Le VHC est une grande famille, ce virus à ARN a une variété de génome assez importante. Il existe six principaux génotypes, noté de 1 à 6, et de nombreux sous-types. Ces génotypes ne sont pas responsables d'évolutions significativement différentes de l'hépatite. Ils ont par contre une importance dans la réponse aux traitements. Les génotypes 2 et 3 répondent mieux que les 1 de manière démontrée, et certainement mieux que le 4. C'est pour cela que le traitement des génotypes 2 et 3 ne dure que 24 semaines alors qu'il est de 48 semaines pour le 1. Pour le 4, on a moins de recul du fait de son apparition récente en France comme en Europe.
Le virus de l'hépatite C (VHC) est un petit virus à ARN d’environ (60 nanomètres de diamètre), enveloppé et contenu dans une capside protéique icosaèdrique. Son génome est un ARN monocaténaire linéaire de polarité positive. Il existe six grands génotypes du virus de l'hépatite C, qui sont indiqués par un nombre (par exemple, le génotype 1, le génotype 2, etc.)
Le virus a été classé dans la famille des Flaviviridae qui se compose de trois genres :
Le diagnostic de l'hépatite C est rarement fait au cours de la phase aiguë de la maladie parce que la majorité des personnes infectées ne présentent aucun symptôme apparent au cours de cette phase de la maladie. Ceux qui présentent une phase aiguë symptomatique sont rarement suffisamment malades pour être amenés à consulter un médecin. Les signes sont, par ailleurs très souvent non spécifiques.
L'hépatite C peut être suspectée sur la base des antécédents médicaux (notamment en cas d’antécédents d'échange de matériel de drogues par voie IV ou par inhalation de substances telle que la cocaïne), de certains symptômes, ou des anomalies des enzymes hépatiques ou de la fonction hépatique au cours des tests sanguins de routine. De temps en temps, l'hépatite C est diagnostiquée à l’occasion d’un dépistage ciblé pour le don de sang, la grossesse (les donneurs de sang font l’objet d’un dépistage pour de nombreuses maladies transmissibles par le sang y compris l'hépatite C) ou d’une enquête après un contact supposé avec le virus.
Les tests pour l'hépatite C commencent par des tests sérologiques, des tests sanguins permettant de détecter les anticorps anti-VHC. Ces derniers apparaissent vers la sixième semaine après la contamination. Globalement, le dosage des anticorps anti-VHC possède une forte valeur prédictive positive pour caractériser l’exposition au virus de l'hépatite C, mais il peut laisser passer des patients qui n'ont pas encore développé d’anticorps (séroconversion), ou ont un niveau d'anticorps insuffisant pour pouvoir être détecté. Rarement, il existe des personnes infectées par le VHC qui ne développeront jamais d’anticorps contre le virus et donc, n’auront jamais de test positif au dosage des anticorps anti-VHC. En raison de cette possibilité, la recherche d'ARN viral (voir ci-dessous méthodes d’analyses de l'acide nucléique) devrait être proposée lorsque la recherche d'anticorps est négative, mais qu’il existe une suspicion élevée d'hépatite C (en raison par exemple de l’élévation des transaminases (ALAT) chez quelqu'un qui présente des facteurs de risque pour l'hépatite C).
En l’absence de signe cliniques ou de notion d’exposition à un risque le diagnostic biologique d'hépatite C se limite à la mise en évidence des anticorps anti-HCV par un test de dépistage. Si ce test est négatif, le sujet n'a jamais été en contact avec le virus. Si ce test de dépistage est positif, il faudra le contrôler sur un second prélèvement sanguin et utiliser une autre technique de détection des anticorps. Lorsque les deux tests sont positifs, le sujet a été en contact avec le virus et possède des anticorps qui ne sont malheureusement pas protecteurs contre une éventuelle nouvelle infection. L'hépatite virale C a pu toutefois être guérie spontanément.
Le taux d'anticorps ne semble pas être corrélé avec les chances de guérison. Cet échec de l'immnunité humorale naturelle peut être expliqué, au moins partiellement, par un taux de mutation important concernant les antigènes du virus. L'immunité cellulaire a un rôle au moins aussi important, dans la lutte de l'organisme contre le VHC.
En pratique, lors d'un tableau d'hépatite aiguë, idéalement, une première sérologie doit être faite rapidement, complétée par un second dosage quelques semaines plus tard : l'augmentation importante du taux d'anticorps anti VHC entre les deux dosages (séroconversion) permet de signer la contamination récente. Il est fait de même en cas de contamination possible, par exemple après une piqûre accidentelle par une aiguille potentiellement souillée.
La présence d’anti-anticorps anti-VHC pour les sujets ayant deux tests de dépistage positifs (ou des tests discordants), révèle une exposition au virus, mais ne permet pas de déterminer s'il s’agit d’une infection en cours ou d’une infection ancienne qui a pu guérir spontanément. Toutes les personnes ayant des anti-anticorps anti-VHC positifs doivent faire l'objet de tests supplémentaires pour rechercher la présence du virus de l'hépatite C lui-même afin de déterminer si l'infection est en cours d’évolution. La présence du virus est recherchée par l'utilisation de méthodes de test des molécules d’acides nucléiques tels que la Réaction en chaîne par polymérase (PCR), ou d’autres techniques d’amplification. Si cette recherche est positive, le sujet est infecté par le virus. Si cette recherche est négative, il a éliminé le virus (guérison spontanée) et n'est plus infecté. Ce dernier cas, représente un peu moins d'un tiers des cas. La majorité des sujets reste infecté de manière chronique par le virus (absence de guérison après 6 mois).
Tous les tests moléculaires sur les acides nucléiques du virus de l'hépatite C ont la capacité de détecter non seulement la présence du virus, mais aussi de mesurer la quantité de virus présent dans le sang (charge virale du VHC). Cette dernière est un facteur important pour déterminer la probabilité de réponse au traitement par l'interféron, mais ne permet pas d’évaluer la gravité de la maladie, ni son risque d'aggravation. Le suivi de la charge virale HCV permet de contrôler l'efficacité du traitement conjointement avec le dosage des transaminases (ALAT). L'objectif est la guérison avec une charge virale HCV indétectable 6 mois après l'arrêt du traitement.
Chez les personnes pour lesquelles l'infection par le VHC est confirmée, la détermination du génotype est généralement recommandée. La connaissance de ce dernier sert à déterminer la durée requise du traitement et d’évaluer les chances de réponse au traitement par l'interféron. Le génotypage du virus est le plus souvent réalisé par séquençage (ou hybridation) d'une région du génome viral.