La médecine hippocratique était humble et palliative. L'approche thérapeutique était fondée sur le pouvoir guérisseur de la nature (vis medicatrix naturae en latin). Selon cette doctrine, le corps contient en lui-même le pouvoir de rééquilibrer les quatre humeurs et de se guérir lui-même (physis). La thérapeutique hippocratique se donnait simplement pour but d'aider ce processus naturel. À cette fin, Hippocrate croyait que le "repos et l'immobilisation" étaient d'une importance capitale. En règle générale, la médecine hippocratique était très respectueuse du patient, le traitement était doux, et visait surtout à garder le patient propre pour prévenir toute infection. Par exemple, seuls l'eau propre ou le vin étaient utilisés sur les plaies, bien qu’un traitement sec soit préférable. Des baumes apaisants étaient parfois utilisés.
Hippocrate hésitait à administrer des médicaments et à s'engager dans un traitement spécifique qui pourrait s'avérer mal choisi. Un diagnostic incertain était suivi d’un traitement polyvalent. De puissants médicaments ont toutefois été utilisés en certaines occasions. Cette approche attentiste a rencontré un grand succès dans le traitement des affections relativement simples telles que les fractures qui nécessitaient une traction pour provoquer une élongation du membre brisé et soulager ainsi la pression sur la zone de fracture. Le banc d'Hippocrate et d'autres dispositifs ont été utilisés à cette fin.
Un des points forts de la médecine hippocratique était l'accent mis sur le pronostic. À l'époque d’Hippocrate, les traitements médicamenteux étaient encore primitifs et, souvent, la meilleure chose que les médecins pouvaient faire était d'évaluer la gravité de la maladie et d'estimer comment elle était susceptible d’évoluer sur la base des données recueillies par l’observation détaillée de cas semblables.
Hippocrate est reconnu comme le premier médecin à avoir rejeté les superstitions et les croyances qui attribuaient la cause des maladies à des forces surnaturelles ou divines. Ainsi, l'auteur de Sur la maladie sacrée entreprend de montrer que l'épilepsie, appelée alors « maladie sacrée », n'est pas « plus divine ou plus sacrée que n'importe quelle autre maladie.» Sa preuve est simple : la maladie ne s'en prend qu'aux « flegmatiques » (voir : théorie des humeurs) or, si la maladie était véritablement une visitation divine, tous devraient pouvoir en être atteints. « Toutes les maladies sont divines et toutes sont humaines », conclut l'auteur. Les disciples de Pythagore ont porté au crédit d’Hippocrate le mérite d’avoir réuni la philosophie et la médecine. Il a séparé la médecine en tant que discipline de la religion en croyant et en faisant valoir que la maladie n'était pas une punition infligée par les dieux, mais plutôt la conséquence de facteurs environnementaux, de l'alimentation et des habitudes de vie. De fait, on ne trouve pas mention d'une seule maladie mystique dans la totalité du corpus hippocratique. Cependant, Hippocrate a travaillé sur la foi de nombreux principes basés sur des conceptions qui sont maintenant reconnues comme étant erronées en anatomie et en physiologie comme la théorie des humeurs.
Les écoles de médecine de la Grèce ancienne (l’école de Cnide et celle de Cos) se sont opposées sur la façon de traiter les maladies. L’école de médecine de Cnide avait principalement axé sa pratique sur le diagnostic, mais elle était tributaire de nombreuses hypothèses erronées sur le fonctionnement du corps : la médecine grecque à l'époque d'Hippocrate ignorait pratiquement tout de l'anatomie et de la physiologie humaine en raison du tabou grec qui interdisait la dissection du corps humain. L'école de Cnide, par conséquent, ne parvenait pas à identifier une affection donnée comme étant une seule et unique maladie lorsqu’elle pouvait se manifester par différents types de symptômes.
L'école hippocratique de Cos a obtenu de meilleurs résultats en se contentant de diagnostics généraux et de traitements symptomatiques ou palliatifs, selon les points de vue. L’accent était mis sur les soins aux patients et le pronostic de la maladie et non plus sur son diagnostic. Elle parvint à traiter efficacement les maladies et cela a permis un grand développement de la pratique clinique.
La médecine hippocratique et sa philosophie sont très éloignées des orientations de la médecine moderne. De nos jours le médecin se concentre sur un diagnostic précis et un traitement spécialement adapté en conséquence, deux principes qui avaient déjà été préconisés par l’école de Cnide. Ces changements dans la pensée médicale depuis l’époque d’Hippocrate ont suscité des critiques pertinentes au cours des deux derniers millénaires, le traitement palliatif d’Hippocrate faisant l'objet de controverses particulièrement virulentes. Par exemple en 1869 un médecin français, MS Houdart, qualifiait la méthode thérapeutique d'Hippocrate de « méditation sur la mort ».
L'école hippocratique a été influencée par la théorie des quatre éléments qui postule que toute matière est constituée d’un mélange de quatre éléments primordiaux l'Eau, la Terre, l'Air, le Feu. En reprenant une vieille conception grecque qui établissait une correspondance entre le microcosme et le macrocosme, le corps humain étant le reflet en miniature de l'univers, Hippocrate professait que le corps humain était constitué de quatre humeurs qui sont la transposition organique de chacun des éléments fondamentaux. Selon cette conception, connue sous le nom de Théorie des humeurs les maladies étaient la conséquence d'un déséquilibre interne de l’organisme entre les quatre humeurs, des fluides qui sont naturellement en proportion égale lorsque l’état de santé est bon (pepsis). Selon cette école de pensée, lorsque les quatre humeurs, le sang, la lymphe (ou phlegme), la bile jaune et l'atrabile (ou bile noire) ne sont pas en état d’équilibre (dyscrasie qui signifie «mauvais mélange») une personne devient malade et le reste jusqu'à ce que l'équilibre ait été quelque peu rétabli. Trop de flegme dans le corps, par exemple, provoquait des troubles pulmonaires et l'organisme tentait de tousser et de cracher le phlegme pour rétablir l’équilibre. La méthode thérapeutique d’Hippocrate avait pour but de rétablir cet équilibre. Par exemple en utilisant le citron dont on pensait qu’il était bénéfique lorsque le flegme (la lymphe) était surabondant, ou encore en recommandant la saignée ou bien les sangsues pour éliminer le sang en excès, localement ou dans tout l’organisme.
Selon ce modèle, "le corps humain est composé de 4 humeurs dont le juste tempérament est la condition de la santé", la maladie est alors considérée comme évoluant en 3 phases: - la dégénérescence des humeurs - la coction (réaction par la fièvre) - la crise (évacuation de l'humeur en excès).
Un autre concept important dans la médecine hippocratique était celui de crise, un moment précis dans la progression de la maladie où tout peut basculer : soit la maladie commence à triompher, et le patient va succomber, soit à l'inverse les processus naturels de guérison se mettent en œuvre et permettent au malade de se rétablir. Après une crise, une rechute peut survenir, suivie d'une autre crise décisive. Selon cette doctrine, les crises auraient tendance à survenir au moment de jours critiques qui étaient censés revenir à date fixe après le début de la maladie. Si une crise survient au cours d'une journée éloignée d'un jour critique, une rechute est à craindre. Galien estime que cette idée est née avec Hippocrate, mais il est possible qu'elle soit antérieure.