La Sterne huppée se reproduit dans les zones tropicales et tempérées chaudes côtières de l'ancien monde depuis l'Afrique du Sud, le long des côtes de l'océan Indien jusqu'au Pacifique et l'Australie. Les sous-espèces T. b. bergii et T. b. enigma nichent depuis la Namibie jusqu'en Tanzanie et, éventuellement, sur les îles autour de Madagascar. Il y a ensuite une rupture dans la zone de reproduction de cette espèce jusqu'en Somalie et en mer Rouge, et une autre zone de rupture plus à l'est, dans le sud de l'Inde.
La Sterne huppée niche sur de nombreuses îles dans l'océan Indien, comme Etoile et Aldabra aux Seychelles, dans l'archipel des Chagos et Rodrigues. Il y a de nombreuses colonies dans des îles du Pacifique, comme Kiribati, Fidji, Tonga, les îles de la Société et l'archipel des Tuamotu.
Les nids sont situés sur des monticules de sable, dans les rochers, ou sur des îles de corail, parfois parmi des arbustes rabougris, souvent sans aucun abri. Quand elle ne se reproduit pas, la Sterne huppée se perche ou se repose sur les plages dégagées, moins souvent sur les bateaux, les pilotis, les bâtiments portuaires ou les monticules de sel dans les lagunes. Elle va rarement dans des criques ou des lagunes.
Toutes les populations de Sterne huppée se dispersent après la reproduction. Quand les oiseaux d'Afrique australe quittent les colonies de Namibie et de l'ouest de la province du Cap, la plupart des adultes se dirigent vers le littoral de l'Afrique du Sud baigné par l'océan Indien. Beaucoup de jeunes oiseaux font également le voyage, parfois sur plus de 2000 km, mais d'autres se déplacent vers le nord le long de la côte ouest. T. b. thalassina hiverne sur la côte est de l'Afrique, au nord du Kenya et en Somalie et peut aller aussi loin que le sud de Durban. Les populations de T. b. velox nichant dans l'est du golfe Persique semblent être sédentaires, se contentant de se disperser dans la région plutôt que de vraiment migrer, mais celles qui se reproduisent en mer Rouge migrent l'hiver le long de la côte d'Afrique de l'Est jusqu'au Kenya. T. b. cristata reste la plupart du temps à moins de 400 km de ses zones de nidification, mais certains oiseaux se déplacent à près de 1000 km. Cette espèce peut aller accidentellement à Hawaï, en Nouvelle-Zélande, en Corée du Nord, en Jordanie et en Israël.
La Sterne huppée est une grande sterne avec un long (5,4 à 6,5 cm) bec jaune, des jambes noires et une crête d'un noir brillant sensiblement broussailleuse à l'arrière. Les adultes reproducteurs de la sous-espèce T. b. bergii mesurent 46 à 49 cm de long, avec une envergure de 125 à 130 cm et pèsent 325 à 397 g. Le front et le ventre sont blancs, le dos et l'intérieur des ailes sont gris-sombre. En hiver, le plumage du dos devient gris pâle et la calotte devient blanche, se fondant à l'arrière avec une crête poivre et un masque noir.
Les adultes des deux sexes sont en apparence identiques, mais les jeunes sont caractéristiques, avec une tête comme les adultes en hiver et le dos fait d'un mélange de gris, de brun et de blanc; les ailes repliées semblent avoir des barres foncées. Après la mue, les jeunes sternes ressemblent aux adultes mais ont encore une aile avec un modèle bigarré et une barre sombre sur les plumes de vol
Les sous-espèces du Nord, T. b. velox et T. b. thalassina arborent leur plumage nuptial de mai à septembre ou octobre, alors que cette période pour les deux sous-espèces d'Afrique australe s'étend de décembre à avril. Pour T. b. cristata, la période de mue dépend des localités ; les oiseaux dont les aires de reproduction se trouvent en Australie et en Océanie sont en plumage nuptial de septembre à avril, mais ceux qui nichent en Thaïlande, en Chine et au Sulawesi arborent celui-ci de février à juin ou juillet.
La Sterne royale est semblable en taille à cette espèce, mais a une forme plus ramassée, des ailes plus larges, un dos plus pâle et un bec moins pointu et plus orange. La Sterne huppée est souvent associée à la Sterne voyageuse, mais elle est 25 % plus grande qu'elle avec un bec proportionnellement plus long, une tête plus longue et plus lourde, un corps plus volumineux. La Sterne voyageuse a un bec orange, et son plumage immature est beaucoup moins varié que celui de la Sterne huppée.
La Sterne huppée est très bruyante, en particulier en période de reproduction. Elle manifeste sa présence sur son territoire par un appel fort, rauque, rappelant le croassement du corbeau. D'autres cris comprennent un korrkorrkorr lancé au nid par des oiseaux anxieux ou excités et un cri wep wep en vol.