Le 10 janvier 1920, vers 10 h ou 11 h (les rapports divergent et on ne sait pas encore la véritable heure), de l'eau s'engouffre dans la cale de la chaufferie sans que l'ont parvienne à déterminer l'endroit de la fissure, le chef mécanicien Gaston Bellanger prévient le commandant et lui demande d'adopter une allure plus favorable pour diminuer roulis et tangage. Le commandant accepte et ralentit son allure, à ce moment personne ne peut croire à une voie d'eau importante surtout que les pompes sont activées. La nuit tombe, la température baisse rapidement et la mer se creuse. Plus important encore, l'eau dans les chaufferies n'a pas pu être pompée et a même un peu augmenté, les cales machines sont mises en communication avec le ballast de façon à pouvoir pomper depuis ce ballast. Un autre élément vient un peu plus brusquer cette lente descente aux enfers. En effet les chaudières avaient été décrassées pour le départ de l'Afrique et la crasse aurait dû être montée sur le pont pour être ensuite jetée à la mer mais cela n'avait pas été fait (il ne fallait pas choquer les passagers de 1re classe par l'horrible vision de crasse sur le pont). La crasse entreposée donc près des chaufferies se « baladant » avec le roulis finit par se renverser sur le sol, bouchant les pompes par la même occasion, pompes qui étaient inutiles puisqu'elle pompaient l'eau du système de refroidissement qui servait pour les chaufferies.
C'est un désastre. Les pompes sont bouchées et les hommes présents sur les lieux ne peuvent pas tenir debout à cause de la crasse qui souille le parquet mais ils continuent à pomper eux-mêmes l'eau par leur propre moyens (la montée d'eau était assez lente).
Dehors le vent devient de plus en plus fort, la tempête guette. Le commandant le Dù réunit ses officiers et se met rapidement d'accord avec eux, il est donc décidé de faire route vers La Pallice. Un premier message radio est envoyé le 11 dès 0 h 05 à destination de la compagnie des Chargeurs réunis annonçant que l'Afrique suite à des avaries et au gros temps allait faire route sur Bordeaux ou la Pallice (le choix du port de relâche était pourtant bien décidé avant). Le navire est à ce moment à 70 miles dans le S 70 W (250°) de la Coubre, le plateau de Rochebonne est sous le vent à environ 55 miles dans le N 15 E mais personne à bord ne doit y songer à ce moment.
Pour gagner le port de relâche (la Pallice donc), la route est au N 50 E. Il faut donc virer de bord cette manœuvre est ordonnée aussitôt la décision prise. La barre est mise à gauche pour venir sur bâbord mais le navire manque à virer, la vitesse est trop faible, on effectue donc un deuxième essai sur tribord en utilisant barre et moteur, moteur bâbord en avant pour favoriser la manœuvre aussitôt après cette seconde tentative le servomoteur s'arrête de fonctionner les faisant rater encore une fois la manœuvre. Le servomoteur se remet en marche et plusieurs manœuvres successives sont tentées pour remettre le navire sur la route de la Pallice. Ces essais s'avérèrent vain à chaque fois le bateau est retombé travers à la mer, vent et mer de la partie bâbord ainsi rapporte Corée (second du commandant). Le second capitaine constate ensuite que le navire se penche un peu plus encore (sans doute à tribord bien que personne ne l'ait confirmé). La tempête s'est transformée en ouragan.
La machine tribord est à l'eau, constate le deuxième lieutenant il est très difficile de la faire tourner et celle de bâbord marche seulement en allure réduite étant donné le peu de pression fournie par trois chaudières et une chauffe difficile. Malgré ces problèmes l’Afrique tient le cap entre le nord-ouest du compas et le nord, il ne gouverne plus travers au vent.
À sept heures du matin, le 11 janvier, Antoine le Dû, commandant de l'Afrique fait part de la situation dans laquelle il se trouve et demande du secours par TSF sur la longueur d'onde des 600 mètres. Cette demande est reçue aussitôt, aussi bien à Rochefort qu'à Bordeaux, et il est demandé à deux remorqueurs de la Marine nationale basés à Rochefort (le Cèdre et le Victoire) de se préparer à appareiller pour secourir l’Afrique ce ne sont juste que de petites unités plus remorqueurs de port que de mer. Toutes les communications avec les navires « sauveteurs » et la terre sont en Morse.
Dès 8 h 30 un navire va se manifester le Ceylan plus grand que l’Afrique et plus performant question vitesse, il a été construit la même année que l’Afrique par le même chantier, et appartient à la même compagnie (les Chargeurs réunis). Le Ceylan était un cargo postal, il était parti de Bordeaux le 10 janvier pour aller en Amérique du Sud. Il s'est donc présenté au débouché des passes de la Mauvaises vers 5 h 30, avec à peu près les mêmes conditions de hauteur de marée que l’Afrique mais avec le vent dans le dos. Moins de 2 h après que l’Afrique ait informé la compagnie qu'il demandait une assistance immédiate, il se déroute vers la position du navire en difficulté.
Les passagers pendant ce temps sont pratiquement tous malades on leurs donne des médicaments pour essayer de leur faire passer leur mal de mer, les médicaments n'ont aucun effet et plongent les passagers dans un état second. Seulement quelques-uns ont dû se rendre compte de la catastrophe qui était en cours en écoutant les bribes de l'équipage et les aller-retours des mécaniciens pompant l'eau. Les passagers n'ont peut-être même pas perçu les changements d'allure et de cap.
Le 11 janvier à 14 h, mauvaise nouvelle une fois de plus, le commandant de l’Afrique vient d'apprendre que les deux remorqueurs (Cèdre et Victoire) n'ont pas pu dépasser l'île d'Aix à cause du mauvais temps. Vers 15 h 30 le Ceylan annonce son arrivée au paquebot Afrique. Vers 16 h le Ceylan propose à l’Afrique de le remorquer mais le commandant de l’Afrique lui répond qu'il est impossible d'exécuter cette opération et lui demande juste de l'escorter, le Ceylan accepte et l’Afrique essaye péniblement de se remettre en route avec une seule machine encore en état de marche. Il est 15 h 00, à ce moment le plateau de Rochebonne est à 17 milles dans le 53° et le bateau-feu (bouée automatique qui jouera un rôle dans ce drame) à une vingtaine de miles dans le 57°.
Vers 18 h 00 la dernière machine en marche (machine bâbord) ralentit et stoppe par manque de pression. Les chauffeurs ont de l'eau jusqu'au ventre et l'approvisionnement en charbon est presque impossible. L’Afrique est à nouveau malmené par le vent et dérive à environ 7 à 8 miles du bateau-feu de Rochebonne. Finalement, après plusieurs essais pour redémarrer la machine bâbord, la salle des machines est abandonnée à 20 h 00. Vers 21 h 30, l’Afrique signale qu'il va être obligé de stopper sa dynamo, sa lumière s'éteint et il ne peut plus opérer qu'avec son appareil de secours. Tout en continuant de monter, l'eau a envahi toutes les machines et la chaufferie mais pas les autres compartiments isolés par des cloisons étanches. Le Ceylan est toujours dans les environs mais l’Afrique privé d'électricité ne peut plus être vu par le Ceylan qui s'était éloigné pour éviter un abordage et d'heurter les hauts-fonds de Rochebonne de plein fouet. L’Afrique dérive lentement vers le bateau-feu de Rochebonne.
La radio du paquebot fonctionne encore à l'aide des batteries de secours mais n'est pourtant pas utilisée. Et soudain le 11 janvier à 22 h 00 le bateau heurte tout d'un coup le bateau-feu par tribord devant et par le travers de la cale no 2 mais la bouée ne s'arrête pas là et continue de heurter plusieurs fois le navire et se dégagea seulement au bout de 7 à 8 minutes. Immédiatement l'équipage constate une forte voie d'eau dans les aménagements des 3e classes, ils n'arrivent pas à la boucher et font évacuer tous les passagers et le personnel en fermant les portes étanches de ces différents compartiments, l'opération est terminé à 23 h 30 environ. Tous les passagers ont reçu l'ordre de mettre leurs gilets de sauvetage dès 20 h 00.
À minuit, le commandant décide qu'il est temps de lancer les embarcations de sauvetage à la mer. Il est décidé qu'on lancerait en premier les embarcations de bâbord. Le canot 6 ne peut être lancé, les canots 4 et 2 sont donc mis à l'eau avec 2 hommes d'équipage par canot mais à peine les passagers prêts à descendre vers les canots que ceux-ci sont projetés dans la mer avec les hommes d'équipage. Il était temps maintenant de lancer les embarcations de tribord le canot 1 est lancé mais personne ne peut prendre place à l'intérieur, le canot 3 est emporté lui aussi avec quelques hommes à son bord il ne reste plus que le canot 5 qui transporte deux second maîtres de la Marine, un passager civil (le seul civil rescapé) et deux autres membres d'équipage mais aussi le deuxième lieutenant, un mousse et le maître d'équipage. La plupart des passagers, malades et apeurés, n'ont pas voulu grimper à bord des canots de sauvetage. Seuls quelques tirailleurs sénégalais prendront place à bord des radeaux qui n'ont pas encore été mis à flots. De toute façon même si les passagers avaient voulu embarquer dans les canots, il n'y aurait pas eu assez de place, en effet il n'y avait que 6 baleinières (canots de sauvetage de l'époque), la 7e avait été emportée lors de la tempête, il ne restait donc que 2 ou 3 radeaux pour les 602 personnes à bords.
L'équipage n'est pas blâmable dans ces circonstances, ils ont tout fait pour forcer les passagers à embarquer et ne sont montés dans les canots qu'à la dernière minute. Le commandant le Dû est resté à son poste jusqu'à la fin et n'a jamais quitté son navire contrairement aux hypothèses émises à son sujet. Sa dernière action est d'avoir fait monter les passagers sur le pont de l'équipage (le point culminant du navire) et d'avoir attendu sereinement la mer qui engloutissait son navire.