Les dentistes musulmans ont été des pionniers en Odontologie, notamment en chirurgie dentaire et Odontologie conservatrice . Le premier texte médical décrivant la chirurgie dentaire en détail est le Al-Tasrif d’ Abulcasis. Il a préconisé des méthodes détaillées pour assurer le succès de la reimplantation des dents arrachées.
Au Xe siècle un autre dentiste arabe, Abou Amed Gaafar ibn Ibrahim ibn abi Halid al-Gazzar en Afrique du Nord, a décrit les méthodes de restauration dentaire dans son Kitab Zad al-Musafir qut wa al-Hadir ( Provision pour le voyageur et nutrition pour les sédentaires) qui a ensuite été traduit en latin comme viatique par Constantin l'Africain à Salerne. Il a propose le premier traitement des caries dentaires:
« Il faut tout d'abord purger la carie et ensuite les dents peuvent être remplies avec de la noix de galle, des Teintures, un extrait de Nerprun, de la résine de pin, de la résine de Cèdre, de Myrrhe, d’Anacyclus pyrèthrum et de Miel, ou des Fumigations à la racine de Coloquinte. »
— Abu Gaafar Amed ibn Ibrahim ibn abi Halid al-Gazzar,
Al-Gazzar a également recommandé un composé d’Arsenic dans ses Prescriptions pour combler les trous des Dents, ainsi que pour les caries dentaires et pour le relâchement des nerfs lorsqu’il en résulte un excès de Fluides.
Avicenne a consacré de nombreux chapitres du Canon de la médecine à l'art dentaire, en particulier à la restauration dentaire. Influencé par Al-Gazzar, il a proposé son propre traitement de la carie dentaire, en précisant que la dent cariée doit être remplie de cyprès, d’ herbes médicinales, de pâte de Pistachier lentisque, de myrrhe, ou Styrax, entre autres, avec de la noix de galle, du Soufre jaune, du Poivre, du Camphre et des drogues pour la douleur, comme l'arsenic ou le Lait de louve. Il a en outre déclaré que l'arsenic bouilli dans l’Huile devait être introduit dans l’orifice de la carie.
Avicenne et al-Gazzar, toutefois, estiment tous deux que les caries dentaires sont provoquées par les " vers de dents " comme le croyaient les anciens. En 1200 cela s’est révélé faux et la preuve en a été apportée par un autre médecin musulman nommé Gaubari dans son Book of the Elite concerning the unmasking of mysteries and tearing of veils (Livre des Elites concernant la révélation des mystères et le dévoilement des secrets) qui consacre un chapitre à l'art dentaire. Il fut le premier à rejeter l'idée que les caries dentaires étaient provoquées par des vers et il a déclaré que les vers de dent, en fait, n'existaient même pas. La théorie du vers de la dent n'était donc plus acceptée dans la communauté médicale islamique du XIIIe siècle.
Dans le domaine de l’Étiologie et de l’Épidémiologie, les médecins musulmans sont responsables de la découverte des Maladies infectieuses et du Système immunitaire, des progrès de l’Anatomo-pathologie et des premières hypothèses relatives à la bactériologie et à la Microbiologie. Leur découverte des maladies contagieuses, en particulier, est considérée comme révolutionnaire et reste l'une des plus importantes découvertes en médecine. On peut faire remonter les premières idées sur la contagion à plusieurs Hadiths attribués à Mahomet au VIIe siècle qui affirment la nature contagieuse de la Lèpre, de la Gale et des maladies sexuellement transmissibles. La conséquence de ces premières idées sur la contagion est une attitude généralement favorable des médecins musulmans envers les lépreux (qui sont souvent considérés sous un jour négatif dans d'autres sociétés antiques et médiévales) qui peut être retrouvée dans un hadith attribué à Mahomet et fait suite aux conseils donnés dans le Coran:
« Il n'y a pas de faute à être aveugle, il n'y a pas de faute à être boiteux et il n'y a pas de faute à être malade. »
Cela a finalement abouti à la théorie des maladies contagieuses qui a été bien assimilée par Avicenne au XIe siècle. À ce moment-là, les risques de contagion ont été bien pris en compte et, par conséquent, les hôpitaux ont été créés avec des quartiers séparés pour certaines maladies spécifiques, de sorte que les personnes atteintes de maladies contagieuses puissent être tenues à l'écart des autres patients indemnes de l’infection et hospitalisés pour une autre pathologie. Dans le Canon de la médecine (1020), Avicenne a découvert la nature contagieuse de certaines maladie infectieuses comme la phtisie (Tuberculose), la transmission des maladies par l’eau et les sols et bien compris la nature contagieuse des maladies sexuellement transmissibles. En épidémiologie, il a présenté la méthode de la Quarantaine comme un moyen de limiter la propagation des maladies contagieuses et introduit la méthode de l’analyse des facteurs de risque et le concept de Syndrome pour le diagnostic de certaines maladies.
Afin de trouver l’endroit le plus hygiénique pour construire un hôpital, Muhammad ibn Zakarīya Rāzi (Rhazes) a procédé à une expérimentation au cours de laquelle il a accroché des morceaux de viande dans différents lieux de la ville de Bagdad au Xe siècle et répertorié les endroits où la viande se décomposait le moins rapidement. Razi a également écrit un traité de médecine au IXe siècle. Le Grand traité était la plus recherchée de toutes ses œuvres, celle où Razi avait noté les cas cliniques tirés de sa propre expérience et de très utiles observations sur diverses maladies, ainsi que la découverte de la Rougeole de la Variole et de la Varicelle. Le Grand traité a également critiqué les vues de Galien, après que Razi eut observé de nombreux cas cliniques qui ne correspondaient pas aux descriptions des Fièvres de Galien. Par exemple, il a déclaré que les descriptions par Galien des maladies urinaires étaient inexactes, parce qu’elles étaient fondées sur trois cas seulement, alors que Razi avait étudié des centaines de cas dans les hôpitaux de Bagdad et de Ray. Le Traité de médecine, en particulier avec la description de la variole de la varicelle et de la rougeole, a eu une grande influence en Europe.
Ibn Zuhr (Avenzoar) a été le premier médecin à découvrir une étiologie réellement scientifique des maladies inflammatoires de l’Oreille et le premier à exposer clairement les causes du Stridor (dyspnée laryngée). Il a également été le premier à donner des descriptions précises de certaines maladies neurologiques, comme la Méningite, la thrombophlébite intracrânienne et les tumeurs médiastinales. Averroès a entrevu l'existence de la Maladie de Parkinson et a découvert les propriétés des Photorécepteurs de la Rétine. Maïmonide a écrit sur les troubles neuropsychiatriques et décrit la Rage et l’intoxication par la Belladone.
L'étude de allergologie et de l’Immunologie trouve son origine dans la civilisation du monde islamique.Muhammad ibn Zakarīya Rāzi (Rhazes) est responsable de la découverte de l’ "Asthme allergique ", et il a été le premier médecin connu pour avoir écrit des articles sur l’Allergie et le Système immunitaire. Dans le sens de l’odorat, il explique la survenue d’une Rhinite après avoir respiré l’odeur d’une rose au printemps. Dans l'article intitulé la raison pour laquelle Abou Zayd Balkhi souffre d’une rhinite lorsqu’il sent le parfum des roses au printemps, il décrit la rhinite saisonnière, dont le mécanisme est le même que celui de l'asthme allergique ou du rhume des foins. Al-Razi a été le premier à comprendre que la Fièvre était un mécanisme de défense naturel, un moyen pour l'organisme de lutter contre la maladie.
La distinction entre la Variole et la Varicelle remonte également à Al-Razi. La procédure médicale de la variolisation a été pratiquée dans le monde islamique médiéval afin de traiter la variole. Cette méthode fut ensuite suivie par la première vaccination contre la variole par l’inoculation d’une forme atténuée de la Variole, inventée en Chine et transmise à l’Occident par l’intermédiaire de la Turquie au début du XVIIIe siècle.
En Hématologie, Abu Al-Qasim (Abulcasis) a donné la première description de l’Hémophilie (ou du moins d’une maladie de la coagulation) dans son livre Al-Tasrif, dans lequel il rapporte le cas d’une famille andalouse dont les hommes mouraient d'hémorragie après des blessures légères.
Les médecins musulmans ont spéculé sur l'existence des bactéries et des Micro-organismes, si ces théories anciennes n'ont pas été démontrées ou observées avant le XVIIe siècle, lorsque des investigations dans le domaine de la Microbiologie ont été rendues possibles par l'invention du Microscope. Ces premières idées ont cependant, influencé Girolamo Fracastoro.
Avicenne a émis l'hypothèse que les Sécrétions corporelles étaient contaminées par de la terre souillée par des organismes étrangers putréfiés avant qu’apparaisse l’infection.
Lorsque la Peste noire ou peste bubonique atteint Al-Andalus au XIVe siècle, Ibn Khatima a émis l'hypothèse que les maladies infectieuses étaient causées par de petits "Micro-organismes" qui pénètrent dans le corps humain et provoquent des maladies. Au XIVe siècle un autre médecin andalou, Ibn al-Khatib (1313-1374), a écrit un traité appelé sur la peste, dans lequel il affirmait:
« L'existence de la contagion est établie par l'expérience, les investigations, les faits constatés par les sens et des études dignes de confiance. Ces faits constituent un bon argument. Le fait de l'infection devient clair pour le chercheur qui observe comment s’établit le contact avec la personne atteinte de la maladie, alors que ceux qui ne sont pas en contact sont épargnés, et la façon dont la transmission se produit par les vêtements, les navires et les boucles d'oreilles. »
— Ibn al-Khatib sur la peste,
En Parasitologie Avenzoar, par le biais de la dissection, a été en mesure de prouver que la gale est provoquée par un parasite, une découverte qui allait bouleverser la théorie des humeurs défendue par Hippocrate, Galien et Avicenne. L'élimination du parasite du corps du patient ne nécessite pas de Purge, de saignée ou tous autres traitements traditionnellement associés à la théorie des quatre humeurs.