Les découvertes scientifiques de la deuxième moitié du XIXe siècle, et surtout du XXe siècle ont montré que la gravitation n'est pas la seule force de l'univers. On trouve en effet l'électromagnétisme, l'interaction faible, et l'interaction forte. Les découvertes de la relativité (générale et restreinte), ainsi que la physique quantique, ont conduit à revoir la prétention selon laquelle l'univers est prédictible selon des "lois" scientifiques. La notion de hasard a été réintroduite, par exemple la théorie des jeux.
Ainsi, aujourd'hui, le modèle héliocentrique de l'univers apparaît comme insuffisant : il ne permet pas d'expliquer la déviation du périhélie de Mercure, la courbure des rayons lumineux dans le voisinage des corps célestes de forte masse, les trous noirs, les pulsars, les quasars, etc.
Du reste, le Soleil n'est pas fixe, comme on le croyait à l'époque de Galilée : il tourne autour du centre de la Voie lactée, qui est composé surtout de nuages d'hydrogène. Ces nouvelles théories cosmologiques ont pu être obtenues grâce à la radioastronomie, avec de nouveaux types d'instruments, les radiotélescopes, comme celui de Nançay.
Jean-Paul II déclarait dans son discours de clôture des travaux de la commission d'étude de la controverse ptoléméo-copernicienne, le 31 octobre 1992 :
L'expression révolution copernicienne n'a vraiment de sens qu'employée dans son contexte historique. Il est pourtant devenu d'usage courant de l'employer de manière métaphorique dans des contextes contemporains, notamment pour justifier des changements de perspective dans une discipline donnée, en particulier dans le domaine scientifique. Ainsi, dans Ni Dieu, ni gène, Jean-Jacques Kupiec et Pierre Sonigo soutiennent que la génétique n'a pas encore effectué sa révolution copernicienne, et est encore prisonnière du concept aristotélicien d'espèce.
En philosophie, l'utilisation la plus fameuse de l'expression est celle de Kant, qui qualifie de « révolution copernicienne » la nouvelle théorie de la connaissance qu'il propose : en considérant que la connaissance ne résulte pas d'une simple observation passive du monde mais d'un acte de notre esprit (qui élabore des concepts, procède à des expériences), il estime avoir placé le sujet au centre de la connaissance et non l'objet comme ses prédécesseurs.
Michel Foucault parle, pour notre époque, d'un nouveau changement de conception du monde. Il qualifie les conceptions du monde liées aux époques de l'Histoire d'épistémè. Selon lui, nous entrons dans l'hypermodernité.
On peut distinguer deux causes à la controverse ptoléméo-copernicienne :
La philosophie scolastique paraissait trop « spéculative » (c'est le terme employé par Descartes dans le discours de la méthode) aux scientifiques de l'époque, car elle consistait seulement en dialogues, mais ne prenait pas en compte les résultats des expériences scientifiques.
À cette raison s'en ajoute une seconde sur les traductions des textes de la Bible, surtout de l'Ancien Testament, comme le laisse penser la lettre de Galilée à Christine de Lorraine. Les traductions successives du texte hébreu en grec (Septante), puis en latin (Vulgate) ont probablement entraîné des déformations de sens sur quelques passages clés pour l'interprétation par des scientifiques. La méthode d'interprétation (herméneutique) des Écritures saintes, à savoir la doctrine des quatre sens de l'Écriture, définie par Origène (IIIe siècle) et Jean Cassien (Ve siècle) a été prise en défaut. Cette méthode était à la base des lectures dans les monastères (Lectio divina), et était intimement liée à la théologie scolastique.
Des compléments de recherche sont nécessaires sur le contexte du procès pour confirmer les raisons de la condamnation et son impact (voir article Galilée).
Il s'agirait donc d'un problème d'exégèse plutôt que d'un problème d'herméneutique.
Les protestants approfondirent l'étude de l'Ancien Testament au XIXe siècle.
À partir de Léon XIII, puis avec Pie XII, l'Église catholique introduisit des consignes pour les études bibliques : en herméneutique (interprétation des textes) ainsi qu'en exégèse (étude des textes anciens).
Le pape Pie XII n'a pas été particulièrement ému par la théorie du Big Bang, à laquelle il a réagi par cette expression : fiat lux !
La plupart des papes modernes ont reconnu les talents de Galilée. Le pape Jean-Paul II a reconnu les erreurs commises par la plupart des théologiens dans l'interprétation des Écritures lors du procès de Galilée, à la suite des travaux menés par la commission d'étude de la controvrse ptoléméo-copernicienne entre 1981 et 1992
Il n'en reste pas moins que la philosophie d'Aristote a été quasiment exclue des enseignements philosophiques en France jusqu’à la Seconde Guerre mondiale, et qu'on n'y fait guère référence encore aujourd'hui dans les programmes de philosophie.