Le principe général des horloges atomiques est d'asservir un oscillateur à quartz sur le rayonnement émis lors d'une transition atomique entre deux niveaux d'une structure hyperfine.
Un atome passant d'un état d'énergie excité E2 à une autre état d'énergie E1 plus faible (avec E2 > E1 et ΔE = E2 − E1) émet un photon de fréquence ν telle que
Ces processus atomiques élémentaires, dont la théorie a été développée en partie par Albert Einstein, vont être à la base de toute l'interaction permettant d'élaborer un étalon atomique de mesure du temps.
L'observation à haute résolution des raies lumineuses d'un spectre d'émission ou d'absorption met en évidence la présence d'une superposition de plusieurs composantes au sein d'une même raie.
Une raie principale est donnée par le nombre quantique principal n caractérisant les états propres des fonctions d'onde de ses orbitales électroniques. Dans un même niveau quantique principal, la théorie va donner pour un même nombre quantique n une série de sous-niveaux correspondant à des états quantiques dégénérés qui vont être créés par les diverses interactions physiques au sein de l'atome (interaction spin-orbite, effets de volume, effets de masse...). Ces sous-niveaux sont en fait la cause de la structure composée de la raie principale observée dans le spectre. On parle alors de structure fine voire hyperfine pour certains atomes dans des conditions particulières de champ magnétique.
Un système physique, ici une enceinte chauffée contenant du césium, permet de créer un jet d'atomes. Dans ce jet seuls les atomes correspondant à l'état de départ désiré, ici E1, sont conservés; la sélection se fait par déflexion par un champ magnétique. Un oscillateur à quartz produit un signal à 10 MHz qui est multiplié pour piloter un générateur micro-ondes à une fréquence ν' aussi voisine de ν que possible; ce signal est injecté dans une cavité résonnante, dite cavité de Ramsey. Le jet d'atomes dans l'état E1 passe dans la cavité : plus la fréquence ν' sera proche de ν plus grand sera le nombre d'atomes qui, par absorption de l'onde, subiront la transition à l'état E2. À la sortie, le jet atomique subit une seconde déflexion magnétique qui sépare les atomes dans l'état E2 de ceux dans l'état E1. Un détecteur, placé dans la trajectoire des atomes dans l'état E2 produit un signal proportionnel au nombre de ces atomes. Plus ν' est proche de ν, plus le nombre d'atomes E2 compté en sortie est grand. Un système d'asservissement ajuste en permanence la fréquence de l'oscillateur à quartz pour maximiser le nombre d'atomes dans l'état E2, et donc conserver la fréquence de l'oscillateur proche de la fréquence optimale.
La fréquence de l'oscillateur est ainsi asservie à la fréquence de la transition atomique. Dans le cas du césium, la fréquence ν est 9 192 631 770 Hz. Cette valeur est exacte car elle définit la seconde, et donc le Hertz.
Le comptage du temps est ensuite assuré par une division des oscillations de l'oscillateur à quartz, associé à un circuit électronique affichant par exemple l'heure comme dans une montre à quartz. Les oscillations peuvent aussi être utilisées directement pour piloter des dispositifs ou équipements nécessitant une fréquence de fonctionnement stable.