Les scientifiques du Climategate sont accusés par leurs détracteurs d'avoir refusé de communiquer certaines de leurs données scientifiques ou administratives, voire tenté de les détruire.
En particulier, ces derniers mettent en cause un courriel daté du 2 février 2005, dans lequel Phil Jones écrit à Michael Mann :
« Envoie plein de données pour Scott. Prends soin à ce qu'il les commente mieux cette fois ! Et ne laisse rien traîner sur les sites FTP — on ne sait jamais qui peut les visiter. Les deux MMs cherchent à obtenir les données du CRU depuis des années. S'ils entendent seulement parler de l'existence d'un Freedom of Information Act au Royaume Uni, je pense que j'effacerai le fichier plutôt que de le donner à quiconque. Est-ce que votre loi similaire aux USA vous force à répondre aux requêtes sous 20 jours ? — c'est le cas de la notre ! Le Royaume Uni fonctionne par précédents, donc la première requête testera ce point. Nous avons également une loi sur la protection des données, derrière laquelle je me réfugierai. Tom Wigley m'a envoyé un courriel inquiet lorsqu'il a entendu parler de ça — il pensait qu'on pourrait lui demander le code de son modèle. Il a quitté officiellement l'UEA [Université d'East Anglia] donc il peut se réfugier derrière ça. L'IPR devrait être pertinent ici, mais je me vois déjà me disputer avec quelqu'un de l'UAE qui dira que nous devons y adhérer ! »
Dans un courriel daté de fin mai 2008, Phil Jones demande à Michael Mann :
« Peux-tu supprimer tous les courriels que tu peux avoir eu avec Keith [Briffa] concernant l'AR4 [le quatrième rapport du Giec] ? Keith fera la même chose. […] Peux-tu aussi envoyer un courriel à Gene [Wahl] et lui dire de faire pareil ? Je n'ai pas sa nouvelle adresse. On demandera à Caspar [Ammann] de faire la même chose. »
Phil Jones parle aussi d'un problème avec l'année 1945 dans un article de la revue Nature qu'un ensemble de personnes appelé CA (vraisemblablement Climate Audit conduit par Steve McIntyre) aurait découvert.
Selon Trevor Davies, l'un des représentants du CRU, en dépit de la suggestion, aucune donnée n'aurait été supprimée, ou alors sans volonté de cacher quoi que ce soit.
Dans un courriel du 2 février 2005 adressé à Michael Mann, Phil Jones a expliqué que "les deux M" cherchent à obtenir les données de la station du CRU depuis des années, que s'ils jamais ils entendaient qu'il y a une loi sur la liberté d'accès aux documents administratifs, il supprimerait le fichier plutôt que de l'envoyer à qui que ce soit. Il affirme qu'ils ont aussi une loi de la protections de données, derrière laquelle il se cachera, ce qu'il fit par la suite. Les deux M réfèrent vraisemblablement aux chercheurs canadiens Stephen McIntyre et Ross McKitrick.
Steven McIntyre fait observer que la demande de Phil Jones pour la destruction des courriels du Giec est intervenue 2 jours après la réception par le CRU de sa demande de communication au titre du Freedom Of Information act, et que Jones mentionne, dans un courriel daté du 3 décembre 2008, avoir détruit un grand nombre de courriels environ deux mois plus tôt (soit au mois d'octobre).
A la suite de ces faits, la commission d'enquête indépendante (Independent Climate Change Email Review), a conclu en juillet 2010 que le CRU avait manqué de coopération dans les demandes d'information qui lui étaient adressées sur les données qu'il possédait, mais que rien dans le comportement des scientifiques du CRU ne remettait en cause la validité de leur travaux. Afin de faciliter la communication des données entre scientiques, l'ICCE propose qu'une standardisation de ces données soit mise en place, malgré la difficulté de la tâche. Il propose également que le CRU fournisse les données utilisées avant toute publication d'importance.
Les scientifiques du CRU sont accusés par leurs détracteurs d'avoir tenté d'interférer dans la ligne éditoriale de revues scientifiques, et d'avoir manqué de déontologie scientifique en utilisant les relectures d'articles qui leur étaient attribuées (en tant que pairs) et leur mandat au Giec de manière partisane, pour exclure systématiquement les travaux « sceptiques ».
Dans un courriel du 8 juillet 2004 adressé à Michael E. Mann, Phil Jones explique son désaccord quant aux résultats des certains travaux, notamment ceux de De Freitas et de Pielke. Refusant de voir ces travaux dans le prochain rapport du GIEC, il affirme que lui et Kevin (a priori Kevin Trenberth) feront en sorte qu'ils n'apparaissent pas, même si pour cela il faut redéfinir ce qu'est la littérature évaluée par les pairs.
Certains courriels du CRU apportent un nouvel éclairage sur la réception d'un article très controversé des astrophysiciens Willie Soon et Sallie Baliunas, publié en janvier 2003 dans le journal scientifique Climate Research. Treize climatologues, dont une partie des scientifiques du CRU, ont publié en juillet 2003 une réponse à cet article. Les courriels en question adressent la question de la légitimité du processus d'évaluation par les pairs au sein de la revue Climate Research, et démontrent selon les détracteurs des scientifiques du CRU la pression exercée par les climatologues sur la communauté et les journaux scientifiques. La polémique a indirectement mené à la démission de cinq des dix responsables éditoriaux de Climate Research, dont l'éditeur en chef, en août 2003.
D'autres courriels sont également cités, dans lesquels les activités en tant qu'éditeurs des scientifiques visés par la fuite de courriels apparaissent elles-mêmes, pour leurs détracteurs, comme orientées et contraires à la déontologie scientifique.
En juillet 2010, la commission d'enquête indépendante (Independent Climate Change Email Review), a conclu que, en dépit des réactions très vives habituelles entre les diverses parties sur des sujets litigieux, rien ne pouvait être reproché au professeur Jones, et qu'en tout état de cause, aucune pression indue n'avait été exercée.
Certains courriels montrent d'importantes dissensions au sein même des scientifiques du Climategate au sujet de la reconstruction des températures en forme de crosse de hockey.
Dans un courriel du 22 septembre 1999, Keith Briffa fait part de l'existence "d'une pression pour présenter une jolie petite histoire au sujet 'd'un réchauffement apparemment sans précédent depuis mille ou plus d'après les indicateurs', mais la réalité la situation n'est pas aussi simple. Je pense que le réchauffement récent est semblable à celui d'il y a mille ans".
Un des courriels mis en cause propose d'utiliser une astuce (a trick) afin de cacher une baisse de la température moyenne (hide the decline). D'autres fichiers font référence à des astuces variées pour « cacher » le « déclin » ou la « divergence » : suppression, remplacement par des moyennes thermométriques globales, remplacement par des chiffres fixes. Les parties en présence s'accordent sur le fait que ce déclin ou cette divergence cachée porte sur la baisse pour la seconde moitié du XXème siècle des températures reconstruites à partir des données relais (proxys) notamment en provenance d'arbres, alors que les moyennes thermométriques utilisées en références affichent une hausse importante sur cette période.
Phil Jones affirme que l'astuce signifiait de façon familière « quelque chose d'intelligent à faire » et non une manipulation des données comme l'affirment ses détracteurs.
Michael E. Mann précise que l'astuce statistique dont parle Phil Jones dans le courriel cité consistait simplement à remplacer les températures reconstruites à partir des données des arbres des années récentes par des données plus précises venant des mesures directes de la température atmosphérique.
La commission d'enquête de la Penn State University confirme la version de Michael E. Mann. Le rapport conclut qu'il ne s'agissait pas de falsifier des données, mais de construire un graphique compréhensible pour ceux qui n'étaient pas experts dans le domaine. Le soi-disant "truc" ("trick") n'était rien d'autre qu'une méthode statistique pour assembler deux sortes de données d'une manière légitime en utilisant une technique bien connue par les spécialistes du domaine.
Selon d'autres, le masquage de ce 'déclin', loin d'être anodin, relève d'un comportement antidéontologique. En effet cette 'divergence' 'cachée' soulève la question de la fiabilité de l'une ou l'autre technique (reconstruction à partir de données sur les cernes des arbres vs. moyennes thermométriques globales) ainsi que celle de leur jonction. De nombreux documents diffusés (courriels et programmes logiciels dotés de commentaires) semblent montrer que plusieurs méthodes ont été utilisées à de nombreuses reprises par les chercheurs du CRU autour de Phil Jones pour cacher cette incohérence. Selon le sceptique Steve McIntyre, cette dissimulation n'aurait été percée à jour qu'en 2005 et serait notamment intervenue au Giec afin de ne pas fournir de prise aux sceptiques et forcer le consensus.
Dans un courriel du 27 septembre 2009 portant sur le climat des années 1940, Tom Wigley indique à Phil Jones que s'ils pouvaient réduire l'écart de température des océans de 0,15 °C, cela aurait une incidence sur la moyenne globale mais il leur resterait à expliquer l'écart de température terrestre, ce qui suggère une modification des mesures.
En juillet 2010, la commission d'enquête indépendante (Independent Climate Change Email Review, ICCE), a conclu que des modes d'expression extrêmes utilisés dans des courriels sont typiques de ce type de média et ne reflètent pas nécessairement des attitudes effectivement antiprofessionnelles. Selon le même rapport, « le nombre de courriels concernés est faible et peu représentatif de l'ensemble des courriels échangés mais n'en reflète pas moins une division très nette dans le monde de la science climatique, allant jusqu'à l'hostilité. Il apparaît que la majorité des scientifiques du climat se sont unis pour faire face aux critiques. Tout en étant peut-être compréhensible, compte tenu de la nature et des méthodes des critiques, certaines d'entre elles allant jusqu'à mettre en cause l'intégrité personnelle ou professionnelle, cette attitude a pu empêcher certains scientifiques du CRU d'être réceptifs à certaines de ces critiques ». L'ICCE souligne la nécessité d'une meilleure communication et d'une plus grande ouverture d'esprit dans les débats scientifiques.
L'enquête est toutefois critiquée par certains éditorialistes. Le New Scientist regrette qu'on ait examiné seulement trois cas d'abus possibles du processus de relecture par les pairs, et seulement deux cas où les chercheurs du CRU auraient abusé de leur rôle en tant qu'auteurs des rapports du GIEC ; des centaines de milliers d'e-mails non publiées du CRU n'ont pas été étudiés, et par souci de transparence, il conviendrait de les rendre publics. Par ailleurs, la science n'était pas l'objet de l'étude du rapport, alors que l'enquête parlementaire qui avait précédé s'était elle-même abstenu de l'aspect scientifique précisément à cause de l'annonce de la mise en place d'un comité indépendant d'évaluation scientique.
Parmi les documents diffusés, certains semblent montrer que le CRU a été financé par certains organismes de l'environnement et de l'énergie, ce qui est sujet à controverse dans un contexte où des vives critiques ont été formulées par les milieux écologistes à l'encontre des sceptiques qui acceptaient des financements en provenance d'organismes énergétiques, au motif que de tels financements risqueraient de biaiser les travaux.