Abu al-Qasim était un chirurgien et s’était spécialisé dans le traitement des maladies par cautérisation. Il a également inventé plusieurs instruments chirurgicaux utilisés pour :
« Les causes qui retiennent l’urine dans la vessie sont : une coarctation, un calcul, du sang caillé, du pus, une excroissance charnue ou toute autre cause de ce genre.[...] Si vous vous êtes assuré que l’obstacle est un calcul arrêté au col de la vessie, voici ce qu’il faut faire. Faites agenouiller le malade ; appliquez-lui les pieds sur le dos, et faites lui retenir son haleine autant qu’il le pourra ; dès lors le col de la vessie sera forcé de lâcher le calcul en arrière, et l’urine sera émise. Si elle ne sort pas par ces moyens, et que l’état du malade s’aggrave, il faut en procurer l’émission par l’instrument appelé cathéter [...] Telle est la manière de s’en servir pour évacuer l’urine. Prenez un fil double ; liez solidement à l’une de ses extrémités un morceau de laine ou de coton ; faites entrer le fil par l’orifice intérieur du cathéter et rognez avec des ciseaux le morceau de laine s’il est trop gros, de manière qu’il soit enchâssé comme un bouton dans la canule. Graissez le cathéter avec de l’huile, du beurre frais ou du blanc d’œuf. [...] Introduisez ensuite le cathéter dans la verge avec précaution jusqu’à ce qu’il parvienne à la racine de la verge ; portez la verge en haut, du côté de l’ombilic ; poussez le cathéter en dedans jusqu’à ce qu’il arrive près de l’anus ; inclinez la verge en bas et le cathéter avec elle, ensuite vous le pousserez jusqu’à ce qu’il arrive dans la vessie et que le malade ait conscience qu’il est parvenu dans une partie non résistante. [...] Vous enlevez alors la laine en tirant doucement sur le fil et l’urine coulera. »
— Abulcasis, La chirurgie d’Abulcasis ( traduction de l’arabe par le Dr Lucien Leclerc)
Abu al-Qasim a également décrit l'usage des forceps pour les accouchements.
En dentisterie et odontologie conservatrice, le texte médical le plus ancien traitant en détail de la chirurgie dentaire a été le Al-Tasrif d’ Abulcasis. Il a exposé des méthodes permettant d’assurer le succès de la réimplantation des dents arrachées.
Abu al-Qasim a joué un rôle important dans la renaissance de la dissection pour l'étude de l’anatomie et de la chirurgie. Il a souligne l'importance de la dissection dans le chapitre sur la chirurgie du Al-Tasrif:
« C'est la raison pour laquelle il n’existe pas de médecin habile, de nos jours : l'art de la médecine est long à apprendre et il est nécessaire que ses praticiens, avant de l'exercer, soient formés à la science de l'anatomie / dissection ( Urneal-tashrih), comme Galien l’a décrit, de façon à pouvoir pleinement se familiariser avec les fonctions, les formes et la constitution des organes; ainsi que la façon dont ils sont liés et de quelle manière ils sont indépendants ; qu'il devrait également connaître parfaitement les os, les nerfs et les muscles, leur nombre et leur origine, ainsi que les vaisseaux sanguins, les artères et les veines, avec l’emplacement de leurs trajet ... Car celui qui ne connaît pas bien l’anatomie, comme nous l'avons mentionné, est susceptible de commettre des erreurs risquant de mettre la vie en péril. »
— Abu Al-Qasim (Abulcasis)
La technique historique d'opération de la cataracte utilisée pour la première fois il y a 4000 par les chirurgiens de l’Inde antique notamment par Sushruta est celle de l’abaissement du cristallin. Elle consiste à introduire dans l'œil, sans anesthésie, un stylet non stérile, et à basculer le cristallin cataracté (c’est-à-dire devenu blanc et opaque) dans le vitré, grâce à des mouvements rapides. On imagine que le taux de complication devait être assez élevé. Au Moyen Age, les médecins arabes inventèrent une méthode supplémentaire qui consistait à introduire une aiguille creuse pour aspirer les débris du cristallin.
La méthode est décrite avec précision par Abulcasis :
« Commencez par faire asseoir le malade devant vous : soulevez la paupière avec la main gauche si c’est l’œil droit qui est cataracté et avec la main droite si c’est l’œil gauche ; saisissez le mikdah (ou aiguille à cataracte) avec la main droite s’il s’agit de l’œil gauche et avec la main gauche s’il s’agit de l’œil droit. Appliquez la pointe de l’instrument près de la cornée transparente à la distance d’un travers de stylet, dans le blanc de l’œil et du côté du petit angle. Plongez-le vivement et faites lui effectuer une légère rotation sur lui-même de manière qu’il traverse le blanc de l’œil et que vous ayez le sentiment qu’il est arrivé à des parties non résistantes. La profondeur à laquelle doit pénétrer l’instrument n’est autre que la distance qui sépare la pupille de la circonférence externe de la cornée transparente ou couronne de l’œil : à ce moment, l’instrument apparaît au centre de l’œil en raison de la transparence de la cornée. Portez alors l’instrument en haut, au point où siège la cataracte et déprimez-la : si elle a cédé, le malade verra immédiatement, bien que l’aiguille soit restée dans son œil. Attendez un instant, et si la cataracte remonte, abaissez-la de nouveau, sans retirer l’instrument. Aussitôt qu’elle se maintient et qu’elle ne remonte plus, retirez le mikdah doucement, en renversant petit à petit la main. »
— Abulcasis, La chirurgie d’Abulcasis ( traduction de l’arabe par le Dr Lucien Leclerc)
En urologie, Abulcasis a effectué avec succès la première extraction d’un calcul de la vessie en utilisant un nouvel instrument qu’il avait inventé un scalpel à lithotomie avec deux tranchants et une nouvelle technique qu'il avait également inventée - la cystolithotomie périnéale cystolithotomy, qui lui a permis d'écraser un gros calcul à l'intérieur de la vessie, « aboutissant à son extraction morceau par morceau ». Cette innovation s’est révélée importante pour le développement de la chirurgie des lithiases de la vessie, en diminuant de manière significative le taux de mortalité précédemment observé dans les tentatives d’opérations antérieures réalisées par les anciens.
« Quand on sera près de faire l’opération, il faudra d’abord, au moyen d’un lavement, débarrasser l’intestin des matières stercorales dont la présence empêche la reconnaissance des calculs. Saisissez ensuite le malade par les aisselles et secouez-le en dirigeant votre action de haut en bas, afin que la pierre descende vers le col de la vessie, ou bien qu’il saute à plusieurs reprises d’un point élevé. Faites accroupir le malade devant vous, les mains sur les cuisses, afin que toute la vessie puisse prendre une position déclive. Allez à la recherche du calcul en palpant extérieurement, et si vous le rencontrez au périnée, hâtez- vous d’inciser par-dessus. Si vous ne le rencontrez pas du tout, graissez-vous avec de l’huile le doigt indicateur de la main gauche, si le sujet est un enfant, et le médius s’il s’agit d’un adulte ; introduisez-le dans le rectum et mettez-vous à la recherche du calcul jusqu’à ce que votre doigt tombe dessus ; déplacez-le petit à petit vers le col de la vessie ; agissez dessus avec le doigt de manière à l’attirer vers le point où vous voulez pratiquer l’incision. Faites presser avec la main sur la vessie par un aide ; ordonnez à un autre de soulever les testicules de la main droite, et d’étendre, de la main gauche au-dessous du scrotum, la peau au point où vous devez inciser. Prenez alors le bistouri nechîl [...] incisez dans l’espace compris entre l’anus et les testicules, non pas sur la ligne médiane mais du côté de la fesses gauche, directement sur le calcul ; votre doigt restant toujours dans le rectum et le poussant en dehors. L’incision doit être oblique, large extérieurement, et étroite intérieurement, d’une largeur suffisante pour l’extraction du calcul et pas plus : souvent la pression du doigt introduit dans le rectum, sur le calcul, le fait sortir sans effort. »
— Abulcasis, La chirurgie d’Abulcasis ( traduction de l’arabe par le Dr Lucien Leclerc)
Abulcasis a mis au point du matériel et des procédés techniques qui sont encore utilisés en neurochirurgie.
Dans le domaine de la Chirurgie plastique, Abulcasis a réalisé la première percée depuis l'époque de Sushruta dans l’Inde antique. Abulcasis a mis au point les méthodes d’incision, a utilisé le fil de soie pour la suture des plaies afin de parvenir à un résultat plus esthétique, et a inventé la méthode chirurgicale de réduction mammaire pour le traitement de la gynécomastie.
« On voit quelquefois chez certains hommes, à l’époque de la puberté, les mamelles se développer comme chez les femmes et constituer une tumeur difforme. Si le sujet veut s’en débarrasser, il faut pratiquer sur la mamelle une incision semi-lunaire [...] puis on enlève toute la tumeur adipeuse, on remplit la plaie de substances qui excitent les chairs, on en réunit les lèvres par une suture et on panse jusqu’à la guérison. »
— Abulcasis, La chirurgie d’Abulcasis ( traduction de l’arabe par le Dr Lucien Leclerc)