L'épisode commence avec l'arrivée de l'agent Dana Scully au FBI, qui est assignée aux côtés de l'agent Fox Mulder par le chef de section Blevins, dans le but d'apporter un regard scientifique critique vis-à-vis des recherches de Mulder qui concernent surtout les phénomènes paranormaux comme les enlèvements par les aliens ou la télépathie. On peut apercevoir l'Homme à la cigarette lors de la conversation entre Scully et Blevins dans le bureau du chef de section. La première fois que Mulder et Scully se rencontrent, celui-ci désigne sa nouvelle partenaire comme une espionne.
Mulder et Scully voyagent ensuite jusqu'en Oregon, où un jeune lycéen est mort dans des circonstances mystérieuses. Deux marques rouges ont été trouvées au bas du dos. En enquêtant Mulder et Scully trouvèrent d'autres cas similaires tous originaires de sa promotion. Les deux agents vivent aussi le phénomène de la perte de temps, où exactement neuf minutes semblent s'être écoulées en quelques secondes. L'agent Mulder est alors convaincu que les jeunes en question ont été enlevés par des extraterrestres afin de subir des tests, une explication qui ne convainc aucunement la sceptique qu'est l'agent Scully. Mulder est certain que Billy Miles, un élève paralysé après un accident de voiture est le meurtrier de tous ses camarades sous l'influence des aliens.
Toutes les preuves que Mulder a pu engranger sont, à la fin de l'épisode, presque toutes détruites, excepté un petit objet métallique retrouvé sur l'une des victimes présumée des enlèvements. L'agent Scully présente cet objet comme pièce à conviction au chef de section. L'objet est lui même déposé dans un entrepôt sous le Pentagone, par l'homme à la cigarette.
Épisode 2 : Gorge profonde
Titre original : Deep Throat
Numéro(s) : 1-1
Scénariste(s) : Chris Carter
Réalisateur(s) : Daniel Sackheim, R. W. Goodwin, Robert Mandel
Diffusion(s) :
États-Unis : 17 septembre 1993
France : 19 juin 1994
Invité(es) :
Seth Green - Emil
Gabrielle Rose - Anita Budahas
Michael Bryan French - Paul Mossinger
Andrew Johnston - Colonel Robert Budahas ()
Lalainia Lindejerg - Zoe
Monica Parker - Ladonna
Doc Harris - Mr McLennen
Sheila Moore - Verla McLennen
Vince Metcalfe - Kissel
Résumé :
Les agents Mulder et Scully enquêtent sur la disparition d'un soldat de l'US AirForce, le Colonel Robert Budahas. Mulder pense que cette disparition est liée à celle de six autres pilotes d'une base aérienne d'où décollaient des vols expérimentaux. De plus, il est convaincu que ces avions en question furent construits suivant une technologie extraterrestre extraite des soucoupes volantes.
Un homme mystérieux, connu sous le nom de Gorge profonde (Deep throat en anglais) contacte Mulder et lui recommande d'arrêter son enquête. Passant au-dessus de ses conseils, Mulder et sa partenaire se rendent chez la femme du Colonel disparu, Anita Budahas. Cette dernière décrit son mari comme un homme au comportement erratique qui ne parlait jamais de son travail.
Mulder raconte à Scully qu'un mystérieux avion, apparemment fabriqué par le Pentagone grâce à la technologie extraterrestre et nommé Aurora peut tenir un rôle central dans ce mystère. Pendant la nuit, ils assistent à un étrange bal aérien avec deux objets volants. Les agents trouvent aussi deux adolescents qui se sont introduits illégalement dans la base aérienne militaire. Ils racontent aux agents qu'ils voient plein d'objets volants atypiques au-dessus de la base, et Mulder les croit.
De façon inattendue, Anita Budahas signale que son mari est tout simplement rentré chez lui. Mulder et Scully vont alors interroger les Budahas, mais le colonel ne se rappelle aucun détail intéressant, il raconte juste qu'il fut hospitalisé pendant quelque temps. Il semble être en parfaite santé, Mulder pense qu'il a été victime d'une sorte de lavage de cerveau l'empêchant de se rappeler quoi que ce soit à propos des vols.
Mulder et Scully sont ensuite interceptés sur la route par des « men in black » qui détruisent les photos qui étaient en possession de Mulder concernant les objets volants et leur ordonnent de quitter la ville. Mulder décide néanmoins de s'introduire dans la base aérienne de la même façon que les adolescents. Il découvre un vaisseau triangulaire qui semble le "scanner" un moment par une lumière centrale vive. Il est alors découvert par la sécurité et examiné par des docteurs qui lui lavent en partie le cerveau.
Scully échange Mulder contre un militaire, qui les espionnait ; mais Mulder ne se rappelle de rien. De retour à Washington, Gorge profonde vient voir Mulder pour lui dire qu'il suit un chemin dangereux et que lui et sa partenaire sont maintenant aussi en danger.
Épisode 3 : Compressions
Titre original : Squeeze
Numéro(s) : 1-2
Scénariste(s) : Glen Morgan et James Wong
Réalisateur(s) : Harry Longsreet
Diffusion(s) :
États-Unis : 24 septembre 1993
France : 26 juin 1994
Invité(es) :
Donal Logue - Agent spécial Tom Colton
Henry Beckman - Détective Frank Briggs
Doug Hutchison - Eugene Victor Tooms
Kevin McNulty - Agent spécial Fuller
Terence Kelly - George Usher
Colleen Winton - Agent technique detecteur de mensonges
Mulder et Scully enquête sur une série de meurtres où il semble y avoir aucune méthode concrète à l'assassin d'entrer ou de fuir du lieu du crime. Eugene Victor Tooms (Doug Hutchinson), un concierge en apparence normale, est soupçonné par Mulder d'être un mutant qui tue ses victimes en leur ôtant leurs foies, afin de prolonger son existence.
Le chef de section Scott Belvins exprime son inquiétude à la direction du département des affaires non-classées, Mulder devient obsédé par l'enlèvement d'une jeune fille, un enlèvement qui ressemble à celle qu'a vécu Mulder avec sa sœur Samantha.
Épisode 5 : Le Diable du New Jersey
Titre original : The Jersey Devil
Numéro(s) : 1-4
Scénariste(s) : Chris Carter
Réalisateur(s) : Joe Napolitano
Diffusion(s) :
États-Unis : 8 octobre 1993
France : 31 mars 1995
Invité(es) :
Claire Stansfield - la femme sauvage
Wayne Tippett - Détective Thompson ()
Gregory Sierra - Docteur Diamond
Michael Mcrae - Ranger Peter Broullet
Jill Teed - Docteur Schnablegger
Tamsin Kelsey - Ellen
Andrew Airlie - Rob
Bill Dow - Le père dans la voiture
Jayme Knox - La mère dans la voiture
Hrothgar Mathews - Jack
Jessica Murdoch - La fille dans la voiture
Lachlan Murdoch - le fils dans la voiture
Résumé :
Dans le New Jersey en 1947, un homme est attaqué alors qu'il fixait un pneu sur la route près des bois. Son cadavre est retrouvé plus tard avec sa jambe mâchouillé, un humanoïde velu est tué à proximité…
Une force invisible commet plusieurs meurtres pendant qu'une femme est présente sur les lieu du crimes, Mulder pense qu'il s'agit de l'esprit de l'ancien patron de cette femme que l'on croyait s'être suicidé, mais a effectivement été assassiné et il protégerait son partenaire d'affaires…
Un ordinateur avec une intelligence artificielle très avancée commence à tuer pour préserver son existence lorsque cela est jugé inefficace de continuer à contrôler le fonctionnement d'un immeuble de bureaux.
Eurisko World Headquarters, Crystal City, Virginie — Deux hommes ont une discussion très violente au sujet de la société EURISKO, Brad Wilczek accuse Benjamin Drake,son patron, de gérer la société crée par Brad de façon désastreuse, lui faisant ainsi perdre beaucoup d'argent. Brad quitte le bureau en claquant la porte. Benjamin Drake entame la rédaction d'un article sous l'œil de caméras pilotée par un système informatique centralisé : Le COS (Central Operating System), créé par Brad Wilczek. Benjamin Drake quittant son bureau est attiré par un bruit suspect dans la salle de bain de son bureau : les robinets des lavabos sont ouvert et l'eau coule partout. Alors qu'il tente de fermer les robinets, le téléphone se met a sonner: c'est l'horloge parlante. La lumière de la salle d'eau s'éteint, la porte se verrouille. Benjamin Drake tente de déclayer la porte , une violente décharge électrique le terrasse… Dans la salle de contrôle, le COS indique sur son écran de contrôle : « Fichier effacé »…
FBI Headquarters , Washington D.C. — Un agent du FBI : Jerry Lamana, retrouve Mulder, son ex-collègue. Il vient demander de l'aide aux deux agents, concernant la mort de Benjamin Drake.
Eurisko World Headquarters — Devant l'immeuble Eurisko, Scully interroge Mulder sur la nature des relations entre Mulder et Jerry. Ils prennent l'ascenseur qui se bloque entre le 3e et 4e étage, tout en étant surveillés par le COS…
Épisode 8 : Projet arctique
Titre original : Ice
Numéro(s) : 1-7
Scénariste(s) : Glen Morgan et James Wong
Réalisateur(s) : David Nutter
Diffusion(s) :
États-Unis : 5 novembre 1993
France : 29 août 1994
Invité(es) :
Xander Berkeley - Dr Hodge ()
Felicity Huffman - Dr. Nancy Da Silva
Steve Hytner - Dr. Denny Murphy ()
Jeff Kober - Bear
Ken Kirzinger - Mr Richter
Sonny Surowiec - Mr Campbell
Résumé :
En Arctique, une équipe de recherche se tue les uns les autres, Mulder et Scully accompagnent une équipe de médecins pour enquêter. Ils découvrent un organisme qui infecte les êtres vivants et amplifie l'agressivité et la paranoïa, et la nouvelle équipe commence à se détériorer, ils se demandent lequel d'entre eux va se faire tuer.
Une force mystérieuse sabote un programme de lancement dans l'espace qui conduit directement au chef de l'équipe, qui a déjà affirmé avoir vu un étranger dans l'espace. Le soi-disant «étranger» revient sur Terre avec lui pour le tourmenter et détruire son nouveau programme spatial.
Mulder met en danger les affaires non-classées en se dirigeant vers un site de crash d'OVNI, en y prenant des photos, il se fait arrêter par l'armée. En prison, il rencontre Max Fening, un membre du NICAP qui suit la carrière de Fox Mulder. Scully demande à Mulder de rentrer à Washington pour faire face à ses supérieurs et d'essayer de sauver son emploi.
Épisode 11 : Ève
Titre original : Eve
Numéro(s) : 1-10
Scénariste(s) : Kenneth Biller, Chris Brancato
Réalisateur(s) : Fred Gerber
Diffusion(s) :
États-Unis : 10 décembre 1993
France : 12 mai 1995
Invité(es) :
Harriet Sansom Harris - Docteur Sally Kendrick / Eve
En enquêtant sur deux pères de famille de chaque côté des États-Unis, assassinés exactement de la même manière, Mulder et Scully découvrent que leurs filles de huit ans sont des vraies jumelles créées pour continuer l'expérience Litchfield, un projet eugéniste des années 1950 qui produisit plusieurs groupes de jumeaux dont les garçons furent nommés Adam et les filles Ève, avec une intelligence et une force très au-dessus de la moyenne, mais aussi avec des comportements psychotiques
Plusieurs hommes importants du monde politique et financier sont tués par ignition spontanée. Suite à une lettre de menace adressée à un dignitaire britannique, Mulder et Scully sont chargés de protéger sa famille. L'inspecteur Phoebe Green, ancienne compagne de Mulder est chargée de l'enquête, ce qui amène des tensions entre les deux anciens amants.
Épisode 13 : Le Message
Titre original : Beyond the Sea
Numéro(s) : 1-12
Scénariste(s) : Glen Morgan, James Wong
Réalisateur(s) : David Nutter
Diffusion(s) :
États-Unis : 7 janvier 1994
France : 28 août 1994
Invité(es) :
Sheila Larken - Margaret Scully
Don S. Davis - William Scully
Brad Dourif - Luther Lee Boggs
Fred Henderson - Agent Thomas
Chad Willett - Jim Summers
Lisa Vultaggio - Liz Hawley
Lawrence King - Lucas Jackson Henry
Don MacKay - Warden Joseph Cash
Résumé :
Mulder est convoqué par une prison d'Etat car Luther Lee Boggs, un tueur en série qu'il a arrêté et qui doit bientôt être exécuté, prétend posséder des informations sur des enlèvements commis récemment dans la ville. Mulder refuse d'entendre les informations de Boggs, convaincu qu'il s'agit d'une manoeuvre de celui-ci pour retarder son châtiment. Boggs choisit de s'adresser alors à Scully et tente de la convaincre de la véracité de ses visions en lui transmettant un message de son père décédé récemment.
Épisode 14 : Masculin féminin
Titre original : Genderbender
Numéro(s) : 1-13
Scénariste(s) : Larry Barber, Paul Barber
Réalisateur(s) : Rob Bowman
Diffusion(s) :
États-Unis : 21 janvier 1994
France : 26 novembre 1994
Invité(es) :
Doug Abrahams - Un agent
Brent Hinkley - Frère Andrew
David Thomson - Frère Oakley
Don S. Davis - William Scully
Kate Twa - Marty femme
Peter Stebbings - Marty homme
Mitchell Kosterman - Détective Horton
Michele Gooder - Sœur Abigail
Aundrea MacDonald - La prostituée
John R. Taylor - Le mari
Tony Morelli - Le policier
Lesley Ewen - Un agent
Nicholas Lea - Michael
Paul Batten - Frère Wilton
Résumé :
Plusieurs morts inexpliquées d'hommes et de femmes ont lieu dans des hôtels. A chaque fois, les caméras de surveillance montre un homme et une femme entrer dans la chambre mais une personne inconnu et chaque fois différentes en sort au matin. Sur une des victimes, on retrouve des traces d'une glaise caractéristique produite uniquement par une communauté religieuse autarcique.
Commentaire : Nicholas Lea tient un rôle secondaire dans cet épisode. Les producteurs et scénaristes de la série, satisfaits de sa prestation, lui confieront le rôle d'Alex Krycek, qui apparaît pour la première fois dans l'épisode Insomnies.
Épisode 15 : Lazare
Titre original : Lazarus
Numéro(s) : 1-14
Scénariste(s) : Alex Gansa, Howard Gordon
Réalisateur(s) : David Nutter
Diffusion(s) :
États-Unis : 4 février 1994
France : 14 août 1994
Invité(es) :
Christopher Allport - Agent Jack Willis
Cec Verrell - Lulua Phillips
Jason Schombing - Warren James Dupre
Résumé :
Un collègue de Scully est mortellement blessé en même temps qu'un dangereux bandit lors d'un hold-up qui tourne mal. Grâce à l'acharnement de Scully, il revient à la vie mais commence alors à se comporter bizarrement et semble désormais posséder deux personnalités différentes.
Épisode 16 : Vengeance d'outre-tombe
Titre original : Young at Heart
Numéro(s) : 1-15
Scénariste(s) : Chris Carter, Scott Kaufer
Réalisateur(s) : Michael Lange
Diffusion(s) :
États-Unis : 11 février 1994
France : 21 août 1994
Invité(es) :
Richard Anthony Williams - Reggie Purdue
Alan Boyce - John Barnett jeune ()
David Petersen - John Barnett vieux
Robin Mossley - Dr. Joe Ridley ()
Christine Estabrook - Agent Henderson ()
Graham Jarvis - Dr. Austin
Merrilyn Gann - Le persécuteur
Gordon Tipple - Joe Crandall ()
Courtney Arciaga - Progeria Victim
Résumé :
Mulder est chargé d'enquêter en compagnie de son mentor Reggie Purdue sur un cambriolage qui a fait des victimes. Le meurtrier a laissé un message adressé à Mulder. Le style du message ainsi que des empreintes digitales appartiennent à Johnny Barnett, un tueur que Mulder a arrêté plusieurs années auparavant. Le problème est le suivant, Barnett est mort en prison depuis plusieurs années.
Épisode 17 : Entité biologique extraterrestre
Titre original : E.B.E.
Numéro(s) : 1-16
Scénariste(s) : Glen Morgan et James Wong
Réalisateur(s) : William Graham
Diffusion(s) :
États-Unis : 18 février 1994
France : 9 février 1995
Invité(es) :
Allan Lysell - Chef Rivers
Peter Lacroix - Ranheim / Druse
Bruce Harwood - Byers ()
Dean Haglund - Langly ()
Tom Braidwood - Frohike ()
Résumé :
Épisode 18 : L’Église des miracles
Titre original : Miracle Man
Numéro(s) : 1-17
Scénariste(s) : Chris Carter et Howard Gordon
Réalisateur(s) : Michael Lange
Diffusion(s) :
États-Unis : 18 mars 1994
France : 4 septembre 1994
Invité(es) :
R.D. Call - Sheriff Maurice Daniels ()
Scott Bairstow - Samuel Hartley
George Gerdes - Révérend Calvin Hartley
Dennis Lipscomb - Leonard Vance
Résumé :
Pendant une réunion évangéliste centrée sur un jeune garçon dotée de pouvoir de guérison extraordinaire, une jeune femme meurt. Scully et Mulder enquêtent.
Des fermiers voient leurs troupeaux attaqués chaque nuit par une bête mystérieuse. Une nuit, ils abattent la bête mais au lieu du cadavre d'un monstre sanguinaire, ils découvrent le corps d'un jeune indien. Mulder et Scully sont chargé de tirer l'affaire au clair car des violences ethniques entre fermiers et indiens se profilent.
Épisode 20 : Quand vient la nuit
Titre original : Darkness Falls
Numéro(s) : 1-19
Scénariste(s) : Chris Carter
Réalisateur(s) : Joe Napolitano
Diffusion(s) :
États-Unis : 15 avril 1994
France : 18 septembre 1994
Invité(es) :
Jason Beghe - Ranger Larry Moore
Tom O'Rourke - Steve Humphreys ()
Barry Greene - Perkins
David Hay - L'homme bien habillé
Ken Tremblett - Dyer
Titus Welliver - Doug Spinney ()
Résumé :
Mulder et Scully sont chargés de retrouver une équipe de vingt bûcherons qui ont disparu en pleine forêt. Pour Mulder, ce cas ne serait pas le premier. une équipe entière de bûcherons auraient complètement disparu dans les années vingt. Voilà les agents coincés loin de tout, au coeur de la forêt, lorsqu'ils retrouvent un énorme cocon qui contient un cadavre humain.
Eugène Tooms doit être libéré. Mulder sait qu'il ne lui manque qu'une victime pour entamer une nouvelle période d'hibernation. Il décide de le surveiller jour et nuit.
Épisode 22 : Renaissance
Titre original : Born Again
Numéro(s) : 1-21
Scénariste(s) : Alex Gansa et Howard Gordon
Réalisateur(s) : Jerrold Freedman
Diffusion(s) :
États-Unis : 29 avril 1994
France : 25 septembre 1994
Invité(es) :
Maggie Wheeler - Détective Sharon Lazard
Brian Markinson - Tony Fiore
Mimi Lieber - Anita Fiore
Dey Young - Judy Bishop
Andrea Libman - Michelle Bishop
P. Lynn Johnson - Docteur Sheila Braun
Leslie Carlson - Docteur Spitz
Richard Sali - Leon Felder
Dwight Koss - Détective Barbala
Peter Lapres - Harry Linhart
Résumé :
Un inspecteur de police se suicide en présence d'une petite fille. Bientôt, d'autres phénomènes étranges se produisent autour d'elles et guident Mulder et Scully sur une ancienne affaire de meurtre d'un policier.
Épisode 23 : Roland
Titre original : Roland
Numéro(s) : 1-22
Scénariste(s) : Chris Ruppenthal
Réalisateur(s) : David Nutter
Diffusion(s) :
États-Unis : 6 mai 1994
France : 9 octobre 1994
Invité(es) :
Željko Ivanek - Roland Fuller
Garry Davey - Docteur Keats
James Sloyan - Docteur Nollette
Micole Mercurio - Miss Stodie
Kerry Sandomirsky - Tracey
Matthew Walker - Docteur Surnow
David Hurtubise - Barrington
Sue Mathew - Lisa Howe
Résumé :
Dans un laboratoire de technologies de pointe, un scientifique est assassiné. La seule personne présente au moment des faits est Roland, le concierge, un jeune lourdement handicapé mental. Il semblerait néanmoins que Roland aie résolu des calculs excessivement complexes sur les tableaux du laboratoire.
Épisode 24 : Les Hybrides
Titre original : The Erlenmeyer Flask
Numéro(s) : 1-23
Scénariste(s) : Chris Carter
Réalisateur(s) : R.W. Goodwin
Diffusion(s) :
États-Unis : 13 mai 1994
France : 16 octobre 1994
Invité(es) :
Lindsey Ginter - le tueur
Anne DeSalvo - Docteur Anne Carpenter
Simon Webb - Docteur Secare
Jim Leard - Capitaine Lacerio
Ken Kramer - Docteur Berube
Phillip MacKenzie - le médecin
Jaylene Hamilton - le reporter
Résumé :
Lors d'une course poursuite, la police blesse un homme. Ce dernier disparaît plongeant dans l'eau du port de la ville et en laissant derrière lui des traces de sangvert.