Concernant la théorie du Tout, Gernez propose la formule E = M * Cn pour réconcilier la physique quantique avec la l'attraction physique observée dans les grands ensembles. Pour Gernez, il est évident de renoncer à l'impossibilité de dépasser la vitesse de la lumière car on ne peut introduire une impossibilité dans une équivalence. L'équation fondamentale E = M * C2 est légitimée par le graviton et n'est validée que par l'existence d'une vitesse de la lumière de beaucoup supérieure (c2) à celle qui est postulée comme infranchissable (c). Gernez postule donc que la vitesse de la lumière n'est plus une barrière absolue et l'immédiateté de l'information dans l'univers via l'Internet. Gernez critique donc uniquement le dogme affirmant l'impossibilité de dépasser la vitesse de la lumière : son concept d'ultra-lumière s'apparente aux concepts d'instanton et de tachyon décrits par la mécanique quantique. On en arrive à la conclusion que l'univers est une structure gigogne, dans laquelle c2 est la seule dimension perceptible.
Ardent défenseur de la prévention des maladies dégénératives, André Gernez a lancé un appel au Comité consultatif national d'éthique pour expérimenter les trois protocoles suivants sur des volontaires : le protocole unifié d'adoptions immunitaires (dit de "transfusion sanguine universelle par adoption immunitaire") ; le Protocole préventif contre le cancer dit « de prévention active» et le protocole chirurgical curatif visant à tarir l'hormone de croissance par irradiation hypophysaire avec le Gamma Knife. Cette dernière méthode consiste à tarir de l'hormone de croissance par une intervention stéréotaxique dite "Stéréo GIHF" (Stéréo Gammathérapie Intersticielle Hypophysaire Frénatrice) par l'inclusion d'une particule d'or 118 radioactive au niveau de la selle turcique. L'effet est acquis après une latence de 6 à 18 mois.
Pour éviter le cancer, André Gernez préconise un "protocole de prévention active" qui se traduit par une mise en acidose de l'organisme via une jeûne relatif prenant la forme d'une réduction alimentaire pendant trente jours chaque année à partir de l'age de risque qui se situe à la quarantaine. La perte de poids doit être limitée à 1% sur une période de deux semaines pour les personnes âgées de plus de 65 ans, avec renouvellement de la procédure six mois après (soit deux cures annuelles). Gernez estime que le seuil de détection du cancer à 1 milliards de cellules cancéreuses (109) est bien trop éloigné du seuil d'irréversibilité qui se situe à un million de cellules cancéreuses.
Selon une étude réalisée par des chercheurs de l’Inserm sur un échantillon de 13 000 volontaires, la consommation de vitamines et de minéraux antioxydants naturellement présents dans les fruits et légumes ferait baisser d’un tiers le risque de cancer chez les hommes de 45 à 60 ans. Mais le docteur Gernez et le professeur Willem affirment qu'une étude INSERM réalisée sur des souris démontre dès 1971 que le cancer peut être évité dans 93% des cas.
Gernez cite Georges Mathé, selon lequel le régime "Protocole de prévention active" prévient de la dégénérescence artérielle pour 40% chez l’homme et 60% chez la femme.
La schizophrénie est donc une pathologie irréversible, fixée organiquement, qui inverse le rapport normal entre l'activité corticale de deux réseaux principal et accessoire. André Gernez précise que la myelinisation du cortex cérébral, qui constitue le réseau principal, est acquise à l'age de dix sept ans et que la maturité du réseau à fibres fines du réseau accessoire ne s'achèvent qu'à l'age de trente à quarante ans. Gernez évoque un risque de schizophrénie qui serait décuplé par la consommation de cannabis, en particulier pour les jeunes mineurs dont le cerveau n'est pas totalement développé.
Pour Gernez, la solution thérapeutique à la myopathie consiste à araser la poussée sécrétoire chez le nourrisson à risque, identifié par une prise de sang de doser l'enzyme CPK. La progestérone présente l'avantage d'être sans effet sur le tissu leydigien et prolonge l'imprégnation progestative de la grossesse. Son mode d'administration se fait par l'application sur la peau d'un gel à coefficient d'absorption percutanée de 10 à 80%.
La maladie de Parkinson prévaut dans les pays nordiques où la puberté, freinant la sécrétion de la stimuline, survient plus tardivement que dans la zone méditerranéenne où le stock blastique est ainsi économisé.
La solution consiste à inhiber la sécrétion de l'hormone de croissance, stimuline qui active toute cytopoïèse : « Le tarissement prématuré de la réserve de cellules souches aboutit à une atrophie cérébrale qui atteint la formation la plus anciennement organisée : le système limbique, qui détient la mémoire sémantique. ». La somatostatine, freinatrice de l'hormone de croissance, présente un déficit secrétoire corrélé à l'Alzheimer. Mais comme du temps est nécessaire pour banaliser cette procédure, Gernez suggère d'utiliser temporairement des facteurs de protection établis par les statistiques que sont le tabac et la boisson alcoolisée consommée au cours d'un repas. Ainsi, Gernez estime que le tabagisme offre un taux de protection de 20%, et que l'alimentation accompagnée de vin offre un taux de protection d'environ 50% (41 à 72% selon les statistiques). Tandis que les thérapies classiques visent à éviter la formation de plaques dans le cerveau, Gernez estime que "ces plaques sont des effets et non des causes". Par conséquent, le traitement de l'alzheimer ne peut être que préventif.
Dès 1949, Frank Macfarlane Burnet et Frank Fenner ont publié la constatation de la tolérance immunologique suivant le mois de la naissance. Le risque d'allergies lié à l'accouchement en maternité stérile a été mis en évidence à l'unanimité lors de la conférence internationale de Berlin en 2006. Une intervention est donc légitimée lors de la phase de reconnaissance - tolérance dont bénéficie le nouveau-né : 30% des accouchements se font désormais à domicile en Hollande depuis 2008. Pour prévenir l'asthme et les allergies, Gernez préconise de mettre en contact le nourrisson, encore protégé par les anticorps de sa mère, avec une pincée de poussière et un mélange de pollens.
Pour Gernez, la sclérose en plaques n'est autre que la myélinite mortelle de l'enfance qui acquiert des caractères particuliers quand elle survient chez l'adulte jeune. La procédure consiste à inhiber la sécrétion de l'hormone de croissance dès que le diagnostic est posé : elle peut être réalisée par un flash de gamma-irradiation hypophysaire ou par la voie médicamenteuse (Somatostatine et somavert).
André Gernez estime que le SIDA est une maladie digestive, essentiellement liée à la pratique de la sodomie.
Gernez préconise donc la mise en contact des nourrissons avec un spray contenant du sang universel. Ce dernier faciliterait la greffe d'organes entre ces donneurs et receveurs.