Les échidnés à nez court mesurent en moyenne 30 à 45 centimètres de long (53 centimètres pour les plus grands), ont un museau de 75 millimètres, une queue de 90 millimètres et pèsent entre deux et six kilogrammes. Toutefois, la sous-espèce tasmanienne, T. a. setosus, est plus grande que ses congénères du continent. Le cou n'est pas apparent extérieurement de sorte que la tête et le corps semblent reliés directement. Les conduits auditifs sont dépourvus de pavillons. Les yeux, petits, sont situés à la base du museau pointu tandis que les narines et la bouche sont situées à l'extrémité; la bouche ne peut pas s'ouvrir de plus de 5 mm.
Tout l'animal, à l'exception de l'abdomen, de la face et des pattes est recouvert de piquants de couleur crème. Ces derniers qui peuvent mesurer jusqu'à 50 millimètres de long, sont des poils creux modifiés, formés surtout de kératine. L'animal est protégé par une fourrure poussant entre les piquants dont la couleur peut aller de miel au noir en passant par un rouge-brun foncé ; le ventre et la face dorsale de la queue sont aussi couverts de fourrure dont la couleur varie suivant les régions. La fourrure peut être parasitée par la plus grande puce au monde : Bradiopsylla echidnae, qui mesure jusqu'à 4 millimètres de long.
Les membres trapus sont adaptés à un travail de creusement rapide ; ils sont courts et ont cinq doigts munis de puissantes griffes. Celles des pattes postérieures sont longues et recourbées vers l'arrière pour permettre un nettoyage et une toilette de la fourrure située entre les piquants. Le mâle possède des aiguillons venimeux aux gros orteils des pattes postérieures mais les glandes à venin ne sont pas fonctionnelles.
Comme l'ornithorynque, l'échidné a une température corporelle basse, entre 30 et 32 °C, mais à la différence du premier qui, protégé par une importante couche adipeuse, ne descend jamais de beaucoup sa température et ne montre ni signe de torpeur ni passage en hibernation, la température de l'échidné peut descendre à 5 °C. En cas de forte chaleur, l'échidné n'halète pas ou ne transpire pas et se contente de chercher un abri. En automne et en hiver, l'échidné a des périodes de torpeur et d'hibernation. En raison de sa basse température, l'animal est lent quand il fait trop chaud (pour ne pas faire monter sa température) ou trop froid (car sa température interne est trop basse pour avoir une activité normale).
Comme chez tous les monotrèmes, la femelle a un seul orifice pour les conduits génitaux et l'évacuation des matières fécales et de l'urine: le cloaque. Le mâle a des testicules internes (ce qui est possible en raison de sa température basse), pas de scrotum apparent et un pénis très original avec quatre boules à l'extrémité. La femelle gestante développe une poche sur son ventre dans laquelle grandira le petit.
La musculature de l'échidné à nez court a un nombre important d'aspects inhabituels. Le muscle panniculus carnosus est un énorme muscle situé juste sous la peau et couvrant tout le corps. En contractant différents faisceaux musculaires, l'échidné peut changer de forme. Il peut ainsi se rouler en boule quand il se sent menacé, protégeant son ventre et ne présentant à l'ennemi qu'une enveloppe d'épines. Il a une des plus courtes moelles épinières de tous les mammifères, n'allant pas au-delà de la dernière vertèbre thoracique.
La musculature de la face, des mâchoires et de la langue est spécialisée pour permettre à l'animal de se nourrir. La langue est le seul moyen dont l'échidné dispose pour attraper ses proies. Elle peut sortir de 18 centimètres de son museau. La langue est collante en raison de la présence de glycoprotéines riches en mucus qui servent à la fois à la lubrifier dans ses rapides mouvements de va et vient et à retenir fourmis et termites qui se retrouvent engluées. La protrusion de la langue est permise par la contraction des muscles circulaires qui la font changer de forme et la propulsent vers l'avant et celle des deux muscles génioglosses fixés à l'extrémité caudale de la langue et à la mandibule. La langue en protrusion est gonflée et rigidifiée par un afflux de sang, ce qui lui permet de se faufiler dans le bois et le sol. Pour se rétracter, la langue a besoin de la contraction de deux autres muscles extrinsèques: les sternoglosses. Quand la langue rétractée dans la cavité buccale se met à ressortir, les proies sont retenues sur la face arrière des « dents » en kératine situées sur le palais, ce qui permet de les capturer et de les écraser. La langue se déplace à grande vitesse et on a pu mesurer qu'elle pouvait faire cent va-et-vient à la minute.
De nombreuses adaptations physiologiques lui ont été nécessaires compte tenu de son style de vie. Pour pouvoir rester enfoui lorsqu'il se sent menacé, il doit être capable de supporter de fortes concentrations en gaz carbonique dans l'air qu'il respire ; il peut même rester volontairement dans une telle situation. Ses oreilles sont sensibles aux basses fréquences, ce qui lui permet d'entendre plus facilement les bruits faits par les termites ou les fourmis dans leurs galeries. Son museau tanné porte des récepteurs mécaniques et thermiques qui lui donnent des informations sur le milieu environnant. L'échidné à nez court a un système olfactif bien développé qui lui permet de repérer ses partenaires et ses proies. Il bénéficie d'une analyse des visions très développée et on a pu montrer qu'il avait un pouvoir de discrimination visuel et une mémoire spatiale comparables à celle du rat. Son cerveau et l'ensemble de son système nerveux central ont été étudiés de façon approfondie pour le comparer à celui des animaux placentaires. L'échidné à nez court possède le plus important cortex préfrontal de tous les mammifères si on le rapporte à sa taille. Il a des périodes de mouvements rapides des yeux pendant son sommeil comme on le retrouve dans le sommeil paradoxal chez l'homme. On a pu montrer aussi que son cerveau possédait un claustrum semblable à celui des placentaires et ce à la différence de leurs ancêtres communs.