L'ensemble des quaternions unitaires forment un groupe (non-abélien) pour la multiplication, et la 3-sphère hérite donc de cette structure (de manière évidemment non canonique). De plus, cette multiplication étant différentiable (et même analytique), S3 peut être considérée comme un groupe de Lie réel ; c'est un groupe de Lie non abélien, compact, de dimension 3. Ce groupe, appelé parfois groupe symplectique ou groupe hyperunitaire, est généralement noté Sp(1) ou U(1, H). Les seules hypersphères admettant une structure de groupe de Lie sont d'ailleurs le cercle S1 (considéré comme l'ensemble des nombres complexes de module 1, et S3, l'ensemble des quaternions unitaires. On pourrait penser que S7, l'ensemble des octonions unitaires, formerait également un groupe de Lie, mais cela échoue, car la multiplication des octonions n'est pas associative ; en revanche, cette multiplication donne à S7 l'importante propriété d'être parallélisable ; les seules sphères qui le soient sont S1, S3, et S7.
En utilisant une représentation matricielle des quaternions, H, on obtient une représentation matricielle de S3. Un choix pratique est donné par les matrices de Pauli :
Cette application est un morphisme d'algèbre injectif de H vers l'ensemble des matrices complexes 2×2. La valeur absolue d'un quaternion q est égale à la racine carrée du déterminant de la matrice f(q) (l'image de q par f), et donc l'ensemble des quaternions unitaires correspond aux matrices de cette forme de déterminant 1 ; ce sous-groupe de matrice est précisément le groupe spécial unitaire SU(2). Ainsi, S3 est isomorphe à SU(2) en tant que groupe de Lie. Utilisant les coordonnées hypersphériques (η, ξ1, ξ2), nous pouvons alors écrire tout élément de SU(2) sous la forme
Une autre façon d'énoncer ce résultat est d'exprimer la représentation matricielle d'un élément de SU(2) comme combinaison linéaire de matrices de Pauli : on voit qu'un élément arbitraire
Les quatre coordonnées euclidiennes des points de S3 (considérée comme plongée dans R4) sont redondantes, puisque soumises à la condition
Par analogie avec les coordonnées sphériques, il est possible de repérer les points de la 3-sphère par trois angles ψ, θ et φ (ce choix n'est nullement unique) définis par
où ψ et θ sont compris dans l'intervalle [0,π], tandis que φ parcourt [0,2π]. On remarquera que pour ψ fixé, θ et φ sont des coordonnées sphériques sur une 2-sphère de rayon sin(ψ), en dehors des cas dégénérés où ψ vaut 0 ou π, correspondant à un seul point.
Le tenseur métrique et la forme volume sur la 3-sphère correspondant à ces coordonnées sont respectivement donnés par :
Ces coordonnées peuvent aussi être élégamment décrites en termes de quaternions : tout quaternion unité peut être écrit comme un verseur : q = eτψ = cos ψ + τ sin ψ, où τ est un quaternion imaginaire (de partie réelle nulle) et unitaire (c'est-à-dire un quaternion vérifiant τ2 = −1) ; ceci est l'analogue pour les quaternions de la formule d'Euler.
L'ensemble des quaternions unitaires imaginaires formant la 2-sphère unité de Im H, on peut écrire tous les t précédents : τ = cos φ sin θ i + sin φ sin θ j + cos θ k. Sous cette forme, le quaternion unitaire q est donné par :q = eτψ = x0 + x1 i + x2 j + x3 k, où les xi correspondent aux formules données plus haut. Quand on utilise q pour décrire des rotations dans l'espace (voir quaternions et rotation dans l'espace), il correspond alors à une rotation d'angle 2ψ autour de t.
Comme pour la sphère ordinaire, l'ensemble des points où une seule des coordonnées hypersphériques varie est un cercle ; on parle respectivement de cercle parallèle, de cercle méridien et de cercle hyperméridien si la coordonnée variable est φ, θ ou ψ.
Un autre choix de coordonnées hypersphériques, (η, ξ1, ξ2), utilise le plongement de S3 dans C2. En coordonnées complexes (z1, z2) ∈ C2 , nous écrivons :
La projection stéréographique de S3 à partir d'un pôle sur l'hyperplan équatorial correspondant donne un autre ensemble commode de coordonnées. Ainsi, si nous projetons à partir du point (−1, 0, 0, 0), nous pouvons écrire un point p de S3 comme :