Elles ne sont pas celles qui ont été les mieux décrites par les chroniqueurs, alors que d’autres zoonoses l'étaient avec précisions dès l’antiquité (la rage du chien par exemple). Ainsi Virgile a-t-il précisément décrit les symptômes de la gale du mouton, ou de la peste bovine.
Si ces maladies ont mieux été décrites que des maladies aviaires, on peut y voir plusieurs raisons :
Les pigeons ont également été importants pour les armées. Ils ont par cette voie pu contribuer à faire circuler les parasites et pathogènes. (voir à ce propos l'article Pigeon de 1914-1918 )
Hippocrate vers 400 avant J.C. décrit une épidémie sévissant au Nord de la Grèce antique, caractérisée par des toux suivies notamment de pneumonies. Mais il pourrait aussi s’agir de la coqueluche.
Vers 1173-1174, des descriptions plus précises évoquent la grippe telle que nous la connaissons.
Les oiseaux ont toujours fasciné. Des corps d’observateurs professionnels les étudiaient (jusqu'à les disséquer) attentivement pour produire les augures chez les romains, et avant eux chez les grecs et les babyloniens. Les oies et canards étaient représentées par les égyptiens... Ces observateurs ont laissé d’utiles informations aux historiens des maladies.
L'épidémiologie rétrospective est une science difficile :
Dès le début du XIXe siècle, les rapports sur la peste aviaire se font plus précis (la vraie peste aviaire ne sera caractérisée qu’à la fin du XIXe siècle). Les données épidémiologique seront de mieux en mieux documentées, notamment après la création de l’OIE, avec aux Pays-Bas en 2003, une zoonose entrainant l’abattage de millions de volailles, pour un coût d’environ 1 milliards d’euros.
L’origine aviaire des pandémies n’est elle-même qu’une hypothèse, que Barbara Dufour, vétérinaire, a sur France-culture en 2005 présentée comme la plus probable (suite à réassortiments avec virus humain, éventuellement – c’est ici encore une hypothèse – via le porc).
En 2003, la FAO rappelait déjà : « Aucune évidence jusqu’ici n’indique que les oiseaux sauvages sont la source des présentes éruptions épizootiques du virus hautement pathogène de la grippe aviaire H5N1. Les oiseaux sauvages ne doivent pas être éliminés ». Ce message a été maintes fois rappelé.
Certains ont pourtant volontiers et un peu rapidement incriminé en 2004/2005 les oiseaux migrateurs comme vecteur principal de diffusion du virus H5N1 HP, mais ça n’était et ne reste qu’une hypothèse plausible, à démontrer. On ignorait encore fin 2005 si les oiseaux pouvaient porter sur de grandes distances le virus hautement pathogène. (Sur les zones touchées, les oiseaux capturés autour des oiseaux morts n’étaient pas porteurs du H5N1, et on a ensuite trouvé peu d’oiseaux sauvages porteurs, voire aucun sur les grands axes migratoires).
Début 2006, la part de responsabilité des migrateurs n’est toujours pas claire.
Les extensions observées en Thaïlande et au Viêt Nam, puis en Afrique, et en Roumanie en juin 2006 semblent plus nettement accuser le transport humain des volailles ou des trafics d’oiseaux (le déplacement licite ou illicite d’animaux a de tout temps été un facteur majeur de propagation des épizooties. Les oiseaux sauvages sont le réservoir naturel des virus grippaux, mais généralement faiblement pathogènes). Les épizooties semblent se développer le long des routes, voire des voies ferrées (transsibérien), plus que le long des axes de migration aviaire, et aux dates leur correspondant. La FAO a mi-2006 conclu que le principal facteur de risque était plutôt l’élevage avicole industriel et le transport de volailles ou sous-produits contaminés.
Même les épizooties du Moyen Âge et postérieures pourraient pour partie au moins être liées aux activités humaines (Cf. élevage, transport du virus par les volailles et les armées, utilisation d’excréments animaux et humains contaminés comme engrais, absence de traitement des eaux usées avant rejet dans le milieu, déplacement massifs de populations aviaires suite aux grands assèchements de tourbières, marais et vallées humides, etc.).