Les végétaux ont évolué à travers des niveaux croissants de complexité, depuis les premières algues, puis les bryophytes, lycopodes, fougères, gymnospermes jusqu'au complexes angiospermes d'aujourd'hui.
Alors que les végétaux plus primitifs continuent de prospérer, chaque nouveau degré d'organisation développe de nouvelles capacités pour mieux s'adapter à son milieu. En outre, la plupart des analyses cladistiques (bien que celles-ci soient souvent contradictoires) suggèrent que chaque groupe « plus complexe » nait du plus complexe de son époque.
Tout porte à croire que les algues (pluricellulaires) sont apparues sur Terre il y a 1,2 milliard d'années. Pendant l'Ordovicien, il y a près de 500 millions d'années, certaines formes d'algues, qui produisaient de la chlorophylle a et de la chlorophylle b, donnèrent naissance aux algues vertes. C'est à cette époque que les premières plantes terrestres apparurent. Celles-ci ont commencé à se diversifier à la fin du Silurien, il y a environ 420 millions d'années, et les fruits de cette diversification sont visibles en détail dans un fossile de début du Dévonien connu sous le nom de Flore de Rhynie.
Vers le milieu de la période du Dévonien, la plupart des caractéristiques connues des plantes actuelles sont déjà présentes, y compris les racines, les feuilles et les graines.
À la fin du Dévonien, les plantes ont atteint un degré de sophistication qui leur a permis de former des forêts de grands arbres.
L'innovation évolutionnaire continue après la période du Dévonien. La plupart des groupes de végétaux ont été relativement épargnée par les extinctions Permo-Triassique, bien que les structures des communautés aient changé. Ceci a contribué à l'évolution des plantes à fleur au Trias (il y a environ 200 millions d'années), ce groupe s'étant fortement diversifié au Crétacé et au Tertiaire.
L'évolution la plus récente est celle des graminées, groupe qui est devenu important au milieu du tertiaire, il y a environ 40 millions d'années. Les graminées, comme de nombreux autres groupes, ont créé de nouveaux mécanismes de leur métabolisme pour survivre au faible taux de CO2, relativement aux ères précédentes. Ainsi qu'aux conditions sèches et chaudes des tropiques au cours des 10 dernières millions d'années.