La mise à l'arrêt de la centrale a été effectuée en 1998. Les travaux du démantèlement sont prévus pour durer jusqu'en 2027.
Le coût de l'opération Superphénix a été très élevé sur le plan financier. Le prix de la construction (dix milliards de francs pour une prévision de quatre milliards) et de l'entretien de Superphénix pendant son fonctionnement a été évalué à 40,5 milliards de francs français (6,2 milliards €) et le prix de son démantèlement a été estimé à 16,5 milliards de francs français (2,5 milliards €) : au final l'expérience industrielle a souvent été jugée coûteuse, la possibilité d'une exploitation industrielle « normale » étant contestée. Cependant, des données économiques approuvant la poursuite de l'activité de Superphénix malgré son coût initial important ont été avancées par la Commission de la production et des échanges de l'Assemblée Nationale en avril 1997:
Superphénix aurait pu coûter de l'argent mais son fonctionnement apparaissait néanmoins économiquement viable. Superphénix avait en effet un coût d'exploitation incompressible de 900 millions de francs par an, et pouvait espérer rapporter entre 1,5 et 2 milliards de francs/an (sachant que le combustible présent pouvait permettre la production durant 1 500 jours pleins, soit 4 ans), à condition de ne pas connaître d'autres problèmes de fonctionnement (techniques, politiques ou administratifs), ce qui est normal pour un prototype. Les dépenses de fonctionnement provenaient premièrement d'incidents techniques divers et variés qui ont grevé la disponibilité de la centrale, ce qui est normal car un prototype coûte plus cher à construire et à faire fonctionner mais aucune des difficultés rencontrées n'a cependant mis en cause la viabilité de cette filière. La deuxième cause de surcoût, et la plus lourde de très loin, a été un défaut de production d'électricité, donc de recettes. Il n'y avait aucune raison a priori pour que Superphénix fonctionnât moins bien que Phénix. Cependant, Superphénix en 11 ans a fonctionné pendant 53 mois, il a subi des réparations pendant 25 mois, mais il a été arrêté 54 mois pour des raisons administratives. La production d'électricité aurait dû rapporter 12 milliards de francs, elle n'en a fourni que 2 milliards. Le paroxysme de cette "opposition administrative" à Superphénix étant atteint avec le renouvellement de l'enquête publique d'autorisation en 1993, procédure administrative ayant duré une année durant laquelle la centrale n'a pu fonctionner. Dès lors, il est évident que le bilan comptable de la centrale de Creys-Malville est difficile. Cependant, il ne faut pas oublier que Superphénix a été arrêté en 1997 après une année de fonctionnement particulièrement satisfaisante où le coefficient de charge (>90%) a dépassé en fait celui des autres réacteurs du parc EDF. L'optimisme était donc de rigueur pour les années futures quant à sa rentabilité (non pas par rapport au coût global incluant le coût initial du prototype mais aux dépenses de fonctionnement). Il était prévu pour fonctionner jusqu'en 2015, 30 années au cours desquelles des connaissances technologiques sur le retraitement des actinides auraient pu être obtenues.
Le budget accordé à la recherche nucléaire n'est pas infini et Superphénix a subi la concurrence d'autres projets de réacteurs plus médiatisés ou plus appréciés par les industriels pour des raisons qui leur sont propres. Nous pouvons notamment citer :
Néanmoins, environ 30 % des isotopes du plutonium issus du retraitement ne sont pas fissiles par des neutrons lents et ne peuvent pas être brûlés dans les réacteurs REP qui sont donc moins efficaces que les réacteurs à neutrons rapides. La concurrence du MOX n'est donc pas totale.
Sur le plan de l'image de l'industrie française, la communication a été mal gérée. Les hasards du calendrier ont voulu que la catastrophe de Tchernobyl se produise au même moment (avril 1986) que la mise en service de Superphénix. Le manque de transparence et les erreurs de communication en France sur les conséquences de la catastrophe de Tchernobyl ont entraîné une certaine méfiance de l'opinion publique sur la sûreté nucléaire, qui a pu se reporter sur la filière émergente des RNR, dont la conception est pourtant très différente de celle du RBMK soviétique.
La responsabilité sociétale des constructeurs et des exploitants du réacteur a été discutée via des informations diffusées par des réseaux anti-nucléaires internationaux (Greenpeace), nationaux (Réseau sortir du nucléaire), et locaux (Associations loi 1901, Comité Malville...). Aujourd'hui, le réseau internet permet à beaucoup d'organisations de communiquer facilement sur cette affaire.
Pourtant, beaucoup d'experts s'accordent à penser que les réacteurs à neutrons rapides ont un niveau de sûreté équivalent à celui d'un réacteur à eau pressurisée.[réf. souhaitée]
Les conséquences ont été graves aussi en termes d'impact sur l'opinion publique tout au long du projet en France :
Comme en témoigne le rapport de l'Assemblée nationale de 1998, la France est apparue isolée sur une filière qui semblait abandonnée par de nombreux pays.
Ce manque de communication en France a été très préjudiciable à l'image d'une filière, qui présente pourtant certains avantages sur le plan économique et des impacts écologiques :
La filière des réacteurs à neutrons rapides à caloporteur sodium figure parmi les six types de réacteurs retenus par le Forum International Génération IV.
L'exploitation de Superphénix a été soigneusement consignée par des experts en ingénierie des connaissances, dans des systèmes d'intelligence collective.
Les compétences européennes dans la filière industrielle des réacteurs à neutrons rapides ont globalement été conservées, mais elles ont été largement exploitées par d'autres puissances économiques, habiles pour récupérer l'expérience industrielle des autres et créer des réseaux de connaissances : le Japon (Monju), puis les États-Unis, qui, après avoir arrêté le réacteur de Clinch River, se sont orientés vers des recherches sur la fermeture du cycle nucléaire. Les recherches sur les réacteurs de génération IV en témoignent.