Après une longue période de travaux, le Terminal 1 rouvre le 20 février 2007. Il servait jusqu'alors aux vols internationaux; cette fonction a été transférée au Terminal 3. Les travaux, d'un coût de 14,5 millions de sheqel ont duré un an et demi, ils ont été achevés à temps. En 2006, plus de 400 000 passagers sont passés par ce terminal, la grande majorité pour aller à Eilat.
Terminal 2
Le Terminal 2 a été inauguré en 1969 lorsque la compagnie privée israélienne Arkia reprend les vols à destination de cet aéroport, à la suite de la guerre des Six Jours. Jusqu'au 20 Février 2007, ce terminal servait aux vols nationaux. La direction pensait le démolir pour agrandir les zones de fret, puis elle a décidé de le reconvertir en terminal pour les vols à bas coût (low cost).
Terminal 3
Terminal 3
Le Terminal 3 sert pour les vols internationaux.
Il a ouvert le 28 octobre 2004, sous le nom de « Natbag 2000 »; devenant ainsi la principale porte d'entrée et de sortie pour Israël. Le bâtiment a été dessiné principalement par Black & Veatch Corporation, Skidmore, Owings and Merrill et par Moshe Safdie. Le vol inaugural fut un vol à destination de l'aéroport John-F.-Kennedy de New York.
Le terminal est conçu pour recevoir plus de 10 millions de passagers par an. Aucun nouvel agrandissement de l'aéroport est prévu, à cause de la proximité de l'agglomération de Tel-Aviv (la plus grande ville d'Israël). Si le trafic continue de croître, un autre aéroport sera construit. Le nouveau terminal mesure plus de 100 000 mètres carrés, dispose de 133 postes de contrôle, 40 escaliers roulants, 55 ascenseurs. Les bus transportant les passagers de l'avion au terminal ont été remplacés par 24 ponts.
Terminal 4
Ce terminal, construit en 1999, était prévu pour accueillir le surplus de passagers en 2000, mais n'a jamais été inauguré officiellement. Il a été utilisé pour accueillir les passagers venant d'Asie durant l'épidémie de SRAS, pour le rapatriement de la cassette du Colonel Ilan Ramon après le désastre Columbia, pour celui de l'homme d'affaires, otage au Liban, Elchanan Tannenbaum, et des cassettes de trois soldats morts au Liban en janvier 2004.
L'aéroport en 2008
2007 a été la meilleure année de l'aéroport, avec plus de 10,5 millions de passagers transitant par l'aéroport.
En 2006, plus de 40,6 % des vols internationaux étaient effectués par El Al, 4,16 % par la Lufthansa, 3,96 % par Continental Airlines, 3,85 % par Israir Airlines, 3,83 % par Arkia. Toujours en 2006, une étude conduite par le Conseil international des aéroports classe l'aéroport Ben Gourion premier sur 40 aéroports européens en termes de relations clientèle, et huitième sur 77 aéroports du monde entier. C'est aussi, d'après le CIA, le meilleur aéroport du Moyen-Orient.
En janvier 2008, l'IAA a annoncé la construction d'un nouveau terminal pour les vols privés, en très forte augmentation. L'IAA va investir 10 millions de sheqels (environ 2 millions d'euros).
Destinations et compagnies aériennes
Tous les vols internationaux partent et arrivent au Terminal 3, sauf les vols d'Easyjet et Jet 2 qui arrivent a Terminal 3 mais partent de Terminal 1, tandis que le Terminal 1 est utilisé pour toutes les vols domestiques.