Les symptômes débutent typiquement plusieurs heures à plusieurs jours après l’ingestion et selon l'agent en cause, peut comprendre un ou plusieurs des troubles suivants : nausée, douleur abdominale, vomissements, diarrhée, gastroentérite, fièvre, maux de tête ou fatigue physique. Dans la plupart des cas les symptômes disparaissent sans lendemain après une courte période d’indisposition et de maladie. Cependant, la maladie transmise par les aliments peut avoir comme conséquence des problèmes de santé permanents et même provoquer des décès, notamment chez les bébés, les femmes enceintes et le fœtus, les personnes âgées, les malades, les personnes présentant un déficit du système immunitaire. La maladie transmise par voie alimentaire est une cause importante d’arthrite réactionnelle, qui se produit typiquement de 1 à 3 semaines après l’infection. De même, les personnes présentant une maladie hépatique sont particulièrement susceptibles aux infections par vibrio vulnificus,qui peuvent être transmises par les huîtres ou les crabes.
Les infections bactériennes sont la cause la plus fréquente d'intoxication alimentaire.
Au Royaume-Uni, pendant l’année 2000, les différentes bactéries impliquées se répartissaient comme suit : Campylobacter jejuni (77.3%), salmonelles (20.9%), Escherichia coli O157:H7 (1.4%), et tous les autres (moins de 0.1%).
En France un agent infectieux a été mis en évidence dans moins de 50 % des cas. Il s'agissait alors de salmonelle (64%), staphylocoque doré (14%), Clostridium perfringens (5%) et Bacillus cereus (3.5%).
Aux États-Unis, les norovirus sont la cause la plus répandue de maladie transmise par les aliments, provoquant 57% des épidémies en 2004. Dans le passé les infections bactériennes ont été considérées comme les plus répandues parce que peu de laboratoires avaient la capacité de rechercher le norovirus et qu’aucune surveillance active n'était réalisée pour ce germe particulier.
Les symptômes des infections bactériennes sont retardés car les bactéries ont besoin de temps pour se multiplier. D'habitude, on ne les observe pas avant 12 à 36 heures après le repas contaminé.
Les bactéries pathogènes transmises le plus fréquemment par les aliments sont les suivantes :
En plus de la maladie due à une infection bactérienne directe, certaines intoxications alimentaires sont dues aux exotoxines qui sont excrétées par la cellule lorsque la bactérie se multiplie dans l'aliment. Les exotoxines qui sont des entérotoxines peuvent rendre malade même si les micro-organismes qui les ont produits ont été tués. Les symptômes apparaissent typiquement après 1-6 heures en fonction de la dose de toxine ingérée. On parle alors d'intoxination.
Par exemple le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus) produit une toxine qui provoque de violents vomissements et des diarrhées 3 heures environ après ingestion de l'aliment. La guérison est spontanée. Le botulisme, une maladie rare mais potentiellement létale (5 à 10% des cas) se présente lorsque la bactérie anaérobie Clostridium botulinum se multiplie dans des aliments à faible acidité qui lui fournit des condition d'anaérobiose (absence d'oxygène) et produit la toxine botulique, une puissante toxine paralysante. Les aliments le plus souvent incriminés sont les jambons crus (développement près de l'os) et les conserves familiales mal stérilisées.
Les infections virales constituent peut-être le tiers des intoxications alimentaires des pays développés. Elles ont d'habitude une période d'incubation intermédiaire (1-3 jours), causent des maladies qui se limitent d'elles-mêmes chez les sujets qui n'ont pas d'autres problèmes de santé, et sont similaires aux formes bactériennes décrites ci-dessus.
La plupart des intoxications alimentaires dues à des parasites sont des zoonoses :
Autres :
En contraste, divers aliments peuvent contenir naturellement des toxines qui ne sont pas produites par des bactéries et sont présentes naturellement dans les denrées alimentaires, parmi lesquelles :