De nombreux utilisateurs ont rapidement décrit les modifications matérielles qui peuvent être apportées à l'Eee PC, à commencer par le simple remplacement de la barrette de RAM fournie, de la carte Wi-Fi, l'ajout de mémoire flash, de bluetooth, de récepteur GPS interne, jusqu'à superposer un écran tactile à l'écran fourni.
Une clé USB, une carte SDHC, un disque dur externe, un lecteur/graveur externe de CD/DVD sur USB ou autre baladeur numérique (iPod compris) sont immédiatement reconnus par le système. Il suffit de les brancher. L'ajout d'une carte mémoire flash est probablement la manière la plus astucieuse d'obtenir un espace de stockage suffisant en interne, éventuellement bootable si besoin.
Le silence de fonctionnement et la rapidité de la séquence d'amorçage de cette petite machine suscite des attentes de performances similaires dans les domaine des PC domestiques fixes. Le constructeur annonce donc une Eee Box fixe fonctionnant selon le même principe.
Cette approche sera en concurrence avec une autre du moment, très différente : les BIOS expressgate permettant directement d'accéder Internet dès la mise sous tension, sans avoir à amorcer le système d'exploitation.
Le premier Eee PC (700/701) était fourni uniquement avec une distribution GNU/Linux fondée sur Xandros et modifiée par ASUS pour être plus accessible aux néophytes. Muni par défaut de la suite logicielle OpenOffice.org, du navigateur Firefox, du logiciel de téléphonie Skype, du lecteur audio Amarok, du lecteur de vidéos SMPlayer et d'un système de connexion sans-fil Wi-Fi, il est principalement destiné, par son concepteur, à la bureautique légère et à l'accès à Internet en situation de mobilité.
Réagissant au succès inédit rencontré par cet ordinateur sous Linux, Microsoft décida de créer une nouvelle licence de Windows XP, dite ULCPC, adaptée aux netbooks et vendue à coût réduit (licence OEM), et d'en assurer le support jusqu'en juin 2010 (contre juin 2008 initialement).
En conséquence, les modèles ultérieurs au 700/701 sont proposés en deux versions, l'une avec Linux Xandros et l'autre avec Windows XP. Les deux versions des Eee PC 900 et 901 sont, au même prix conseillé par le fabricant :
Des distributions GNU/Linux spécifiquement faites pour l'Eee PC ont vu le jour, s'adaptant à la résolution de l'écran et aux spécificités du matériel. Voici quelques exemples :
Il existe également un document expliquant l'installation d'un système FreeBSD sur un Eee PC. Enfin, il est techniquement possible d'installer sans trop de difficultés Mac OS X sur l'Eee PC, mais cela violerait la licence de Mac OS X : Apple n'autorise son installation que sur les ordinateurs de sa marque. Mac OS X n'ayant pas été conçu pour tourner sur l'Eee PC, l'utilisation de ce système d'exploitation serait limitée (machine légèrement lente, matériel non entièrement supporté par OS X (pas de Webcam ni de touche spéciale)).