Un premier axe de critique concerne le mode de direction de l'hôpital. Selon la loi, le directeur d’hôpital définit la politique médicale (sur avis consultatif de la commission médicale d'établissement), nomme et licencie y compris les médecins, chefs de pôle et de service. Le directeur est contrôlé par le directoire, le conseil de surveillance et l'Agence régionale de santé (ARS).
Parmi les critiques, le sociologue Frédéric Pierru (spécialiste des politiques de santé au CNRS) pointe « la chaîne de pouvoir qui va du ministère de la Santé jusqu'au directeur d'hôpital, en passant par le directeur des agences régionales de santé, établie pour contourner les intérêts locaux et médicaux ». Une première critique est donc le pouvoir politique vertical. A l'inverse, le pouvoir local du maire sur l'hôpital de sa ville mise en place est ainsi réduit. De même, les médecins sentent une réduction de leur pouvoir dans l'hôpital, n'ayant qu'un avis consultatif au sein de la commission médicale d'établissement. C'est l'un des éléments qui fait craindre à certains que la logique économique passe avant la logique médicale. Le professeur Bernard Debré (hôpital Cochin, député UMP de Paris) explique ainsi en avril 2009 que « Nous sommes en révolte parce que nous croyons que le pouvoir qu'ont les médecins de proposer un projet médical pour l'hôpital ne leur appartiendra pas : ce sera le directeur qui l'aura, avec une vision uniquement comptable. ».
La loi prévoit également que le directeur d’hôpital ne soit plus systématiquement issu de l'École des hautes études en santé publique, mais pourra être recruté sur CV, venant du secteur privé. Les critiques craignent que cela n'ouvre la voie à des « directeurs mercenaires », uniquement là pour rééquilibrer les comptes, sans sensibilité et souci médical.
Globalement, les adversaires de la loi dénoncent la logique d'« hôpital entreprise » contenue dans cette réforme.
La critique est également financière alors que des suppressions d'emplois sont prévues parallèlement. En prévision de ce nouveau plan d'économie, les présidents de Comités consultatifs médicaux (CCM) des hôpitaux de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris ont adressé, le 5 novembre 2008, à la ministre de la Santé une lettre ouverte intitulée Sauver l'hôpital public. Ils y dénonçaient des « restrictions budgétaires sans objectifs médicaux ni de santé publique clairement identifiés » et les « économies à très court terme et à tout prix », jugeant que la « qualité » et l’« accès aux soins pour tous » allaient « pâtir » de cette réduction des dépenses.
Une poignée de députés avaient déposé un amendement visant à interdire la publicité pour des aliments trop gras ou trop sucrés dans les programmes pour enfants à la télévision, pour juguler l'épidémie d'obésité qui sévit en France, à l'instar d'autres pays européens comme la Suède ou le Royaume-Uni. Le lobby de l'industrie agroalimentaire a obtenu le rejet de cet amendement
Les principales mesures de la loi sont les suivantes :
Des Agences régionales de santé (ARS) vont regrouper sept structures complémentaires, dont les Agences régionales de l'hospitalisation (ARH), les DDASS, les unions régionales des caisses d'assurance-maladie (URCAM) et une partie de l'activité des caisses régionales d'assurance maladie (CRAM). Les ARS sont appelées à coordonner les hôpitaux, la médecine de ville (généralistes et spécialistes) et le secteur médico-social (maisons de retraite, ESAT...).
Le texte prévoit une nouvelle gouvernance des hôpitaux (conseil de surveillance, directoire, contrats pluriannuels d'objectifs et de moyens). Il veut faciliter des « coopérations » de l'hôpital public avec le secteur privé (cliniques...).
L'objectif affiché est de débloquer la vie de l'hôpital, qui était figée, selon certains, par la recherche du consensus ou l'équilibre des lobbies internes. Nicolas Sarkozy estimait ainsi que l'hôpital « n'est plus gouverné parce que, dans l'hôpital aujourd'hui, chacun a suffisamment de pouvoir pour dire non, et personne n'a de pouvoir pour dire oui ». Il souhaite donc mettre « un seul patron à l'hôpital ».
La loi HPST entend lutter contre l'inégalité des patients en matière d'accès aux soins. Face à l'inégale répartition des professionnels de santé sur le territoire, la loi veut tenter de repeupler les déserts médicaux tout en respectant le principe de la liberté d'installation des professionnels libéraux. Des sanctions, notamment financières, sont annoncées à l'encontre des médecins et dentistes qui refusent des patients titulaires de la couverture maladie universelle (CMU) ou l'aide médicale d'État (AME, pour les étrangers sans papiers ni ressources).
Le texte prévoit l'interdiction totale de vente d'alcool aux mineurs. Il limite en outre la vente d'alcool dans les stations-services (interdiction de vendre des boissons alcoolisées réfrigérées, et interdiction de toute vente la nuit).
Le texte facilite l'accès à la contraception, en prévoyant notamment la possibilité pour le pharmacien de délivrer des contraceptifs oraux au-delà de la période de validité de l'ordonnance.
Par ailleurs, l'art. 115 prévoit la possibilité, pour le gouvernement, de fusionner par ordonnance l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa) et l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail (Afsset), ce qui a été fait en janvier 2010 avec la création de l'Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail.
La loi réforme également les ordres professionnels des professions de santé en substituant un renouvellement par moitié au renouvellement par tiers qui était la règle précédemment.