On classe les organes selon leur fonctions, leur disposition leur nombre, avec notamment :
Les fonctions physiologiques sont :
La structure des organismes biologiques qui constituent la biosphère peut être décomposée en plusieurs niveaux d'organisation : atomique, moléculaire, cellulaire, tissulaire, des organes, des systèmes, et enfin celui de l'organisme dans sa totalité fonctionnelle, et éventuellement de supers-organismes (Colonie d'abeilles, récif corallien, etc). Pour la description de cette structure en niveaux emboîtés, Georges Chapouthier a proposé l'utilisation du concept de mosaïque. Comme dans une mosaïque au sens artistique du terme, qui laisse à ses tesselles l'autonomie de leur couleur ou de leur forme, chaque niveau de complexité du vivant intègre les niveaux inférieurs comme des parties, en leur laissant une autonomie de fonctionnement.
L'étude scientifique du vivant se fait par des recherches sur les éléments de chacun de ces niveaux, puis par la compréhension des interactions entre ces différents niveaux (voir l'article “Méthode scientifique”).
L'étude du niveau des organes permet de comprendre la structure, la fonction et le fonctionnement des organes, qui constituent les différents systèmes fonctionnels de l'organisme (système nerveux, système digestif, système immunitaire …).