Les polémiques d'ordre médical à propos des vaccins contre la grippe pandémique de 2009 concernent les effets de la souche vaccinale (risque de syndrome de Guillain-Barré), des adjuvants (les effets du squalène), du conservateur (les effets du Thiomersal, contenant du mercure) voire des conditions de production (rapidité et caractère encore expérimental de la culture cellulaire). Tous ces sujets donnent lieu, notamment en France, à des interprétations plus ou moins divergentes entre les autorités sanitaires et divers éléments de la société civile (une partie du corps médical, des syndicats, des responsables politiques, etc.).
Une note du 19 novembre 2009 de l'OMS conclut néanmoins que « Bien qu'une surveillance intense de la sécurité du vaccin est maintenue, toutes les données traitées à ce jour indiquent que le vaccin pandémique atteint l'excellent niveau de sécurité du vaccin de la grippe saisonnière, qui est utilisé depuis plus de 60 ans. »
Les critiques du vaccin avancent les éléments suivants concernant le squalène :
Les défenseurs du vaccin, comme l'OMS répondent par les points suivants :
Plus précisément, les trois formules d'adjuvants contenant du squalène utilisés dans les vaccins contre la grippe A(H1N1) de 2009 sont :
Le Thiomersal est un additif conservateur à base de mercure pour les vaccins en flacons multidoses, utilisé contre le risque de contamination microbienne. Inventé en 1929, il fut très largement utilisé dans le monde médical, jusqu'à ce que la prise en compte des risques liés à la présence de mercure conduisent à conseiller son retrait (1999 aux USA, 2000 en France, mais pas partout dans le monde et pas systématiquement).
Il est réintroduit pour les besoins de la vaccination de masse dans les vaccins présentés en facons multidoses contre la grippe pandémique de 2009. Les laboratoires producteurs de ces vaccins répondent aux critiques en affirmant qu'il est présent à très faible dose.
Un risque lié à la vaccination anti-grippale est la survenue du syndrome de Guillain-Barré. Ce risque n'est pas lié à un adjuvant, mais à l'inoculation de la souche grippale elle-même. En 2009, le ministre français de la Santé exlique ainsi : « L’association entre la vaccination antigrippale et la survenue d’un Syndrome de Guillain-Barré a été évoquée pour la première fois en 1976 aux États-Unis, lors de la campagne de vaccination contre le virus A/New Jersey /H1N1. Il s’agissait d’un vaccin à virus entier et sans adjuvant ».
L'OMS explique également que « Des études laissent à penser que la vaccination régulière contre la grippe saisonnière pourrait être associée à une augmentation du risque de syndrome de Guillain-Barré de l'ordre d'un à deux cas par million de personnes vaccinées. Pendant la campagne de vaccination antigrippale de 1976, ce risque a augmenté pour atteindre environ dix cas par million de personnes vaccinées, ce qui a conduit à un retrait du vaccin »..
Cependant, le récent rapport de l'OMS du 19 novembre 2009 constate : « À ce jour, moins de dix cas suspectés de syndrome de Guillain Barré ont été rapportés chez des personnes ayant reçu le vaccin. Cette valeur correspond à la fréquence normale de cette maladie d'après une étude récente ».
Ce syndrome apparaît notamment chez des malades de la grippe (4 à 7 cas pour 100 000 grippés, selon la communauté médicale en 2009) et plus rarement chez des personnes vaccinées contre la grippe (1 cas pour un million de vaccinés selon la communauté médicale en 2009).
Le ministère français de la Santé juge donc en 2009 que « Le rapprochement entre l’ensemble de ces données suggère que le risque avéré de syndrome de Guillain-Barré découlant de la grippe est très supérieur au risque incertain de survenue d’un tel syndrome du fait de la vaccination ».
Dans la grande majorité des cas, le syndrome de Guillain-Barré régresse au bout de quelques jours, mais en moyenne 5 % des patients atteints décèdent et environ 10 % conservent des séquelles motrices.
Les critiques du vaccin contre la grippe A H1N1 de 2009 soulignent qu'une vaccination massive contre cette grippe augmenterait le nombre de cas de SGB.
Les défenseurs du vaccin répondent par les éléments suivants :
Certaines critiques concernent la rapidité de production du vaccin et la brièveté de la phase de tests cliniques.
Plus particulièrement, des questions se posent concernant la fabrication de certains vaccins (celui de Baxter), à partir de techniques nouvelles, non pas à partir d'œufs, mais de reproduction sur lignées cellulaires. Le quotidien français Le Figaro écrit en septembre 2001 : « Pour gagner du temps, l'américain Baxter a choisi de ne pas utiliser la classique culture sur œufs embryonnés et d'opter pour des cultures de cellules Vero, provenant de singes. « C'est une technologie nouvelle, qui est encore en cours de tests cliniques, mais elle n'inspire pas de crainte particulière », assure le Dr Martin (OMS Europe, NB). »
La présence d'une des souches de grippe A H1N1 dans le vaccin de la grippe saisonnière (la souche A/Brisbane/59/2007 (H1N1) pour le vaccin de 2009-2010 décidé par l'OMS en février 2009, avant l'apparition de la pandémie) a conduit à s'interroger sur l'effet du vaccin de la grippe saisonnière contre la grippe pandémique de 2009.
La grippe pandémique de 2009 est constituée d'une autre souche (A/California/07/2009 (H1N1)), différente des souches saisonnières. Le vaccin contre la grippe saisonnière ne remplace donc en aucun cas le vaccin contre la pandémie. Cependant, pour certaines catégories de la population, le vaccin de la grippe saisonnière peut réduire partiellement le risque d'infection par la grippe pandémique.
Certains arguments d'opposition au plan massif de vaccination contre la grippe A H1N1 de 2009 relèvent du domaine politique, économique et social. Certains accusent l'État de mener un test vaccinal à grande échelle sur la population. En revanche, en juillet 2009, le Mercosur élargi (Argentine, Brésil, Paraguay, Uruguay, Vénézuela, Bolivie et Chili) a adopté une déclaration réclamant la suspension des brevets afin de pouvoir produire les vaccins contre la grippe H1N1, considérant avoir les capacités logistiques pour le produire contrairement aux laboratoires détenteurs des brevets, et exigeant l'adoption des mesures (plus ou moins) prévues par l'ADPIC afin de « flexibiliser » les règles sur les brevets en cas de pandémie.
Le directeur de la revue médicale allemande Arznei-Telegramm, Wolfgang Becker-Brüser, accuse la campagne de vaccination massive d'être une « expérimentation grandeur nature sur la population ».
Selon le quotidien suisse 24 heures, le vaccin distribué aux dirigeants allemands proviendra de stock dépourvus d'adjuvants (vaccin Celvapan produit par le groupe Baxter). Les citoyens ordinaires recevront quant à eux le vaccin Pandemrix de la société GlaxoSmithKline (GSK). L'auteur de l'article termine en précisant que : « Nombre de médecins étaient déjà très réticents à l’égard d’une campagne de vaccination, « dont l’utilité reste à prouver ». Face à l’avalanche de critiques, le ministre de l’Intérieur, Wolfgang Schäuble, assurait hier que l’accusation de « médecine à deux vitesses » n’avait aucun sens. Angela Merkel s’en remettrait, elle, à son médecin, qui devrait lui délivrer un vaccin commun, et non le « vaccin de la chancelière », comme certains mauvais esprits ont déjà baptisé le Celvapan. »
La possibilité alléguée d'une importante toxicité des vaccins de par leurs adjuvants ainsi que la concomitance d'autres incidents survenus en début et milieu d'année 2009 (contamination vaccinale mise en évidence par inoculation s'avérant létale chez les furets en République tchèque, décès de SDF vaccinés en Pologne en 2008 par les mêmes produits expérimentaux contenant alors le virus H5N1 (grippe dite « aviaire ») concernant les vaccins Baxter de la grippe saisonnière et H1N1 a amené plusieurs personnes à porter plainte auprès de diverses autorités et dans plusieurs pays.
La première en France fut déposée à Nice le 23 septembre 2009 auprès du procureur de la République Éric de Montgolfier par Mirella Carbonatto (association SOS Justice et Droits de l'Homme). Ceci faisait suite à deux plaintes déposées en avril 2009 auprès du FBI puis le 10 juin 2009 en Autriche et aux États-Unis par la journaliste Jane Burgermeister qui craint une malveillance intentionnelle et avait mis en exergue la contamination d'un important lot de matériel vaccinal (souche H3N2) par le virus grippal H5N1 que dut retirer le laboratoire Baxter qui l'avait fabriqué en Autriche. Une seconde plainte contre X pour « tentative d'empoisonnement de la population » a été déposée en Isère le 23 octobre à Grenoble. Un collectif français des déposants de plaintes dans le cadre de la vaccination de la grippe A H1N1 serait dès lors en création à travers le territoire selon Le Nouvel Observateur et l'AFP qui en ont fait conjointement écho les premiers.
Roselyne Bachelot est assignée en référé le 4 janvier 2010 par le médecin Marc Vercoutère et Christian Cotten au Tribunal de grande instance de Paris. C'est sa première assignation alors que d'autres sont programmées dans plusieurs villes françaises et sur plusieurs années. À la sortie du tribunal, l'accusation déclare avec soulagement être sur le point de réussir sa mise en examen de la ministre de la Santé et avoir été très écoutée du juge alors que la défense de la ministre aurait semblé embarrassée dans ses réponses et ses postures. La veille de l'audience, la ministre avait annoncé que très peu de pays étaient finalement intéressés pour acheter les vaccins, au contraire de ce qu'elle avait précédemment déclaré, notamment le 10 novembre 2009 à l'Assemblée nationale et déclare qu'elle doit annuler l'achat de ceux qui n'ont pas encore été livrés, c'est-à-dire 50 millions de doses qui sont en large surplus depuis que la vaccination est considérée comme suffisante à dose unique et qui ne trouvent aucun acquéreur. Moins de 8 % des Français (environ 5 millions) se sont fait vacciner à la mi-janvier 2010, ce qui laisse encore près de 40 millions de doses toujours en surplus.
Le 6 janvier 2010, Le Canard enchaîné dévoile que la ministre, dans un courrier officiel de son ministère à deux laboratoires, aurait indiqué : « Nous sommes à votre disposition pour envisager avec vous les conséquences de cette modification du marché. ». La commission des Affaires sociales du Sénat a entendu la ministre le 13 janvier 2009 en audition publique et a demandé à la Cour des comptes de mener une enquête sur l'usage des fonds destinés à la lutte contre le H1N1.
Les critiques du plan de vaccination soulignent le déploiement massif des vaccins par le gouvernement sans prendre en considération les critiques des professionnels.
Aux Pays-Bas, le Dr Albert Osterhaus, surnommé « Dr Flu » (« Dr Grippe »), principal conseiller de l'OMS concernant le risque de pandémie grippale, est mis en accusation lors d'un débat parlementaire pour ses liens avec les laboratoires pharmaceutiques produisant les vaccins et les traitements anti-grippaux. Le ministère néerlandais de la Santé affirme de son côté le 30 septembre 2009 que ces liens étaient connus.
En France, le coût du plan de vaccination mis en place par la ministre de la Santé Roselyne Bachelot est estimé à un montant de 1,5 milliard d'euros en octobre 2009, dont 800 millions d'euros pour la fourniture des vaccins auprès des laboratoire GSK, Sanofi-Pasteur, Novartis et Baxter. La majeure partie doit être prise en charge par le budget de la Sécurité sociale, cependant une participation de 230 à 280 millions d'euros, fixée légalement, sera demandée aux mutuelles complémentaires. Celles-ci annoncent pour 2010 une augmentation de leurs cotisations de 1 % directement due au financement des vaccins H1N1, et de 4 % à 7 % en tenant compte de la prise en charge de dépenses dans d'autres domaines, jugés non prioritaires par l'État, et qui ne seront plus en charge par la Sécurité sociale.
À partir de novembre 2009, les autorités françaises essaient de revendre une partie des 27 millions de doses déjà livrées à des pays non pourvus. Les premiers acheteurs sont le Qatar (300 000 doses) et l'Égypte (2 millions de doses), la France étant par ailleurs en compétition avec l'Allemagne et les Pays-Bas pour la fourniture de vaccins à l'Ukraine qui finira par les refuser et qui ne s'entendra qu'avec la Russie pour en produire par eux-mêmes de manière à contrôler intégralement leur composition et réduire leur toxicité. Le député socialiste Jean-Marie Le Guen fustige « une politique gouvernementale hyperactive et anxiogène ».
En janvier 2010, le coût global de la campagne de vaccination en France est estimé à 2,2 milliards d'euros (vaccins et antivirus, communications renforcées, charges des salles réquisitionnées, coût du personnel...) alors que seulement 8 % des Français se sont fait vacciner.
Le 4 janvier 2010, Roselyne Bachelot annonce la résiliation de la commande de 50 millions de vaccins, sur les 94 millions de doses commandées.
Fin janvier 2010, tous les centres de vaccination sont fermés « alors que des millions de Français continuent de recevoir leur bon de vaccination, avec l'adresse d'un centre » comme le souligne Le Canard enchaîné.
Après le passage de la « première vague » de contagion sur l'ensemble de la France, l'INVS estime que le nombre de personnes déjà infectées en France métropolitaine au 13 décembre 2009 pourrait être compris entre 8 et 14,8 millions, soit entre 12 % et 23 % de la population. À cette même date, 3,3 millions de personnes ont été vaccinées (depuis le 12 novembre 2009, date d'ouverture au public des centres de vaccination), soit 5 % de la population en un mois.
À ce rythme, le seuil de 50 % de personnes vaccinées pourrait être atteint en été ou automne 2010, avec une proportion importante de personnes déjà immunisées par contact ou contraction de la maladie. Certaines autorités médicales comme le GROG (Groupement régional d'observation de la grippe) incitent désormais la population à se faire vacciner en prévision d'un deuxième pic qui aurait lieu « au printemps 2010 ou à l'automne prochain. Il est impossible de le prévoir aujourd'hui, mais il y aura vraisemblablement une autre vague épidémique. » Selon ces critères, elle devrait pourtant s'avérer bien moins importante que la première, la majeure partie des individus étant immunisée, plus par contact bénin avec la maladie que par le vaccin lui-même.