Ilya Ilitch Metchnikov (en russe : Илья Ильич Мечников, en ukrainien : Ілля Ілліч Мечніков, anciennement francisé en Élie Metchnikoff) est un zoologiste, anatomiste et bactériologiste ukrainien, né le 15 mai 1845 à Ivanivka près de Kharkiv en Ukraine et mort le 15 juillet 1916 à Paris.
On doit à Metchnikov la découverte des mécanismes de défense immunitaire contre les bactéries au moyen des globules blancs (phagocytose). Il fut avec l'Allemand Paul Ehrlich lauréat du prix Nobel de médecine en 1908.
Metchnikov était le fils d'un officier en retraite et de la fille d'un écrivain juif. Sa carrière comme naturaliste commença par un contre-temps. S'étant présenté un mois trop tôt à Würzburg pour ses études de zoologie, il repartit découragé avant le début du semestre. Il s'inscrivit alors en 1862 à l'université de Kharkiv, où il obtint deux ans plus tard son diplôme de zoologiste. Il retourna ensuite en Allemagne, aux universités de Giessen, Göttingen et Munich, où il s'occupait entre autres de la reproduction sexuée et non sexuée d’Ascaris nigrovenosa, le ténia de grenouille.
Une bourse de son pays lui permit de travailler à l'Institut de biologie marine de Naples où, avec un collègue russe, il fit des recherches sur les éponges.
En 1867, on l'appela comme enseignant à l'université d'Odessa, où il ne resta que peu de temps. Saint-Pétersbourg lui offrait une chaire de professeur de zoologie et Metchnikoff y répondit, pour revenir encore à Naples peu après. À son retour à Saint-Pétersbourg, il tomba malade. Ludmilla Fedorovitch, la fille d'un ami, le soigna affectueusement et, après sa guérison, ils se fiancèrent. Le mariage en 1869 fut assombri par la grave tuberculose de Ludmilla et leurs deux années de mariage se passèrent à essayer de la guérir.
À La Spezia, Metchnikoff fit des recherches sur l'embryologie des étoiles de mer. Il passa ensuite quelques mois à Odessa. Sa femme et lui mettaient leur espoir dans l'efficacité d'une cure à Madère, mais en vain. Ludmilla mourut le 20 avril 1873, et Metchnikoff fut en proie à une crise de dépression. Sa tentative de suicide échoua en raison d'une dose de morphine trop faible.
Une fois guéri, il reprit ses recherches en sciences naturelles. En 1875, il travailla encore à l'université d'Odessa et épousa la jeune Olga Belokopitova. Des querelles avec ses collègues, la situation politique de son pays, des ennuis personnels et la maladie le conduisirent à une deuxième tentative de suicide. Metchnikoff se contamina avec le sang d'un de ses malades atteint de fièvre récurrente, dans l'idée que cette maladie serait mortelle. Mais après avoir présenté divers symptômes, il en réchappa encore et poursuivit à partir de 1882 ses recherches à Messine.
C'est là qu'il commença ses études sur les phagocytes. Dans le tissu de l'intestin de l'anémone de mer, il découvrit des cellules qui secrètent un colorant pendant qu'elles se placent en forme d'amibes autour de leur particule. Le savant se demanda si des processus semblables ne seraient pas associés à la lutte contre les agents pathogènes de maladie. Effectivement, du pus se formait autour des aiguilles d'un arbre de Noël quand il les piquait dans des larves d'étoile de mer. Metchnikoff développa la notion de « macrophages » pour de telles cellules, qui réduisent les corps étrangers qui ont pénétré le système, et il qualifia de « microphages » celles qui sont connues aujourd'hui sous le nom de granulocytes neutrophiles. Il est ainsi le premier qui ait saisi l'importance de ces cellules pour la défense immunitaire.
En 1887, Metchnikoff, dont la situation à Odessa était devenue difficile à cause de l'hostilité que lui avait valu sa pratique des vaccins contre la rage, rencontra Pasteur et lui demanda un poste de laboratoire à l'Institut Pasteur qui était en train de se créer. Un an plus tard, il s'installa à Paris et devint en 1904 vice-directeur de l'Institut.
La découverte de la phagocytose lui valut en 1908, avec Paul Ehrlich, le prix Nobel de physiologie ou médecine. Parallèlement, il obtint une grande notoriété avec ses recherches dans le cadre de la probiotique : les bactéries qui produisent l'acide lactique, comme cela se passe dans le lait caillé et le yaourt, mais surtout dans le kéfir, servent d'après ses conceptions à prolonger la vie. En outre, il s'occupa de différentes maladies infectieuses, entre autres la syphilis qu'il transmit à des singes anthropoïdes afin d'avoir un modèle d'animal pour ses recherches.
En 1919 fut fondé à Moscou l'Institut Metchnikoff pour les maladies infectieuses.