Le Muséum national d'histoire naturelle dispose de :
Le Muséum national d'histoire naturelle nait officiellement le 10 juin 1793 par un décret de la Convention nationale. Mais ce nouvel établissement n'est que la métamorphose d'un plus ancien, le Jardin royal des plantes médicinales, né plus de 150 ans auparavant, en 1635, sous Louis XIII.
Tout débute lorsque l'un des médecins ordinaires du roi, Guy de la Brosse, appuyé par le premier médecin du roi, Jean Héroard, et par Richelieu, persuade Louis XIII de créer à Paris un jardin des plantes médicinales, destiné d'une part, à la culture, la conservation, l'étude et l'utilisation des plantes utiles à la santé, et d'autre part, à l'enseignement de la botanique, de la chimie et de l'anatomie, à destination des futurs médecins et apothicaires. Ces cours, enseignés en français (c'est une première car partout ailleurs, c'est en latin), sont également accessibles au grand public. Ils sont dispensés par des « démonstrateurs » et obtiennent un vif succès : des auditeurs de tous âges, Français et étrangers, fréquentent les leçons données au jardin.
Placé dès le début sous protection royale (d'où le nom de « jardin ROYAL des plantes médicinales »), le jardin est rapidement en butte à l'hostilité de la faculté de médecine, qui reste la seule, à Paris, à pouvoir décerner le grade de Docteur en médecine. D'ailleurs, les démonstrateurs sont tous médecins mais formés, eux, en province, et notamment à Montpellier, la faculté rivale et détestée. Autre sujet d'aversion, les nouvelles disciplines enseignées au jardin, comme la médecine chimique ou la circulation du sang, des hérésies pour les universitaires parisiens, gardiens de la tradition des anciens. Bref, jusqu'à la fin du XVIIe siècle, la faculté de médecine de Paris fera tout ce qu'elle peut pour s'opposer, devant le Parlement, aux décisions prises par le surintendant ou l'intendant du jardin.
En 1673, Guy Crescent Fagon accède à cette dernière fonction. Petit neveu du fondateur Guy de la Brosse, son administration est remarquable à plusieurs points de vue : il apaise par un compromis le conflit devenu aigu avec la Faculté de Paris, il recrute un personnel de grande valeur (découvre Tournefort, l'un des pères de la botanique française, Vaillant mais aussi Antoine de Jussieu, fondateur d'une illustre dynastie) et enfin encourage les voyages d'étude dans les pays lointains. C'est d'ailleurs à cette époque que les premières collections du jardin sont amassées lors de ces voyages, effectués tout d'abord par des missionnaires (Charles Plumier entre 1689 et 1697 aux Antilles, Louis Feuillée entre 1703 et 1711 dans les Andes...), puis par des médecins (Augustin de Lippi en 1704 au Soudan et surtout Tournefort en Méditerranée orientale et en Anatolie de 1700 à 1702). Fagon favorise aussi l'importation et l'acclimatation des plantes tropicales, et notamment le café, alors monopole de l'Arabie, que Jussieu introduit aux Antilles.
Au XVIIIe siècle, l'activité se transforme : on passe de l'art de guérir avec les plantes à l'histoire naturelle. La déclaration royale du 31 mars 1718 sépare la charge de premier médecin du roi de la surintendance du Jardin et, en 1729, l'ancien « droguier » qui a perdu progressivement non aspect d'officine, prend officiellement le titre de « cabinet d'histoire naturelle ».
Mais c'est surtout dix ans plus tard, en 1739, que le « Jardin du roi » comme on l'appelle désormais, va prendre une nouvelle dimension, grâce à l'un des savants les plus en vue du XVIIIe siècle, Georges Louis Leclerc, comte de Buffon (1707-1788). Ce naturaliste complet (il publie tout au long de sa surintendance la monumentale Histoire naturelle en 36 volumes, un véritable best-seller de l'époque), membre de l'Académie française et Trésorier perpétuel de celle des Sciences, va diriger l'établissement pendant près d'un demi-siècle, jusqu'à sa mort en 1788. En 50 ans, le jardin va doubler sa superficie, l'école de botanique ainsi que le cabinet d'histoire naturelle vont être agrandis et, avant sa mort, un vaste amphithéâtre et une nouvelle serre seront mis en chantier. Surtout, comme Fagon, il va découvrir de nouveaux naturalistes, parmi les plus prestigieux : André Thouin, Antoine Laurent de Jussieu, Rouelle, Fourcroy, Mertrud, mais aussi Daubenton, Lamarck ou Dolomieu. Durant cette période, les voyages d'exploration à des fins naturalistes se multiplient : Jean André Peyssonnel découvre la nature minérale du corail sur les côtes de Barbarie (1725); Joseph de Jussieu passe 35 ans au Pérou espagnol (1735-1770) où il découvre le quinquina ; Jean Baptiste Christian Fusée-Aublet explore la Guyane (1762-1764) tout comme Louis Claude Richard (1781-1789). L'océan Indien n'est pas en reste : Pierre Poivre acclimate les épices fines à l'Ile Maurice (1770) alors que son cousin Pierre Sommerat accomplit plusieurs périples vers les Indes Orientales à la fin du XVIIIe siècle. D'autres accompagneront de grand navigateurs (Bougainville, Lapérouse) autour du monde comme le botaniste Pierre Commerson ou Collignon, le jardinier. En un demi siècle, la notoriété internationale de Buffon et son travail acharné ont fait du jardin l'un des phares scientifiques du XVIIIe siècle en Europe.
À sa mort, en 1788, le Roi nomme à la tête du jardin un militaire, Charles-François de Flahaut, comte de La Billarderie. Sous la conduite de Louis Jean-Marie Daubenton, le personnel du Jardin, notamment les démonstrateurs, font connaître leur mécontentement auprès du roi, mais sans succès.
La Révolution va transformer profondément le fonctionnement du Jardin. Le 20 août 1790, un décret de l'Assemblée nationale demande aux démonstrateurs de rédiger un projet pour sa réorganisation. La première assemblée vote le départ du comte de La Billarderie et élit à l'unanimité Daubenton comme président. Il forme une commission comprenant Antoine-François Fourcroy, Bernard Lacépède et Antoine Portal. Celle-ci est chargée de rédiger le règlement de la nouvelle institution et d'en fixer le fonctionnement. Elle détermine aussi les missions du Muséum : instruire le public mais aussi de constituer des collections et de participer activement à la recherche scientifique. Le corps des professeurs et leur directeur, élu et renouvelé chaque année devant être le garant de l'indépendance de la recherche.
Mais le projet n'aboutit pas, l'Assemblée nationale ne donnant pas de suite. En 1791, La Billarderie démissionne et est remplacé par Jacques-Henri Bernardin de Saint-Pierre. Ce n'est qu'en 1793 que Joseph Lakanal (1762-1845), apportant les collections du Prince de Condé rencontre Daubenton et découvre le projet de 1790. Lakanal le porte à l'Assemblée et, dès le lendemain 10 juin 1793, obtient le vote du décret établissant le Muséum, donnant ainsi une existence juridique propre.
Le poste d'intendant est alors remplacé par la fonction de directeur. L'ancienne hiérarchie, notamment en démonstrateurs et sous-démonstrateurs, est abolie. Douze postes de professeurs assurent, de façon égale et collégiale, l’administration du Muséum. Les enseignements sont répartis en douze chaires professorales.
Au début du XIXe siècle, c'est l'étude de la vie animale qui prend le pas sur celle des plantes, qui prédominait jusqu'alors. Deux savants prestigieux représentent alors cette transition : Geoffroy Saint-Hilaire et Georges Cuvier. Le premier créa la ménagerie dès 1793 et s'opposera durant le premier tiers du siècle au second, partisan convaincu des théories catastrophistes et fixistes alors que Geoffroy Saint Hilaire était proche des idées transformistes de Lamarck. Ce dernier affirme en effet la transformation progressive et successive des espèces au cours du temps. En ce sens, Lamarck annonce un peu précocement les idées évolutionnistes que Charles Darwin publiera dans son Origine des espèces en 1859. D'autres grands savants vont ponctuer la vie du Muséum en ce XIXe siècle. Citons entre autres Lacépède, Gay-Lussac, les deux Milne Edwards, Chevreul, Alcide d'Orbigny, Becquerel ou Claude Bernard. La plupart d'entre eux sont membres de l'Académie des sciences ou de l'Académie de médecine. Plusieurs enseignent au Collège de France ou à l'École Centrale. Plusieurs théories ou découvertes voient le jour au Muséum : le principe de corrélation des formes sur lequel Cuvier fonde l'anatomie comparée et la paléontologie, la série de travaux de Chevreul sur les corps gras, les recherches de Charles Naudin, qui formule vers 1860, au même moment que Gregor Mendel, les lois essentielles de la génétique ou encore la découverte de la radioactivité en 1896 qui vaudra à Henri Becquerel, quelques années plus tard, le prix Nobel de physique.
Quant aux collections qu'abrite l'institution, elles explosent littéralement par leur nombre au XIXe siècle, à tel point que l'on manque de place pour les conserver. Le vieux château acheté par Louis XIII en 1633 au moment de la création du jardin royal des plantes médicinales à déjà été remanié et agrandi tout au long du XVIIIe siècle, jusqu'à présenter sous l'Empire une façade de 120 mètres de long. Mais ces extensions s'avèrent rapidement insuffisantes. Résultat, on construit et on déménage à tour de bras : Rohault de Fleury édifie une nouvelle galerie de minéralogie dans les années 1830. À son extrémité, un grand espace a été réservé pour abriter les herbiers, eux aussi de plus en plus encombrants. Le même architecte élève également deux élégantes serres jumelles, restaurées en 1980-1981 et toujours en service. Enfin, entre 1877 et 1889, Jules André construit la galerie de zoologie et, à l'extrême fin du siècle (1898), est inaugurée la galerie de paléontologie qui abrite aussi les collections d'anatomie comparée.
Toutes ces collections sont continuellement amassées lors des nombreux voyages d'exploration qui se multiplient tout au long du siècle : l'expédition d'Égypte de Napoléon Bonaparte de 1798 à 1801, à laquelle participent près de 170 savants dont Geoffroy Saint-Hilaire, précède de peu celle de Humbolt en Amérique du Sud (1799-1804) ou celle de Baudin dans les terres australes (1800-1804). Suivront celles d'Auguste de Saint-Hilaire au Brésil (1816-1822), de Claude Gay au Chili (1828-1842), de l'abbé David en Chine (entre 1862 et 1874) ou d'Alfred Grandidier à Madagascar (1865-1870). Et n'oublions pas l'une des premières expéditions spécifiquement orientée paléontologie, celle d'Albert Gauchy sur le site de Pikermi en Grèce (1855-1860). Et la liste des expéditions auxquels participent les savants du Muséum est loin d'être exhaustive.
Avec la nomination, en 1836, du chimiste Eugène Chevreul (1786-1889), le Muséum commence à délaisser l'étude des collections pour s'orienter, comme sa rivale la Faculté des sciences de Paris, vers la recherche pure, à l'image de la création, pour Henri Becquerel, de la chaire de physique appliquée, sans lien avec les collections existantes. Cette période prendra fin avec l'arrivée d'Alphonse Milne-Edwards, en 1890, et la promulgation du décret du 12 décembre 1891 qui signe le retour en force de l'Histoire naturelle (cette politique restera en vigueur jusqu'à la veille de la Seconde Guerre mondiale). Entre temps, le gouvernement impérial de Napoléon III adoptera en 1863 un décret portant le mandat de directeur à 5 ans sans limitation de durée : Chevreul le restera 28 ans. Le nombre de chaires augmente également et certaines ont été divisées en deux pour plus de commodités.
La loi de finances du 31 décembre 1907 fait franchir un nouveau pas au Muséum : elle lui accorde l'autonomie financière en le dotant d'un budget propre qu'il administre (1 million de Francs de l'époque soit autant que le budget de la faculté des sciences). En ce début du siècle, les collections du Muséum ont largement bénéficié de l'extension et de l'exploration de l'Empire colonial français durant le siècle précédent, et vont continuer de s'accroître au XXe. Déjà, une école coloniale a vu le jour en 1889, avant même le ministère des colonies (qui date de 1894). Et un enseignement spécial destiné aux voyageurs à même été élaboré en 1893. Des voyages, il en sera en effet question durant tout le XXe siècle : de celui d'Alfred Lacroix en Martinique suite à l'éruption de la Montagne Pelée en 1902, jusqu'à Robert Gessain à la fin des années 1970 au Groenland, en passant par Henri Humbert à Madagascar (entre 1912 et 1960), Marcel Griaule entre Dakar et Djibouti (1931-1933) ou Henri Lenmann au Guatémala (1954-1969). Tous ces voyages et bien d'autres continueront à enrichir le Muséum de collections impressionnantes.
Après la Première Guerre mondiale, le Muséum engage un mouvement d'expansion hors de la capitale. En 1922, il hérite de la propriété de l'entomologiste Jean Henri Fabre à Sérignan-du-Comtat, près d'Orange. Pour favoriser ses activités de recherche liées à la mer, il implante, en 1928, son laboratoire maritime à Saint-Servan, puis à Dinard en 1935. Son activité botanique ne s'étant pas démentie, il devient propriétaire par legs du domaine de Chèvreloup, en 1934. La même année, le Président du Conseil inaugure le Parc zoologique de Vincennes, suivi quelques années plus tard par le Musée de l'Homme, installé dans le nouveau Trocadéro (1937).
A la veille de la Deuxième Guerre Mondiale, le Muséum compte 19 chaires magistrales pour autant de professeurs-administrateurs. Suivront quatre années d'une longue et morne retraite due à la guerre. Au sortir de celle-ci, l'activité et la croissance reviennent, notamment sous l'impulsion de Roger Heim qui dirige le Muséum de 1950 à 1965. Savant au prestige international et largement écouté par les administrations et la communauté scientifique, il insuffle un nouvel air à l'établissement. Il prend conscience des déséquilibres causés à la nature par l'expansion humaine. En 1948, il participe à la création de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN). Plus tard, il installe dans ses murs un service de conservation de la nature (1962). Ce sera ensuite au tour du Secrétariat de la Faune et de la Flore (1979), puis de la Délégation permanente à l'Environnement (1992), de s'installer au sein du Muséum. Durant cette période, d'autres acquisitions sont faites par le Muséum : l'abri Pataud en Dordogne (1957), le Parc animalier de la Haute-Touche dans l'Indre (1958), le Jardin botanique de Val Rahmeh à Menton (1966) et la station de biologie végétale de Cherré dans la Sarthe.
Tout au long du XXe siècle, de nouveaux territoires jusque là pas ou peu explorés sont découverts : on pénètre de plus en plus loin à l'intérieur des forêts primaires, des moyens techniques permettent d'explorer les fonds océaniques et de découvrir que la vie y réside. D'ailleurs, depuis 1882, le Muséum possède un laboratoire maritime ouvert sur l'île de Tahihou, près de Cherbourg, puis déplacé à Saint Servan (près de Saint-Malo) en 1928, puis à Dinard (en 1935). Un autre s'est également ouvert à Concarneau en 1996. On découvre également que la vie réside à l'intérieur des grottes que René Jeannel et Emil Racovitza explorent. Bref, les explorateurs repoussent les limites géographiques de leurs recherches et explorent désormais l'ensemble de la biosphère. Le Muséum s'intéresse même à l'espace puisque parmi ses collections, on peut trouver des matériaux extraterrestres comme des météorites et quelques pierres de Mars.
Il s'intéresse aussi de plus en plus à l'Homme. Il faut dire qu'au fil des leurs pérégrinations, les explorateurs (devenus depuis de véritables scientifiques de plus en plus spécialisés) sont tombés fréquemment nez à nez avec des tribus locales, qu'ils ont tenté d'étudier. De là est né une discipline nouvelle, l'ethnographie, qui s'est développée dans la deuxième moitié du XIXème siècle, et qui a amené la création, en 1880, du Musée ethnographique du Trocadéro, rattaché en 1928 au Muséum et transformé en Musée de l'Homme dix ans plus tard. Ce musée amasse également de plus en plus de fossiles d'hominidés : parmi ses riches collections, on peut y voir le crâne de l'Homme de Tautavel, le Pithécanthrope de Java, la fameuse Lucy, vieille de plus de 3 millions d'années, ou encore la sépulture de La Chapelle-aux-Saints ou celle de l'Homme de Menton, datant de 26000 ans. Et les fossiles d'animaux ne sont pas en reste. Installés dans la galerie de paléontologie de la rue Buffon, on y trouve entre autres merveilles : le Mégathérium de Cuvier, le squelette de l'aepyornis offert par l'américain Carnegie au Muséum en 1908 ou, plus récemment, les fossiles trouvés en 1985 dans le camp militaire de Canjuers, dans le Var. Mais ce sont surtout les squelettes de dinosaures qui rencontrent dans cette galerie le plus de succès, surtout auprès des enfants.
Les collections du Muséum ont fait l'objet au cours du XXe siècle d'innombrables expositions temporaires qui remportèrent souvent un vif succès. L'une des premières date pourtant de la fin du XIXe siècle : organisée en 1884, elle était consacrée aux campagnes océanographiques du Travailleur et du Talisman; les visiteurs pouvaient y voir les appareils (dragues, sondes, thermomètres) utilisés par les chercheurs embarqués ainsi que de nombreux échantillons en bocaux des animaux (poissons, crustacés, mollusques, échinodermes, zoophytes) recueillis jusqu'à 5000 mètres de profondeur (une véritable performance pour l'époque). L'exposition du tricentenaire du jardin royal des plantes médicinales, en 1935, a ponctué un grand moment de l'histoire du Muséum. De nos jours, les expositions bénéficient d'une muséographie plus moderne et le plus souvent accompagnée de beaux catalogues. Parmi les plus visitées depuis les années 1980, signalons celles consacrées aux cristaux géants du Brésil, qui ont attiré 1 million de visiteurs en 1983 et 1987. Une autre façon d'attirer le public est de proposer des conférences magistrales et des séances de travaux dirigés. Pour les enfants, des animations pédagogiques sont organisées depuis 1976.
À partir de 1975, un plan de réhabilitation des locaux et de regroupement des laboratoires se met en place : on rénove les vieilles galeries du XIXe siècle, on y ajoute des ailes mais on effectue également de spectaculaires réalisations, comme en témoigne la zoothèque souterraine ouverte en 1986 et destinée à abriter les collections de la galerie de zoologie, fermée au public depuis 1965. Cette galerie sera reconstruite 30 ans plus tard, en 1994, et prendra la place du premier château du jardin royal des plantes médicinales sous la forme d'une grande galerie de l'Évolution inaugurée par le Président de la République François Mitterrand.
Aujourd'hui riche de 62 millions de spécimens en tous genres (voir ci-dessous), le Muséum national d'Histoire naturelle fait travailler 1800 personnes dont une majorité de chercheurs et de techniciens. Près de 2 millions de personnes passent par l'ancien jardin royal chaque année (devenu depuis la Révolution française le Jardin des Plantes), y compris les étudiants qui fréquentent le Muséum, car celui-ci est également (et on le sait moins), un véritable centre de formation pour les futurs chercheurs : depuis 1989, il peut délivrer seul le doctorat nouveau régime et, en 1995, il obtient l'habilitation ministériel pour 7 nouveaux DEA. Son statut de 1985 met fin au rôle d'administrateurs des professeurs et installe, en 1994, trois conseils qui assurent la gestion du Muséum en remplacement de l'assemblée des professeurs en charge depuis 1793 : conseil d'administration, conseil des laboratoires et conseil scientifique. Tout récemment, le décret de 2001 crée des niveaux hiérarchiques intermédiaires entre la direction et la recherche, ainsi que des structures transversales pour renforcer la cohérence des actions liées aux grandes missions. Les fonctions de directeurs sont partagées entre un Président, qui préside le conseil d'administration, et un Directeur Général qui dirige l'établissement. Tout deux sont nommés pour 4 ans par le Président de la République. Les laboratoires sont regroupés en départements afin de décloisonner les activités des chercheurs. L'établissement est placé désormais sous la tutelle de trois ministères : Éducation nationale, Recherche et Écologie. Le Muséum tient aujourd’hui un rôle national et international majeur dans le développement de l'Histoire naturelle.