L'OIE définit (en 2006) les maladies émergentes comme des infections nouvelles, causées par l'évolution ou la modification d'un agent pathogène ou d'un parasite existant. Le caractère "nouveau" de la maladie se traduit par exemple par un changement d'hôtes, de vecteur, de pathogénicité ou de souche.
Le phénomène n'est pas récent (la syphilis ou la peste et quelques pandémies grippales ont été historiquement bien documentées), mais elles semblent en hausse rapide depuis un siècle (quasi-quadruplement en 50 ans) ; avec l'apparition des virus très pathogènes et à potentiel élevé de pandémie VIH/SIDA, Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), virus de la fièvre du Nil occidental, virus Ebola, H5N1, etc. qui est la première à croiser les données écologiques et sanitaires à échelle planétaire, sur la base de statistiques accumulées depuis 1940. Ces maladies sont souvent aussi des maladies animales ou l'animal peut être utilisé comme modèle pour l'étude des émergences.
L’aire occupée par certains parasites et/ou leurs vecteurs potentiels (tiques, moustiques..) est également en forte augmentation, ce qui préoccupe L'OMS, la FAO et l'OIE en particulier concernant le risque de pandémie grippale lié au H5N1.
Les ports et, plus récemment, les aéroports ou les détroits se sont souvent montrés (depuis le Moyen Âge au moins) des portes fréquentes d'entrées d’épidémies ou pandémies, puis d'espèces invasives et/ou porteuses de parasites ou germes pathogènes.
On parle parfois aussi de syndrome émergent.
Une maladie peut être à la fois ancienne, permanente et émergente pour des variants du pathogène en question. Par exemple, la grippe est une maladie ancienne, mais celle qui est induite par le virus IA H5N1 HP est une maladie émergente.
Une maladie peut-être endémique et ancienne dans une partie du monde, mais dite émergente quand elle apparait dans une région antérieurement indemne. par exemple, parce qu'elle est apparue pour la première fois, dans l'hémisphère nord, en Europe, en août 2006, l'OIE a classé la fièvre catarrhale du mouton comme maladie émergente dans cette partie du monde.
Une maladie quasi-disparue, ou due à un retour d'un variant disparu depuis longtemps peut être ré-émergentes (ex ;Fièvre de la vallée du Rift), ce qui peut se produire quand notre système immunitaire n'est plus capable d'y réagir correctement ou quand elle est devenue maladie nosocomiale. Exemples : leishmanioses, ou Paludisme qui est localement devenu résistant au traitement, qui était autrefois présent en Europe, qui pourrait y revenir. On observe des évolutions « récentes et non expliquées » de la répartition de plusieurs vecteurs anophéliens.
Parmi celles qui sont jugées préoccupantes pour leur gravité en terme sanitaire et/ou pour l'importance de leurs impacts sociaux-économiques potentiels, on trouve par exemple (ordre alphabétique) :