Le patrimoine militaire de Besançon est assez riche, la ville étant protégée par des dizaines de forts et de tours. L'édifice le plus représentatif est sans nul doute la Citadelle de Besançon, une des plus belles de France.
Citadelles
La Citadelle de Besançon constitue la seule citadelle de la ville, néanmoins elle reste l'une des plus belles de France. Elle fut construite par Vauban entre 1668 et 1711, sur le mont Saint-Étienne, à plus de 100 m d'altitude et surplombe le Doubs. Au sein de la citadelle subsiste la chapelle Saint-Étienne, un puits de plus de 130 m de fond, ainsi que trois prestigieux musées :
le musée de la Résistance et de la déportation, créé en 1971 illustrant les supplices de ce qu'était la Seconde Guerre mondiale ;
le musée comtois, retraçant les activités franc-comtoises d'art et de traditions.
Tours et corps de garde
Les tours de Besançon sont toutes situées à proximité du Doubs et devaient défendre la vieille ville. Un grand nombre d'entre elles sont encore présentes, notamment grâce à leur label « Monument historique » (sauf pour la Tour Saint-Pierre), et font toutes partie du Réseau des sites majeurs de Vauban (elles furent construites ou réhabilitées par l'architecte au cours du XVIIe siècle).
La Tour de la Pelote fut construite en 1475, et fait partie des plus anciennes fortifications de la ville. Elle est située sur le quai de Strasbourg, entre le centre historique et le quartier de Battant.
La Tour Notre-Dame, située près de la Citadelle de Besançon.
La Tour Saint-Pierre, aujourd'hui détruite ; elle était située au bout du pont de la République, au centre-ville.
La Tour de Bregille, située dans le même quartier, fut construite au XVIe siècle.
La Tour de Montmart, aussi appelée Tour de Battant ou Tour Carrée fut construite en 1526, elle est située dans le quartier de Battant au sein même de la promenade des glacis.
La Tour des Cordeliers fut construite en 1691, elle est sur le bord du Doubs.
Le Corps de garde de Chamars est actuellement le seul édifice de ce type présent à Besançon et fut construit par Vauban dans les années 1730.
Forts
La première particularité des défenses de la ville est son nombre de forts : environ 16, ce qui constitue un des plus grands réseaux de fortification de France au sein d'une ville et son agglomération. La plupart d'entre eux ont été réhabilités et sont habités ou loués par des entreprises, d'autres sont totalement laissés à l'abandon et menacent de disparaître, comme le Fort de Rosemont ou le Fort des Buisouest. Aujourd'hui, 12 des 16 forts sont classés monuments historiques, et un est classé au Patrimoine mondial de l'UNESCO (le Fort Griffon).
Le Fort de Planoise (nom officiel fort Moncey) est situé dans le quartier du même nom (Planoise). Il fut construit en 1877 et sert aujourd'hui au mouvement Emmaüs, qui en a fait son lieu de vente.
Le Fort de Bregille (nom officiel fort Morand) fut construit entre 1820 et 1832, dans le quartier du même nom (Bregille) l'édifice est desservi par le Funiculaire de Bregille, et ne manqua pas d'être la cible d'attaques de bombardiers durant la Seconde Guerre mondiale.
Le Fort de Chaudanne (nom officiel fort Baudrand) est situé dans le quartier de Velotte et surplombe la colline de Chaudanne.
Le Fort du petit Chaudanne, situé au contrebas du fort de Chaudanne, dans le quartier de Velotte.
Le Fort Griffon, dont le nom provient de l'architecte italien qui fut chargé de le construire en 1595, Jean Griffoni, fait figure de seconde citadelle. Il fut ensuite complètement remanié par Vauban. Vendu par l'Armée en 1947, il est affecté à l'école normale d'institutrices puis à l'IUFM.
Le Fort de Rosemont, situé lui aussi dans le quartier du même nom (Rosemont). Il fut édifié entre 1870 et 1871, il n'en reste aujourd'hui plus que quelques ruines.
Le Fort Tousey, est situé sur la colline Saint-Étienne, au contrebas de la Citadelle de Besançon.
Le Fort de trois Châtels est aussi une fortification située près de la Citadelle de Besançon.