Le traitement peut être médical ou chirurgical. Les médicaments (sels d'aluminium, antihistaminiques anti-H2, inhibiteurs de la pompe à protons) sont très efficaces, souvent bien tolérés et surtout permettent de passer outre ou, en tous cas, d'alléger des régimes pénibles et antisociaux.
Une autre forme de traitement fort simple consiste à pratiquer plusieurs éructations. Une étude japonaise a montré que l'estomac peut contenir jusqu'à quatre litres d'air. L'air coincé peut ainsi transformer l'estomac en bombe aérosol repoussant les acides gastriques et les aliments vers l'œsophage. Les éructations peuvent donc réduire la présence d'air et ainsi la pression des aliments vers l'œsophage.
Plusieurs recommandations ont été publiées sur la prise en charge du reflux, notamment en 2005 par l'American College of Gastroenterology.
Certains aliments et modes de vie ont tendance à favoriser le reflux gastro-œsophagien : aliments gras et tabagisme inhibent le sphincter inférieur de l'œsophage et doivent donc être diminués ou proscrits.
Le café, boissons alcoolisés, vitamine C augmentent la sécrétion acide de l'estomac et doivent être sensiblement diminués.
Il est conseillé au patient de se coucher au moins une heure après sa dernière prise alimentaire.
Une apparition légèrement plus fréquente est remarquée chez les personnes étant régulièrement amenées à être penchées vers l'avant, le dos courbé, durant un travail, une activité physique régulière ou une posture constante (être assis sur une chaise peut suffire si la posture n'est pas saine et si cela est prolongé durant de nombreuses années). Le stress est également un facteur aggravant, voire déclencheur. De la même façon les boissons gazeuses peuvent augmenter la fréquence des reflux.
Il est dans tous les cas bon de conserver une hygiène de vie correcte, au moins durant la période de rétablissement.
La réduction du poids chez l'obèse est fortement recommandée, une corrélation importante entre les symptômes et le poids ayant été décrite.
En cas d'œsophagite, les inhibiteurs de la pompe à protons sont sensiblement plus efficaces que les antihistaminiques anti-H2.
La maladie étant chronique, le traitement doit être poursuivi sur une très longue durée.
La fundoplicature reste réservé aux cas graves et rebelles aux traitements par médicaments, ou récidivants à l'arrêt de ceux-ci. Il consiste à replier l'estomac de telle sorte à renforcer la jonction entre ce dernier et l'œsophage. Cette chirurgie peut être faite par laparotomie ou par cœlioscopie.
Des traitements par voie fibroscopique ont été proposés mais restent à évaluer et sont réservés à des cas bien particuliers :