l’étiquette des viandes bovines en Europe doit obligatoirement faire figurer un numéro ou code de référence assurant le lien entre le produit et l’animal dont il est issu, le pays d’abattage et le numéro d’agrément de l’abattoir, le pays de découpage et le numéro d’agrément de l’atelier de découpe.
Du point de vue de la traçabilité, la France est globalement en avance sur l’Europe, et a une législation encore plus contraignante. Dès 1996 et dans l’optique de rassurer les consommateurs, l'association nationale interprofessionnelle du bétail et des viandes (Interbev), avec l'appui du ministère de l'agriculture, crée la marque collective VBF (viande bovine française) indiquant qu'un animal est né, élevé et abattu en France. Puis, en 1997, la France rend obligatoire l’apposition sur les étiquettes de la provenance de l'animal, de son type racial (race laitière, race à viande, ou race mixte) et de sa catégorie (taureau, bœuf, jeune bovin, génisse, vache).
Le gouvernement britannique a décidé le 20 octobre 2000 de retirer un vaccin anti-polio fabriqué avec des tissus bovins susceptibles d'être contaminés par l'ESB. Ce produit, nommé Medeva et distribué à des milliers d'enfants, pouvait présenter des risques de transmission du nouveau variant de la maladie de Creutzfeld-Jakob.
La transfusion sanguine est elle aussi suspectée de permettre la transmission de la maladie. C'est pourquoi le Canada a décidé en août 1999, d'exclure du don de sang toute personne ayant séjourné six mois ou plus au Royaume-Uni entre 1980 et 1996, et a étendu en août 2000 cette décision aux résidents de la France sur la même période. Les États-Unis prennent des mesures similaires. Pour sa part, la France interdit au don du sang les personnes ayant vécu 6 mois ou plus au Royaume-Uni pendant la période de la vache folle (1980-1996). Ces craintes s'appuient sur des expérimentations menée sur des ovins qui ont démontré que la maladie pouvait se transmettre par transfusion sanguine, et se sont ensuite largement confirmées avec la publication en 2004 et 2006 d'études portant sur trois patients anglais décédés du nouveau variant de la MCJ après avoir reçu des transfusions provenant de personnes ayant elles-mêmes développé la maladie après leur don du sang.
Les mesures de lutte contre ESB ont un coût important qui est supporté à la fois par les consommateurs et par l’État. Les trois postes de dépenses sont la prévention, la mise en évidence des cas et l’éradication. Les mesures de prévention consistent à retirer les matériels à risque spécifiés (MRS), à éliminer les déchets par le circuit à bas risque et à ramasser et détruire les MRS et cadavres par le circuit à haut risque. Ces mesures représentent un coût de 560 millions d'euros par an, soit 67 % du coût total de la lutte. Les mesures de surveillance engendrent un coût par la formation des membres du réseau à la détection des cas cliniques, le traitement administratif des cas suspects, les visites et dans une petite proportion l'indemnisation des éleveurs. Le coût total annuel des mesures de surveillance s’élève à 185 millions d’euros soit 21,5 % du coût total des mesures de lutte contre l’ESB. Enfin, l’abattage systématique des troupeaux dans lesquels un cas d'ESB a été identifié représente 12,5 % du coût total de la lutte, c’est-à-dire 105 millions d’euros. Ainsi, le coût total annuel des mesures de lutte contre l’ESB en France pendant la période de crise s’élève à 850 millions d’euros.
Au Royaume-Uni, les frais engendrés par l'épizootie sont impressionnants. Entre 1986 et 1996, ce sont 288 millions de livres sterling d'argent public qui sont alloués à la recherche et aux plans de compensation des acteurs de la filière par le gouvernement britannique.