L’hiver est la période la plus rude pour les chamois. Les mâles sortent du rut, et ont donc durement ponctionné leurs réserves. Les femelles doivent développer leur futur cabri, alors que la nourriture se fait rare et peu énergétique.
De plus, les abondantes chutes de neige cachent l’herbe, forçant les animaux à de pénibles déblayages s’ils veulent trouver de la nourriture. La neige provoque également des avalanches, que les chamois ne parviennent pas toujours à éviter. La mortalité hivernale est d’ailleurs étroitement corrélée avec la hauteur de neige. Les jeunes de l’année y sont particulièrement sensibles, et beaucoup ne survivent pas à leur premier hiver.
Les chamois sont régulièrement affectés par des parasites, qu’ils soient internes – strongles ou ténias – ou externes –poux, tiques. Ils sont rarement mortels en eux-mêmes, mais affaiblissent l’animal et le rendent plus sensible aux maladies.
Celles-ci sont généralement peu spectaculaires, ne tuant que les animaux affaiblis en fin d’hiver ou au printemps. Mais il peut arriver qu’elles dégénèrent en violentes épizooties, telles la bronchopneumonie ou la gale scarcoptique. Toutefois, la kératoconjonctivite est la plus connue. Elle affecte l’œil, en l’inflammant, l’ulcérant et pouvant conduire au percement de celui-ci. La contagion est réputée surtout se propager lors du rut automnal et en été (où les insectes vecteurs se posent sur les yeux gonflés et purulents des animaux malades. Les animaux se déplacent avec peine ; les aveugles se laissent approcher de près, et parfois tombent des rochers. Jusqu’à 95% des individus peuvent être affectés, mais le taux de mortalité ne dépasse pas 20%, ce qui n’empêche pas qu’il faille plus de 10 ans pour que la population retrouve son effectif initial.
Une variante très contagieuse et virulente de kératoconjonctivite affecte les chamois du Sud de la France et d’une vallée Suisse (depuis août 2007 dans le Mercantour où aucun cas n'avait été observé depuis 1920). Des scientifiques ont observé des animaux ayant développé une seconde infection alors qu'ils devraient être immunisés suite à la première, ce qui laisse envisager que l’agent infectieux responsable de cette kératoconjonctivite ait pu muter, ce qui est d'autant plus plausible que cette épizootie pourrait venir d’un troupeau ovin mal soigné dans le Viso italien.
L’aigle royal est l’un des plus grands prédateurs du chamois. Il attaque rarement les adultes, lesquels savent se défendre avec leur cornes, mais s’ils se trouvent en position délicate, il n’hésite pas à le précipiter dans le vide. Les handicapés, les blessés ou ceux en mauvaise santé sont plus fréquemment attaqués, tandis que les nouveau-nés sont des proies de luxe. L’aigle n’hésite pas à s’y attaquer, même si le petit cabri a un poids à la limite de sa capacité de transport (3 à 6 kilogrammes), ce qui peut le contraindre à se poser et à peut-être laisser échapper sa proie. Beaucoup d’attaques se soldent par des échecs, et donc l’impact de ce prédateur sur les populations est mal connu.
Le renard peut également poser problème aux chamois affaiblis, malades, ou aux nouveau-nés. Les chamois en bonne santé ne sont que peu inquiétés par cet animal, et peuvent même le chasser s’il s’approche trop près.
L’ours brun, dans les régions qu’il habite encore, est un grand chasseur de chamois. Cependant, du fait de sa quasi-disparition, il ne menace que rarement des chamois en Europe de l'ouest.
Compte tenu de sa densité, le chamois est la proie principale du loup dans les Alpes françaises particulièrement en hiver jusqu'au début du printemps. Cependant le pourcentage de prélèvement n'excède pas en moyenne 2%. Contrairement aux idées reçues le chamois échappe le plus souvent aux attaques du prédateur surtout s'il est en possession de tous ses moyens. Avec le bouquetin et à part les plus jeunes, les malades ou les plus vieux, c'est l'ongulé de montagne le moins sensible à la prédation du loup.
Grâce à ses capacités de chasseur et à sa vitesse il peut s’attaquer à des chamois de tous âges et toutes tailles. Cet animal avait presque disparu au cours du siècle dernier, mais il est actuellement réintroduit en Suisse et recolonise naturellement les Alpes françaises.
Le gypaète barbu récemment réintroduit dans les Alpes peut exceptionnellement avoir le même comportement que l'aigle royal. Les corvidés, tels que le grand corbeau surtout, peuvent harceler à l’occasion des animaux déjà malades et mourants, espérant accélérer leur chute et leur trépas.
La chasse abusive a conduit au bord de l’extinction plusieurs espèces des Alpes, telles l’ours, le lynx, le loup ou le bouquetin. Le chamois était également très menacé : les densités de populations étaient au plus bas jusque dans les années 1960, et l'étendue de son territoire bien moindre qu’aujourd’hui. Le record mondial de chasse est détenu par le prince Auguste de Saxe-Cobourg (Autriche), qui en abattit 3412 à lui seul. Le braconnage incontrôlé des populations rurales faisait des ravages dans les populations. Aujourd'hui, grâce au dépeuplement des zones rurales, à la recolonisation forestière, à la création de réserves de chasse, de réserves naturelles et surtout de vastes parcs nationaux ainsi qu'à la mise en place de plans de chasse, l’homme gère mieux les prélèvements ; ainsi le chamois prospère de nouveau et s’étend sur de nouveaux territoires quelques fois grâce à des translocations de populations.
Les chutes de pierres dans les couloirs peuvent blesser ou tuer le chamois malchanceux. Il est à noter qu’une patte brisée ne signifie pas forcément la mort, car l’animal peut se montrer parfaitement capable de suivre la harde. Il peut également être blessé en chutant, en recevant un balle mal ajustée, au cours d’un combat, ou en entrant en collision avec des véhicules. Les malformations et intoxications peuvent également survenir, entraînant parfois la mort.
Les chamois se déplacent par bonds, les plus vifs d'entre eux peuvent prendre la fuite à une vitesse maximum de 40 km/h.