Le système d'organes humains « touché » par le hoquet est principalement le système respiratoire.
Le hoquet est dû à de brusques contractions imprévues du diaphragme pendant l'inspiration. C'est un réflexe, mais qui n'a pas de fonction protectrice ou utile connues, contrairement à l'éternuement ou à la flatulence par exemple.
L'arrivée d'air est freinée par la glotte, qui se ferme brutalement environ 35 millisecondes après la contraction du diaphragme. L'air ne passe plus dans la trachée et fait vibrer les cordes vocales, provoquant ainsi le bruit guttural caractéristique du hoquet.
Ces contractions sont liées à l'irritation du diaphragme. Celui-ci possède deux nerfs innervants provenant du plexus nerveux cervical, appelés nerfs phréniques (nerf phrénique droit et nerf phrénique gauche), et responsables des contractions et des relâchements du diaphragme.
Il existe également deux nerfs crâniens qui passent près du diaphragme, appelés nerfs vagues (ou nerfs pneumogastriques). Ils sont responsables de la digestion, de la phonation et de la fréquence cardiaque. Ce sont les nerfs crâniens les plus étendus. C'est précisément quand un de ces nerfs s'irrite que le hoquet se produit. Les origines de la stimulation de ces nerfs sont très nombreuses, suivant le type du hoquet.
Le hoquet se superpose à la ventilation pulmonaire normale. Les muscles annexes du diaphragme de la respiration (scalènes, intercostaux, abdominaux) peuvent parfois aussi être impliqués.
Galien (131 - 201), un médecin grec de l'Antiquité, affirma que le hoquet était provoqué par de violentes émotions de l'estomac, situé près du diaphragme. En Angleterre, au XVIIe siècle, un médecin affirma que le hoquet était dû à une manifestation d'hystérie. Ces deux explications sont valables mais la cause du hoquet est en fait plus profonde et il existe beaucoup d'autres cas.
Au XXe siècle, la connaissance du hoquet a progressé notamment grâce aux découvertes en neurophysiologie. Le phénomène n'est cependant pas entièrement expliqué de nos jours.
En 2006, Francis M. Fesmire, de l'université du Tennessee, a reçu, en médecine, le prix Ig Nobel pour son rapport d'étude clinique sur l'arrêt des hoquets chroniques par toucher rectal (« calmant » ainsi le nerf vague).
Origine pour le mot « hockey ». En 1808, Jean Baptiste Bonaventure de Roquefort, a écrit le « Glossaire de la langue romane » qui note que le hoquet était un ancien mot pour: Houlette, bâton de berger; et l'action de lever le menton de quelqu'un, en lui portant la main dessous.