A son ouverture en 1975, la gestion de l'aéroport est confiée à la Chambre de Commerce et d'Industrie de Lyon (CCIL), qui gère également celui de Lyon-Bron. La durée de la concession est fixée à 25 ans, soit jusqu'en 1990. Cette concession a été renouvelée à plusieurs reprises, la dernière fois le 21 mars 2001 pour une durée de 10 ans.
Le 20 avril 2005, une nouvelle loi sur la gestion des principaux aéroports français est promulguée. Paru au journal officiel le 21 avril 2005, elle prévoit la mise en place d'un nouveau régime de gestion des aéroports : ces derniers restent dans la compétence de l'État mais leur gestion est confiée à une société d'exploitation aéroportuaire.
A ce titre, la SASU Aéroports de Lyon est créée le 21 décembre 2006. Le 6 mars 2007, la CCIL cède sa concession de l'aéroport à la SASU. Trois jours plus tard, le 9 mars 2007, la société Aéroports de Lyon est officiellement lancée et la concession renouvelée pour 40 ans, jusqu'en 2047. Elle est destinée à gérer les deux aéroports lyonnais (Lyon-Bron et Lyon-Saint Exupéry). Son capital est réparti entre l'État (60 %), la CCIL (25 %) et les trois collectivités territoriales à parts égales (5 % chacune ; Grand Lyon, le Conseil général du Rhône et le Conseil régional de Rhône-Alpes).
Le capital détenu par l'État pourra être progressivement cédé aux entreprises publiques ou privées à partir de 2013.
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La compagnie à bas coûts easyJet a ouvert le 4 avril 2008 sa vingtième base européenne (la troisième française) sur l'aéroport en basant 2 Airbus A319. Elle a ainsi ouvert une dizaine de lignes au départ de Lyon, notamment vers plusieurs villes françaises comme Toulouse et Bordeaux, mettant fin au monopole d'Air France.
Forte du succès rencontré, puisque les résultats se sont révélés meilleurs que les prévisions, la compagnie a décidé d'affecter à partir de l'hiver 2009-2010 un troisième Airbus A319 sur l'aéroport et d'ouvrir 3 nouvelles lignes vers Nantes, Bruxelles et Édimbourg. Le 30 juin 2010, la compagnie Easyjet a annoncé l'arrivée d'un quatrième Airbus A319 sur l'aéroport à compter de novembre 2010. Parallèlement à l'arrivée de ce nouvel avion, Easyjet mettra en place 6 nouvelles destinations régulières (Brest et Nice en France, Agadir, Berlin, Milan et Prague) et 2 destinations saisonnières (Liverpool et Bristol à partir de décembre 2010). Easyjet souhaite ainsi atteindre le chiffre d'1,5 millions de passagers sur l'aéroport de Lyon en 2010.
Avec ses 3 terminaux, l'aéroport a une capacité de traitement d'environ 9,6 millions de passagers. A la fin de l'année 2007, c'est-à-dire avant l'apparition de la crise mondiale en septembre 2008, les prévisions de trafic prévoyaient un trafic de l'ordre 10 millions de passagers à l'horizon 2012 et d'environ 15 millions de passagers vers 2020.
Afin d'accueillir cette hausse attendue du trafic, des projets d'extension de l'aéroport sont actuellement à l'étude pour porter la capacité d'accueil à 11 millions de passagers de 2012 et 15 millions en 2020, avec notamment :
Ces nouvelles constructions, établies en grande partie sur des parking d'avions, nécessiteront le déplacement d'une partie des stationnements des avions fret. Parallèlement, une importante extension de la zone fret est programmée.