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L’histoire de la biologie retrace les études de l'homme sur le monde du vivant depuis la nuit des temps jusqu'à nos jours. Cependant, le concept de biologie comme n'étant qu'une seule discipline ne naquit seulement qu'au XIXe siècle. Les sciences biologiques émergent des traditions de la médecine et l'histoire naturelle venant directement des Grecs anciens et particulièrement de Galien et d'Aristote.
Pendant la Renaissance et pendant le siècle des découvertes, renaissait un intérêt dans l'empirisme aussi bien que le nombre grandissant d'organismes connus conduisaient à de signifiants développements dans la pensée biologique. Vesalius est à l'origine du développement de l'expérimentation et de l'observation en physiologie, et une série de naturalistes comme Linné et Buffon commencèrent à fonder un travail conceptuel d'analyse de la diversité du vivant et de l'archivage des fossiles, aussi bien que du développement et du comportement des plantes et des animaux.
Depuis des temps très anciens, sans doute même avant l'apparition de l'homme moderne, les êtres humains se sont transmis leurs connaissances à propos des animaux et des plantes afin d'augmenter leurs chances de survie. Par exemple, ils devaient savoir comment éviter (ou parfois utiliser) les plantes et les animaux vénéneux et comment traquer, capturer, et chasser différentes espèces animales. Ils devaient de la même façon maîtriser des techniques permettant de réaliser de bons filets ou paniers. En ce sens, la biologie précède l'écriture de l'histoire de l'Homme.
L'agriculture requiert des connaissances précises sur les plantes et les animaux. Les anciennes populations orientales eurent très tôt des connaissances à propos de la pollinisation des palmier-dattiers. En Mésopotamie, la population savait que le pollen pouvait être utilisé dans la fertilisation des plantes. Un contrat commercial datant de la période Hammurabi (XVIIIe siècle av. J.-C.) mentionne les fleurs de datte palmier-dattier comme un article de commerce.
En Inde, des textes décrivent certains aspects de la vie des oiseaux. De la même façon, la métamorphose de certains insectes et des grenouilles a été décrite en Égypte. Les Égyptiens et les Babyloniens maîtrisaient aussi l'anatomie et la physiologie dans une certaine mesure. Enfin, en Mésopotamie, des animaux étaient parfois retenus dans ce que l'on pourrait comparer aux premiers jardins zoologiques.
Quoi qu'il en soit, la superstition a souvent été mêlée aux faits réels. À Babylone et en Assyrie, les organes des animaux étaient utilisés pour des prédictions, et en Égypte la médecine incluait une large part de mysticisme.
Dans la Grèce antique et le monde hellénistique, les érudits s'intéressaient de plus en plus à l'empirisme. Aristote fut l'un des philosophes de la nature les plus prolifiques de l'Antiquité. Malgré ses premiers travaux plutôt spéculatifs, il conduisit plus tard des recherches en biologie en se fondant sur l'observation. Il ne réalisa pas d'expérience, mais observa quelle était la réalité naturelle de chaque chose dans son propre environnement, bien que certaines soient contrôlées artificiellement. Bien qu'en physique et en chimie cette méthode ne fut pas considérée comme efficace, ce fut le contraire en zoologie et éthologie, et les travaux d'Aristote présentent un réel intérêt. Il réalisa d'innombrables observations de la nature, et particulièrement au niveau des habitats et des caractéristiques des plantes et des animaux qui vivaient près de lui, en apporter un soin considérable à les catégoriser. En tout, Aristote classifia 540 espèces animales, et en disséqua une cinquantaine environ. Aristote croyait en des buts intellectuels, les causes formelles, qui devaient guider tous les processus naturels. Ce point de vue théologique donnait à Aristote une raison pour justifier les faits qu'il observait comme l'expression d'un modèle formel. En notant qu' « aucun animal ne possède pas, en même temps, des cornes et des défenses », et « qu'il n'a jamais vu d'animal unique à deux cornes », Aristote suggère que la Nature, en ne donnant pas aux animaux des cornes et des défenses en même temps, évitait la vanité, et ne donnait aux créatures que les facultés qui avaient un caractère nécessaire. En notant que les ruminants ont de multiples estomacs et de faibles dents, il suppose que la première chose fut de compenser pour le dernier, avec une Nature qui essaie d'équilibrer la balance.
De même, Aristote pensait que les animaux pouvaient être classés selon une échelle graduée de perfection allant des plantes à l'être humain. Son système avait onze graduations représentant « le degré auquel ils étaient atteints par la potentialité », exprimés par leur forme à la naissance. Les animaux les mieux classés mettaient au monde des petits chauds et humides ; à l'inverse, ceux du bas de l'échelle donnaient naissance à des petits froids, secs, dans des œufs à la coquille épaisse. Aristote notait également que si la forme d'un être vivant reflétait son niveau de perfection, elle ne le prédéterminait pas. Selon lui, la qualité de l'âme des animaux était aussi importante. Il divisait les âmes en trois groupes : les plantes étaient dotées d'une âme végétative, qui leur permettait de se reproduire et de croître ; les animaux, d'une âme à la fois végétative et sensitive, responsable de la mobilité et des sensations ; l'homme, enfin, possédait une âme végétative, sensitive, et rationnelle, capable de pensée et de réflexion. À la différence des philosophes plus anciens, Aristote présentait le cœur comme le siège de l'âme rationnelle, plutôt que le cerveau, et séparait les sensations de la pensée (seul Alcméon de Crotone avait opéré cette séparation auparavant).
Le successeur d'Aristote au Lycée, Théophraste, écrivit une série d'ouvrages de botanique, l’Histoire des Plantes, qui fut considérée comme la plus importante contribution durant l'antiquité en botanique, et même durant le Moyen Âge. De nombreuses dénominations apportées par Théophraste perdurent encore de nos jours, comme carpos pour les fruits, et pericarpion pour les vaisseaux conducteurs. Au lieu de se focaliser sur les causes formelles comme Aristote le faisait, Théophraste suggéra une approche mécaniste, en créant des analogies entre les processus naturels et artificiels, et en reliant le concept aristotélicien de « cause efficace ». Théophraste reconnu aussi le rôle du sexe dans la reproduction de nombreuses plantes évoluées, chose qui fut perdue dans les âges suivants.
À la suite de Théophraste, le Lycée ne parvient pas à produire un travail original. Bien qu'il y ait un intérêt pour les idées d'Aristote, celles-ci sont généralement considérées aveuglément. On trouve aussi des avancées de la biologie au-delà de l'âge d'Alexandrie sous la Dynastie des Ptolémées. Le premier professeur de médecine d'Alexandrie était Hérophile, qui a corrigé Aristote en plaçant l'origine de l'intelligence comme étant localisée dans le cerveau, et qui fit le lien entre le système nerveux et le mouvement et la sensation. Hérophile faisait déjà aussi à l'époque la différence entre les veines et les artères, notant leur lien avec le pouls alors que ses prédécesseurs non. De la même façon, il développa une technique de diagnostic qui établissait un lien entre les différents types de pouls distingables. Lui et son contemporain Érasistrate, recherchèrent le rôle des veines et nerfs, établissant leur carte à travers le corps humain.
Érasistrate va établir un lien entre la complexité croissante de la surface du cerveau humain comparée à celles des autres animaux comme étant la cause de son intelligence supérieure. Il utilisera de temps en temps des expériences pour fonder ses recherches, comme par exemple en répétant la pesée d'un oiseau en cage, et en notant le poids perdu entre les moments de nourrissage. En reprenant les travaux sur la respiration de son professeur, il va affirmer que la circulation sanguine humaine est contrôlée par le vide, attirant le sang dans tout le corps. Dans la physiologie de Érasistrate, l'air va entrer dans le corps, où il sera emmené vers le cœur par les poumons, où il sera transformé en esprit vital. Ce dernier sera ensuite pompé dans tout le crops par les artères. Une partie de cet esprit vital aboutira au cerveau où il sera de nouveau transformé en esprit animal, qui sera ensuite distribué par le système nerveux.. Hérophile et Érasistrate vont améliorer leurs expérimentations grâce à des criminels fournis par les seigneurs ptoléméens. Ils vont disséquer vivants ces criminels, et « pendant qu'ils respiraient calmement, ils observèrent les parties que la nature a formé de façon cachée, et examinèrent leur position, couleur, forme, taille, arrangement, dureté, molesse, régularité ».
Dans l'ancienne Rome, Pline l'Ancien était connu pour ses connaissances des plantes et de la nature. Plus tard, Galien deviendra un pionnier de la médecine et de l'anatomie.
Le déclin de l'Empire romain mena à la disparition ou la destruction d'une somme importante de connaissances. Cette période est souvent nommée la période noire. Cependant, certaines personnes travaillaient toujours en médecine ou étudiaient les plantes et les animaux. A Byzance et dans le monde islamique, la philosophie naturelle a été maintenue. Plusieurs travaux de Grecs ont été traduits en arabe et plusieurs oeuvres d'Aristote ont été préservées. La contribution du biologiste arabe, al-Jahiz, mort en 868, est particulièrement notable. Il a écrit Kitab al Hayawan (Livre des animaux). Dans les années 1200, l'Allemand Albertus Magnus écrivit de vastes traités: De vegetabilibus (7 livres) et De animalibus (26 livres). Il était particulièrement intéressé par la propagation et la reproduction des plantes, il décrivit en détail la sexualité des plantes et des animaux. Il a aussi été un des professeurs de Thomas d'Aquin.
Le golfe Persique et d'autres régions arabes jouèrent un rôle important dans le développement de la science. Basées sur les sciences grecque et indienne et connectées avec l'Europe, ces régions étaient bien situées pour participer au développement de la science. Les scientifiques les plus importants furent les Perses mais on trouve aussi des Arabes et des Turcs. Avicenne (commémoré par le genre Avicenniaceae) a joué un rôle très important en biologie et fit de nombreuses découvertes. Il est souvent considéré comme le père de la médecine moderne. Rhazes a aussi joué un rôle important et a été un grand biologiste.
De la même manière que de nombreux artistes s'intéressaient aux aspects des corps animaux et humains, les scientifiques de l'époque se sont mis à étudier la physiologie en détail. Un certain nombre de comparaisons ont été faites entre les membres inférieurs des humains et ceux des équidés (chevaux principalement). Otto Brunfels, Jérôme Bock et Leonhart Fuchs furent trois grands auteurs à propos des plantes sauvages. Ils sont aujourd'hui reconnus comme les pères de la botanique allemande. De la même façon, des ouvrages ont été écrits à propos des animaux comme ceux de Conrad Gesner, illustrés entre autres par Albrecht Dürer.