L'agriculture intensive est mise au banc des accusés dans la raréfaction d'Arnica montana. En effet, le surpâturage, l'azote, la potasse, les éléments alcalinisants (chaulage, excréments ovins), les sur-semis et les labours sont autant d'éléments fatals pour l'arnica. Selon l'IUCN, dans de telles conditions, « la plante ne revient pas à l’ancien habitat pendant des décennies ».
Arnica montana devient de plus en plus rare du fait du changement de type de bétail sur les prairies agricoles. Lorsque l'on remplace le pâturage des bovins par celui des ovins, elle disparaît totalement en un ou deux ans. Les excréments alcalinisants des moutons sont fatals à cette plante acidophile. Ce fut en particulier spectaculaire sur les Hautes-Chaumes du Haut-Forez (Rhône-Alpes, Auvergne) où l'introduction du mouton à fait disparaître les grandes stations d'Arnica montana en deux ans.
La fertilisation des sols par l'agriculture intensive met également en danger les populations sauvages d'Arnica. Dans les Alpes suisses, une expérience de fertilisation de pelouses du Geo montani-Nardetum, un des biotopes privilégiés de Arnica montana subsp montana, fut pratiquée en 1930 par le Dr. W Lüdi et poursuivie jusqu'en 1990 par des équipes de scientifiques de l'université de Berne. Le protocole prévoyait différents itinéraires de fertilisation, combinant des apports d'azote, de phosphore, de potassium, de calcium et de fumier, avec suivi des effets et de leur persistance sur la composition floristique et sur les caractéristiques pédologiques des micro-parcelles. Les conclusions de cette expérimentation menée sur le long terme montrent d'une part un développement rapide de Festuca rubra, Phleum alpinum et plus généralement des espèces à large spectre sous l'effet des apports de phosphore, de calcium et de fumier, ces évolutions floristiques s'accompagnant d'une élévation significative du pH et de la richesse minérale du sol. D'autre part, elle démontre une régression rapide de Nardus stricta, Arnica montana, Geum montanum et de la plupart des espèces acidophiles.
Quant à la sous-espèce atlantica, son biotope est également sous menace de destruction du fait du changement des conditions écologiques. En effet, l'amélioration culturale des prairies marécageuses a provoqué la raréfaction de l'espèce.
L'agriculture extensive, au contraire, favorise le développement d’Arnica montana. L'exemple du Markstein, dans les Ballons des Vosges semble être assez probant. En effet, une étude scientifique agro-environnementale a été menée en partenariat avec le Parc naturel régional des Ballons des Vosges par l'université de Metz (Laboratoire de Phytoécologie du professeur Serge Muller) sur une parcelle communale en friche de 14 ha, pendant trois ans de 1998 à 2001. Partant de l'arnica en tant que principal bio-indicateur de l'état de ces hauts-pâturages, l'étude à permis d'établir quelles mesures prendre pour en préserver l'écosystème et la biodiversité. Ainsi, l'introduction d'un petit cheptel de bovins, le renoncement à tout engrais sur la parcelle, ainsi que la taille des buissons envahissants, auront permis d'y obtenir une augmentation notable des populations d’Arnica montana. Refus des bovins, l'Arnica a pu se développer au détriment des plantes fourragères. Un pacage extensif effectué le plus tôt possible dans la saison semble donc positif. D'autres préconisent également une fauche tardive. Pour un résultat optimal, l'Office fédéral de l'environnement de Berne (Suisse) conseille une fauche tous les 3 ans sur la moitié voire le quart de la parcelle, l'exploitation de ces prairies devant se dérouler du 1er Juillet à 800 m d'altitude jusqu'au 31 à 1600 m. L'agriculture extensive est donc propice à l'arnica : il faut un minimum d'interventions humaines (coupe de bois, fauche) ou de présence animale afin de maintenir le biotope des prairies naturelles. Un terrain laissé à l'abandon évoluerait vers la lande à callune ou à myrtille, puis vers la forêt. Quoique potentiellement présentes dans ces biotopes, les populations d'Arnica montana n'en seraient pas moins largement amoindries.
Les risques associés à la cueillette sauvage en général incluent la surexploitation des plantes endémiques (les espèces ayant des distributions géographiques très restreintes sont vulnérables au risque d'extinction), la perte de diversité génétique par régression ou élimination de populations locales porteuses de caractéristiques génétiques uniques et la destruction inutile de plantes provoquée par des pratiques de récolte négligentes.
Le Laboratoire de Phytoécologie de Metz a démontré, au travers de relevés précis et réguliers sur le site du Markstein, que le fait de cueillir l'Arnica de façon adéquate et contrôlée ne menace pas l'espèce de disparition. En effet, extraire Arnicae planta tota signifie détacher le plant de son rhizome (la partie racinaire se rattachant au rhizome étant prélevée). Cette méthode stimule les bourgeons dormants situés dans les rhizomes restants ; ils continuent alors de croître pour produire l'année suivante un autre plant. On évite ainsi des pertes et des troubles sévères à l'habitat. De plus, lorsque les cueilleurs coupent le capitule, ils suppriment l'hormone inhibitrice des bourgeons floraux axillaires et stimulent leur floraison. Une cueillette modérée n'est donc pas néfaste à Arnica montana.
Néanmoins, devant la raréfaction des stations sauvages existantes et dont l'exploitation est légalement autorisée, la cueillette tend à se concentrer sur quelques sites. Face à une surexploitation avérée ou envisageable de ces stations sauvages, il est nécessaire de prendre des mesures adéquates pour pouvoir continuer à exploiter les ressources restantes en Arnica à moyen et à long termes. Dans le cas contraire, une cueillette abusive serait néfaste tant du point de vue de l'écologie que de la médecine et de l'économie.
La communauté européenne considère Arnica montana comme « une espèce végétale d'intérêt communautaire dont le prélèvement dans la nature et l'exploitation est susceptible de faire l'objet de mesures de gestion ». Tout type de prélèvement peut être réglementé : plantes fraîches ou séchées, y compris, le cas échéant, feuilles, rhizomes, tiges, graines, et fruits. Dans ce cadre, Arnica montana est une espèce des prairies de fauche de l'annexe V de la Directive habitats 92/43/CEE.
En Europe, Arnica montana est inscrite sur la liste des plantes protégées de certains pays. Elle est considérée « indéterminée » à Kaliningrad et en Ukraine ; « rare » en République tchèque et « vulnérable » en Bosnie-Herzégovine, en Lituanie, en Pologne, aux Pays-Bas, en Finlande, en Suède et au Portugal.
En Hongrie : Arnica montana est considérée comme « menacée » et est l'une des rares espèces dont la collecte est interdite (1982.III.15.KTM décret et ses amendements).
En Roumanie : elle est considérée comme « vulnérable » et depuis 1996, un permis pour la collecte Arnica montana capitules est nécessaire en Roumanie.
En Allemagne : elle est considérée « menacée », à ce titre, elle figure dans le décret fédéral de protection des espèces sauvages (Bundesnaturschutzgesetz) en appendice 1. Sa cueillette en est donc fortement contrôlée et nécessite, à titre exceptionnel, une autorisation fédérale. Elle est interdite pour des fins lucratives.
En Suisse, Arnica montana est inscrite en liste rouge sous protection régionale dans les cantons du Jura et sur le Plateau où elle est considérée comme espèce « en danger ». Dans le Canton de Berne, la cueillette de cette plante à des fins lucratives requiert une autorisation de l’Inspection de la protection de la nature.
En Italie, la protection des végétaux médicinaux et aromatiques et de leurs habitats naturels est soumise au Décret Royal (R.D) No. 772 de 1932. Il y est inscrit que la quantité maximum d'Arnica montana permise à la récolte sauvage est de 5 kg frais (capitules et racines) par personne et par an.
En Espagne, il n’existe pas de législation qui interdise et contrôle la récolte d'Arnica montana dans tout le territoire, excepté dans les zones faisant partie d’un Parc national ou d’une Réserve naturelle intégrale. Cependant, cette espèce étant incluse dans l’annexe V de la Directive Habitats, cette directive a été transposée en Espagne dans le RD 1997/1995 et dans l’annexe D du Règlement CE 338/97. Dans ce cadre, en Catalogne, il est nécessaire d'avoir l'accord du Département de l’environnement et de l’habitat (DMAH) afin de pouvoir en tirer profit.
En France, les deux sous-espèces montana et atlantica sont soumises à réglementation municipale (Vosges), préfectorale (Cher, Loiret, Alpes-de-Haute-Provence et Lot), départementale (Cher, Loiret et Isère) et régionale (Centre, Bourgogne et Aquitaine). « Dans ces territoires, sont interdits, en tout temps, la destruction, la coupe, la mutilation, l'arrachage, la cueillette ou l'enlèvement, le colportage, l'utilisation, la mise en vente, la vente ou l'achat de tout ou partie des spécimens sauvages. Toutefois, les interdictions de destruction, de coupe, de mutilation et d'arrachage ne sont pas applicables aux opérations d'exploitation courante des fonds ruraux sur les parcelles habituellement cultivées. » Arnica montana est également protégée dans le cadre de la convention alpine et de certains Parc nationaux.
Ces taxons sont à protéger en plaine.