Les feuilles de thym commun sont utilisées sous forme d'infusion, d'huile essentielle ou d'alcoolature. De manière générale, le thym est un anti-infectieux à large spectre, un stimulant immunitaire et circulatoire, un expectorant et un digestif. La composition moléculaire de ce thym lui confère des propriétés différentes. Certains chémotypes sont plus adaptés à certains usages plus spécifiques, en raison de l'agressivité et le dermocausticité de leur propriétés.
La floraison printanière du thym commun, courant mai, offre une miellée très fugace et très intense aux abeilles. Cependant, le thym n'apporte que très peu de son pollen ocre/brun. Cette production de nectar permettra à la colonie de se développer au printemps. Néanmoins, cette miellée est très inégale. En effet, la floraison étant sensible au froid, à la pluie ainsi qu'à la sécheresse et les abeilles sensibles aux vents, la production peut être très bonne comme inexistante. En France, la récolte de ce miel s'effectue dans les garrigues du pourtour méditerranéen et sur les plateaux calcaires de faible altitude dans l'arrière-pays. Grâce à ses pâturages de moutons, le causse du Larzac est un lieu privilégié.
Le miel de thym peut constituer un miel monospécifique. Dans ce cas, il est de couleur jaune orangée tirant souvent vers des teintes rougeâtres à la récolte. Il pâlit très légèrement à la cristallisation qui est rapide et à tendance à avoir une granulation grossière. Caractérisé par un arôme puissant, ce miel exhale des saveurs rondes, lourdes et suaves qui durent longtemps en bouche. Le miel de thym peut également être incorporé dans le miel de garrigue en méditerranée et le miel de maquis en Corse. Traditionnellement, le miel de thym est employé pour sucrer les tisanes du soir car il est apaisant et favorise le sommeil. Antiseptique reconnu, il recommandé pour la prévention et le traitement des maladies infectieuses, respiratoires ou digestives. Le miel de thym est très riche en cuivre et en bore. Des études réalisées au CHU de Limoges par le professeur Descottes ont démontré que le miel de thym possédait des propriétés remarquables lorsqu'il était employé pour la cicatrisation des plaies. Aujourd'hui, plusieurs services de grands brûlés utilisent sa méthode de soin.
Le thymol, le composé principal de l'huile essentielle du thym commun (thym à thymol), est un traitement assez populaire chez les apiculteurs afin de combattre le parasite Varroa, grave fléau de l'apiculture et l'une des principales causes de mortalité des abeilles. Cette molécule est également intéressante dans le traitement de l'acariose. Il s'emploie sous forme de médicaments, Apilife-Var (Italie), où il est associé au menthol, au camphre et à l'eucalyptol ; Thymovar (Suisse) et Apiguard (France). Outre ces médicaments aux marques commerciales déposées, il existe le thymol à l'état pur. Les apiculteurs justifient son emploi par la stimulation des colonies et l'amélioration de leur résistance aux agressions. Par ces applications, le thymol n'est plus considéré comme un médicament et échappe ainsi à la règlementation pharmaceutique. De plus cet usage n'est pas interdit car la substance, non vénéneuse, ne laisse pas de résidus réputés toxiques dans les aliments. À la suite de cette découverte par des chercheurs de l'Institut national de la recherche agronomique de France (INRA), d’autres chercheurs québécois ont démontré que ce traitement, contrairement aux produits chimiques, n'avait aucun effet négatif sur les populations d'abeilles ou sur la production de miel. Certains apiculteurs l'emploient donc à l'état pur, sous forme de cristaux, après l'avoir dissout dans l'alcool. Ils imprègnent ensuite divers supports de cette solution. Le thymol agit essentiellement par évaporation. Son haut pouvoir odoriférant perturbe les abeilles, aussi faut-il traiter en fin de récolte, un jour de beau temps (température extérieure supérieure à 20 °C), et sur la totalité du rucher, sous peine de favoriser la dérive et le pillage. Malgré ces conditions, l'efficacité du thymol avoisine les 80 %.