La compagnie espagnole Iberia a sa base logistique à l'aéroport. En conséquence, Iberia Airlines est responsable de plus de 60% du trafic de cet aéroport. Son trafic, ainsi que celui de ses filiales (Air Nostrum et partenaires (notamment les lignes de Oneworld, incluant British Airways, LAN Airlines, et American Airlines) sont opérés majoritairement depuis le terminal 4.
Destinations opérées par Ibéria et Air Nostrum depuis le hub
Iberia : Algiers, Alicante, Almeria, Amsterdam, Asturias, Athens, Badajoz, Bangkok, Barcelona, Berlin-Tegel, Bilbao, Bogotá, Bologna, Bordeaux, Boston, Brussels, Bucharest-Otopeni, Buenos Aires-Ezeiza, Cagliari (saisonnier), Cairo, Caracas, Casablanca, Catania (saisonnier), Chicago-O'Hare, Clermont-Ferrand, Copenhagen, Dakar, Dublin, Dubrovnik (saisonnier), Düsseldorf, Florence, Frankfurt, Fuerteventura, Geneva, Gibraltar, Granada, Genoa, Gran Canaria, Guatemala City, Guayaquil, Havana, Ibiza, Istanbul-Atatürk, Jerez de la Frontera, Johannesburg, Kraków (saisonnier), La Coruña, Lagos, La Rioja, Lanzarote, Leon, Lille, Lima, Lisbon, London-Heathrow, Lyon, Malabo, Malaga, Marrakesh, Marseille, Melilla, Minorca, Mexico City, Miami, Milan-Linate, Milan-Malpensa, Montevideo, Montpellier, Moscow-Domodedovo, Munich, Murcia, Nantes, Naples, New York-JFK, Nice, Olbia (saisonnier), Oporto, Palma de Mallorca, Pamplona, Panama City, Paris-Charles de Gaulle, Paris-Orly, Prague, Quito, Pisa, Rennes, Rio de Janeiro-Galeão, Rome-Fiumicino, San Jose de Costa Rica, San Juan, Santo Domingo, Santiago de Chile, Santiago de Compostela, San Sebastian, Santa Cruz de la Palma, Santander, São Paulo-Guarulhos, Sevilla, Stockholm-Arlanda, St. Petersburg, Strasbourg, Tangier, Tel Aviv, Tenerife-North, Tenerife-South, Toulouse, Turin, Valencia, Venice, Vienna, Vigo, Vitoria, Warsaw, Washington-Dulles, Zaragoza, Zurich.
Air China (Beijing, São Paulo-Guarulhos [fermeture à partir du 15 septembre])
Air Europa (International non-Schengen: Budapest, Buenos Aires-Ezeiza, Cancun, Caracas, Dakar, La Havane, Marrakech, Puerto Plata [ouverture été 2008], Prague, Punta Cana, Salvador Bahia, Santo Domingo, Tel Aviv, Tunis)
Air Europa (Vols internes et dans l'espace Schengen: Barcelona, Fuerteventura, Gran Canaria, Ibiza, Lanzarote, La Palma, Londres-Gatwick, Malaga, Minorca, Milan-Linate, Palma de Mallorca, Paris-Orly, Rome-Fiumicino, Tenerife-North, Tenerife-South, Venice, Vigo)
Spanair (vols internes et dans l'espace Schengen, sauf navette vers Barcelone: Alicante, Almeria, Asturias (fermeture en septembre 2008), Bilbao, Copenhague, Frankfort, Fuerteventura, Gerona, Granada, Gran Canaria, Ibiza, Jerez, La Coruña, Lanzarote, La Palma, Malaga, Minorca, Munich (fermeture en septembre 2008), Palma de Mallorca, Pamplona, Santander, Santiago de Compostela, Stockholm-Arlanda, Tenerife-North, Tenerife-South, Valence, Viennee (fermeture en septembre 2008), Vigo)
Spanair opéré par Aerolineas de Baleares (Palma de Mallorca)
TAP Portugal (Lisbonne, Funchal [saisonnier])
Terminal 3
Aerolineas de Baleares (Palma de Mallorca)
Lagun Air (León)
Pyrenair (Huesca)
Spanair (Barcelona) [Puente Aéreo/Shuttle]
Terminal 4
Iberia et Air Nostrum (Plate-forme de correspondance)