L'école réalise une importante activité de formation continue par le biais de sa filiale EUROSAE commune avec l'ENSTA.
L’institut propose tous les ans aux élèves motivés des structures et un soutien financier pour s’initier aux activités aéronautiques suivantes.
Des cours théoriques sont dispensés en option, validés par un examen qui donne accès aux activités.
Les élèves peuvent pratiquer le vol à voile à Saint-Rémy-de-Provence. L’institut subventionne les heures de vol effectuées durant la scolarité.
Ce sport peut être pratiqué dans le cadre des activités aéronautiques, après obtention de 50% de bonnes réponses à l’examen cité plus haut. Le paraclub est celui de Pamiers, situé à moins d’une heure de Toulouse. Le saut revient à 10€ au lieu de 25€ grâce à la subvention de l’école.
Le club Les Voiles Caïennes s’est donné pour objectif de faciliter la pratique du parapente pour les élèves et pour le personnel de l’école. Les élèves peuvent être subventionnés jusqu’à l’obtention du brevet dans le cadre de la formation aéronautique. Un parc d’équipements de vol peut être prêté aux membres brevetés et assurés. L’adhésion du club à la Fédération française de vol libre permet de participer à l’effort de développement de la pratique et d’assurer un cadre à celle-ci : informations, réglementation, licence-assurance. Les élèves peuvent suivre des cours menant au brevet de pilote de la fédération. Ces cours étant en partie subventionnés par l'ISAE. Les élèves et personnels disposant du brevet de pilote peuvent ensuite emprunter gratuitement les voiles du club. Cette philosophie est axée sur la découverte et la pratique d'un sport qui serait sans ce club difficilement accessible aux étudiants, en raison du coût du matériel.
Les cours suivis à l’école permettent d’obtenir la partie théorique de la licence de pilote privé (PPL). Les leçons pratiques se déroulent à l’aérodrome de Lasbordes (à 15 minutes en vélo du campus de Rangueil), au sein de l’aéroclub Claude-Chautemps (A3C) qui gère son propre parc d’avions et celui de l’ISAE en commun. L’école subventionne plus des deux tiers de la licence, et cette aide peut se cumuler avec les bourses aéronautiques.
SUPAERO Junior Conseil est la Junior-Entreprise de l’école. Elle s’appelait GERSA (Groupement d’études et de recherche de SupAéro) jusqu’en 2005.
La Junior-Entreprise est une société de conseil qui encadre tout au long de leur réalisation, des projets sur lesquels travaillent des étudiants de l’école, pour le compte de sociétés clientes.
L’ISAE est partie prenante d’organisations telles que :
Ces réseaux permettent notamment aux élèves de l'ISAE d'effectuer une année dans une université partenaire, parmi lesquelles :
Les anciens élèves des cursus SUPAERO et ENSICA, ainsi que ceux des autres formations supérieures délivrées par l'ISAE, ont constitué une association commune, l'Amicale ISAE. Cette association, reconnue d'utilité publique, rassemble le patrimoine, les ressources et les réseaux spécifiques des deux associations antérieures, l"association SUPAERO et l'association des ingénieurs ENSICA.
Cette évolution a été approuvée par le Ministre de l'Intérieur par arrêté du 10 juillet 2009, publié au Journal officiel du 21 juillet. Cette nouvelle association, dont le siège est à Paris, regroupe les diplômés des deux filières, qu'ils l'aient été avant ou après la création de l'ISAE, ainsi que les titulaires des autres diplômes délivrés sous sceau ISAE.
Cette association est membre du CNISF.