Les architectures ecclésiastiques orientale et occidentale commencèrent à diverger l'une de l'autre à une époque assez précoce. Tandis que la basilique, une longue halle flanquée de bas-côté et terminée par une abside, fut la forme la plus répandue en occident, un style plus compact et centralisé devint prédominant en orient. Ces églises se focalisaient à l'origine sur les tombes des saints morts en martyrs lors des persécutions (qui n'ont entièrement cessé qu'avec la conversion de l'empereur Constantin). Ils copièrent les tombes païennes et les couvraient par un dôme symbolisant le paradis. Le dôme central était souvent entouré par des structures aux quatre points cardinaux donnant un plan cruciforme - ces structures étaient en général elles-mêmes surmontées de tours ou de dômes. Ces bâtiments centralisés et les basiliques étaient parfois associées, comme par exemple Sainte-Sophie à Constantinople (aujourd'hui Istanbul). L'extrémité orientale de la basilique permettait l'existence d'un iconostase, écran sur lequel des icônes étaient pendues et dissimulant l'autel aux fidèles sauf au moment de la liturgie où ses vantaux sont ouverts.
La forme centralisée a influencé l'architecture islamique comme par exemple le dôme du Rocher à Jérusalem et la grande mosquée des Omeyyades à Damas.
Une variante de l'église centralisée se développa en Russie et devint prééminente au XVIe siècle. Là le dôme était remplacé par un toit conique ou à arêtes plus fin et plus haut qui à l'origine, dit-on, servait à évacuer la neige du toit. Un des exemples les plus remarquables de ces églises à pyramidions est Saint-Basile sur la place rouge à Moscou.
La croissance des villes au XIXe siècle nécessita une conséquente augmentation des bâtiments religieux. Cette période s'intéressa à l'histoire de l'architecture religieuse dans une optique de recherche d'authenticité. Les bâtiments basés sur les modèles classiques furent rejetés car considérés comme païens. À la place, portant un œil neuf sur les églises médiévales, il a semblé évident que le style gothique était celui à employer. De larges églises, bien trop larges le plus souvent, furent construites en Angleterre en accord avec quelques variations autour de ce renouveau (des bâtiments publics, comme des mairies mais aussi des stations de pompages, suivirent la même mode). Les églises en style gothique furent érigées aussi bien par les anglicans, les méthodistes congrégationnistes que les baptistes, bien que beaucoup d'entre eux abhorrassent les croyances des créateurs de ce style. Quelques uns de ces bâtiments étaient très performants : la grandiose église catholique de Cheadle par Augustus Pugin (1812-1852) éclipsant ses équivalents anglicans médiévaux plus modestes. Les églises de l'évêque Blomfield à Londres avaient des formes plus standards : toutes avait une tour, un chœur, une nef, toutes avec des fenêtres et un portail arqués sur deux appuis.
En quelques endroits encore le style perdurera en plein XXe siècle.
Le dix-neuvième siècle a vu aussi la reconstruction d'églises médiévales et leur restauration en style supposément purement médiéval. Il faut savoir que depuis cette époque beaucoup d'éléments avaient été ajoutés lors de la Conquête normande et de la Réforme, aussi fallait s'accorder sur ce que pouvait être la vraie architecture médiévale. Des architectes comme George Gilbert Scott (1811-1878) ont donc remplacé de façon spéculative les fenêtres de style Perpendiculaire par des fenêtres sous arc brisé en lancette, souvent sans vraiment de justification. Les vitraux, supprimés lors de la Réforme, furent redessinés par des artistes victoriens, offrant souvent des scènes bibliques. Les églises, qui étaient progressivement devenues lumineuses, s'assombrirent de nouveau.