Les années 1850 sont marquées par la Guerre de Crimée (1853-1856) où la Grande Bretagne est engagée aux côtés de la France, du Royaume de Piémont-Sardaigne et de l'Empire ottoman contre l'Empire russe. La nécessité d'assiéger la presqu'île de Crimée, d'y ravitailler les troupes dans l'une des premières guerres industrielles et le siège de forteresses côtières, notamment celui de Sébastopol, entraîne la réquisition de nombreux navires. Comme ce sera le cas dans de nombreux conflits ultérieurs, des paquebots sont réquisitionnés comme navires de guerre et transport de troupes. Huit navires de la Royal Mail Steam Packet Company en font alors partie : l’Orinoco, le Trent, le Medway, le Magdalena, le Thames, le Tamar, le Great Western et le Severn qui y sert aussi comme navire-hôpital.
C'est le premier conflit dans lequel des navires de la compagnie sont réquisitionnés mais pas le dernier. La Royal Mail Steam Packet Company sert ainsi la Royal Navy en transport de troupes, croiseurs auxiliaires, navires d'escorte ou navires-hôpitaux durant les guerres coloniales et les deux guerres mondiales. Certains de ses navires s'y illustrent ; d'autres y disparaissent.
Au XIXe siècle, quatre conflits mettent aux prises l'Empire britannique et le royaume des Ashantis du Ghana. Le Humber, lancé en 1881, sert ainsi de transport de troupes du 2e régiment des Caraïbes qui est convoyé au Fort de Cape Coast, siège du gouvernement colonial de la Côte de l'Or après la troisième guerre.
En 1899, la Royal Mail Steam Packet Company est également sollicitée pour la Seconde Guerre des Boers en Afrique du Sud (de 1899 à 1902). Le Nil, le Tage, l’Ebre, la Severn sont réquisitionnés et le Tage s'illustre en convoyant des prisonniers de guerre boers en Inde.
Comme pour la plupart des compagnies maritimes britanniques, la majorité des paquebots de la Royal Mail Steam Packet Company sont réquisitionnés par la Royal Navy dès le mois d'août 1914 pour la Première Guerre mondiale, soit pour être utilisés comme navire-hôpital, soit comme transport de troupes ou croiseur auxiliaire. Ils participent aussi à diverses compagnes comme la bataille des Dardanelles ou la campagne de Palestine en plus de missions de surveillance et de ravitaillement en Atlantique.
Certains doivent livrer combat, d'autres sont attaqués par les croiseurs allemands qui mènent une chasse. Par exemple, le paquebot allemand Kronprinz Wilhelm, converti en croiseur auxiliaire en capture deux en 1915 (le Thames et le Potaro). D'autres sont torpillés notamment par les U-Boot allemands qui mènent une guerre sous-marine à outrance, notamment à partir de 1916 : la bataille de l'Atlantique.
Le principal combat oppose le 29 février 1916, l’Alcantara en mer du Nord avec le Greif, croiseur allemand déguisé en navire norvégien. Une torpille tirée par le Greif explose dans la soute à munitions, coulant l'Alcantara et faisant soixante-douze victimes. Le Greif coule à son tour quarante minutes après.
Ce ne sont ainsi pas moins de 15 navires qui sont perdus.
Comme durant la Première, la Seconde guerre mondiale entraîne dès 1939 la réquisition de nombreux paquebots par la Royal Navy. La plupart sont transformés en croiseurs auxiliaires légèrement armés, ou en Liberty Ships, notamment entre l'Europe et les États-Unis ou à destination des fronts éloignés en Orient. Certains navires s'illustrent alors dans la surveillance de l'Atlantique sud, notamment face à la flotte de croiseurs allemands chargés d'attaquer les transports de troupes (« la flotte secrète de pirates d'Hitler. ») : la seconde Bataille de l'Atlantique.
Ainsi, le 28 juillet 1940, en Atlantique sud, au large du Brésil, l’Alcantara (deuxième du nom) rencontre le croiseur allemand Thor, ancien cargo reconverti, spécialiste de la chasse aux navires marchands. Après trois heures de poursuite, le Thor, réalisant qu'il est moins rapide, fait face et engage le combat. Il réussit à toucher l’Alcantara à trois reprises grâce à la portée de ses canons. Un obus atteint le navire au niveau de la ligne de flottaison, provoquant l'inondation partielle de sa salle des machines. Il doit alors réduire sa vitesse, ne pouvant poursuivre le Thor qui parvient à s'échapper dans un rideau de fumée ; il parvient toutefois à le toucher à deux reprises, ce qui endommage le croiseur allemand.
Ainsi, au cours du conflit, de nombreux cargos sont endommagés ou coulés. Les pertes du Highland Patriot et de l’Asturias (torpillé en 1943, reconstruit après 1945) sont les plus marquantes. En tout, la compagnie perd plus d'une vingtaine de navires :